Table 3 The polymorphic SSRs among 13 Justicia chloroplast genomes
Type | J. adhatoda/J. betonica/J. demissa/J. gendarussa/ J. grossa/J. latiflora/J. leptostachya/J. lianshanica/ J. mollissima/J. patentiflora/J. procumbens/ J. quadrifaria/J. vagabunda | Location | Regions |
|---|---|---|---|
ATT | 0/0/0/0/0/0/0/0/4/0/0/0/0 | trnH-GUG-psbA | LSC |
TTC | 0/0/0/4/0/0/0/0/0/0/0/0/0 | trnH-GUG-psbA | LSC |
ATTAA | 0/0/0/0/0/3/3/3/0/0/0/0/0 | trnK-UUU-rps16 | LSC |
TATT | 0/3/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0 | trnK-UUU-rps16 | LSC |
T | 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/11 | trnK-UUU-rps16 | LSC |
C | 0/0/10/10/0/0/0/0/11/0/0/0/0 | trnK-UUU-rps16 | LSC |
TTGAAA | 3/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0 | rps16 intron | LSC |
ATTG | 3/0/3/3/3/0/0/0/3/0/3/3/3 | rps16 intron | LSC |
TTTC | 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/3 | rps16 intron | LSC |
A | 0/0/0/12/14/11/0/11/10/0/0/0/0 | rps16-trnQ-UUG | LSC |
AAT | 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/5/0/0 | psbK-psbI | LSC |
AT | 0/0/8/6/6/7/7/7/0/9/7/0/0 | psbK-psbI | LSC |
T | 13/10/10/10/0/10/0/0/0/0/0/0/0 | psbK-psbI | LSC |
A | 0/0/10/10/13/0/0/0/0/0/0/16/0 | psbI-trnS-GCU | LSC |
T | 11/12/0/0/0/10/10/0/0/0/0/15/0 | trnR-UCU-atpA | LSC |
A | 12/14/0/10/12/10/13/11/0/12/0/0/0 | atpF intron | LSC |
T | 11/10/0/0/10/0/0/0/0/0/0/0/0 | atpF-atpH | LSC |
A | 0/0/0/0/10/0/0/0/0/0/0/0/0 | atpF-atpH | LSC |
A | 0/16/0/0/0/0/0/0/0/0/0/12/15 | atpH-atpI | LSC |
A | 12/0/11/12/12/16/13/10/13/11/11/11 | rps2-rpoC2 | LSC |
AATTCA | 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/3/0 | rpoC2 | LSC |
T | 0/0/0/0/0/0/0/0/0/10/0/0/0 | rpoC2 | LSC |
C | 0/13/0/0/10/12/17/13/0/19/0/0/0 | rpoC1 intron | LSC |
ATT | 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/4/0 | rpoB-trnC-GCA | LSC |
TATTAA | 0/0/0/0/0/0/0/3/0/0/0/0/0 | trnC-GCA-petN | LSC |
A | 0/0/0/0/0/10/0/0/0/12/0/0/0 | trnC-GCA-petN | LSC |
ATAG | 0/3/0/3/3/0/0/0/0/0/0/0/0 | petN-psbM | LSC |
AT | 0/0/6/0/0/0/0/0/0/0/6/0/0 | petN-psbM | LSC |
ATTT | 3/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/3 | psbM-trnD-GUC | LSC |
TTTA | 0/0/0/0/0/3/3/3/0/3/0/0/0 | psbM-trnD-GUC | LSC |
CAATA | 3/3/0/0/3/3/3/0/0/3/0/3/0 | trnE-UCC-trnT-GGU | LSC |
T | 10/17/0/0/10/0/0/0/0/0/0/0/10 | trnE-UCC-trnT-GGU | LSC |
T | 11/0/10/10/0/11/10/0/0/10/13/11/0 | trnT-GGU-psbD | LSC |
ATTA | 0/0/0/0/0/3/3/0/0/3/0/0/0 | trnT-GGU-psbD | LSC |
A | 11/0/0/0/0/13/10/13/0/10/0/0/0 | psbZ-trnG-GCC | LSC |
T | 0/0/0/0/11/0/0/0/0/0/0/0/0 | psbZ-trnG-GCC | LSC |
AT | 0/0/0/0/0/0/0/0/8/0/0/0/0 | ycf3-trnS-GGA | LSC |
A | 0/0/0/0/10/0/0/0/0/0/0/0/0 | ycf3-trnS-GGA | LSC |
TTA | 0/4/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0 | trnS-GGA-rps4 | LSC |
TTTC | 0/3/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0 | rps4-trnT-UGU | LSC |
ATAG | 0/0/0/4/0/0/0/0/0/0/0/0/0 | rps4-trnT-UGU | LSC |
AT | 0/0/0/0/0/6/7/6/0/0/0/7/0 | rps4-trnT-UGU | LSC |
TTTC | 0/0/0/0/0/3/3/3/0/3/0/0/0 | trnT-UGU-trnL-UAA | LSC |
AT | 6/0/6/0/6/7/6/7/6/6/6/6/0 | trnT-UGU-trnL-UAA | LSC |
TA | 0/0/0/6/0/0/0/0/0/0/8/0/7 | trnT-UGU-trnL-UAA | LSC |
GTTG | 0/0/0/0/0/3/3/3/0/3/0/0/0 | trnF-GAA-ndhJ | LSC |
ATT | 0/0/0/4/0/0/0/0/0/0/0/0/0 | trnF-GAA-ndhJ | LSC |
T | 0/0/12/0/15/0/0/0/0/0/0/0/0 | trnF-GAA-ndhJ | LSC |
TTA | 0/0/0/0/0/0/0/0/4/0/0/0/0 | ndhC-trnV-UAC | LSC |
T | 14/10/10/10/17/10/10/0/0/14/0/10/10 | ndhC-trnV-UAC | LSC |
ATA | 0/0/4/4/5/4/4/0/0/4/4/0/0 | atpB-rbcL | LSC |
T | 0/0/0/0/11/0/0/0/0/16/16/10 | atpB-rbcL | LSC |
A | 0/0/0/0/12/0/0/11/0/0/0/0/0 | rbcL-accD | LSC |
ATTA | 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/4/4/0 | accD-psaI | LSC |
TTAA | 0/0/0/0/0/0/3/3/0/3/0/0/0 | accD-psaI | LSC |
T | 0/12/11/11/0/10/0/0/12/0/12/12/11 | psaI-ycf4 | LSC |
GAAA | 0/0/0/0/3/0/0/0/0/0/0/0/0 | ycf4-cemA | LSC |
ATA | 0/0/4/0/0/0/0/0/4/0/4/4/0 | psbE-petL | LSC |
A | 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/11 | psbE-petL | LSC |
T | 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/16/0 | psaJ-rpl33 | LSC |
T | 0/0/0/12/14/19/10/12/0/12/0/0/0 | rpl20-rps12 | LSC |
TTTC | 0/0/0/3/3/3/3/3/0/3/0/0/0 | clpP intron | LSC |
AT | 0/0/0/0/0/6/8/6/0/6/0/0/0 | clpP intron | LSC |
T | 0/0/10/0/0/0/0/0/0/0/0/0/12 | clpP intron | LSC |
T | 10/0/12/0/11/0/10/0/0/15/11/0/0 | petB intron | LSC |
TTTA | 0/0/0/0/3/0/0/0/0/0/0/0/0 | petB-petD | LSC |
T | 0/0/0/0/16/0/0/0/0/0/0/0/10 | rpoA | LSC |
AAAT | 3/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0 | rpl16 intron | LSC |
TTTC | 0/3/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0 | rpl16 intron | LSC |
AATA | 0/0/0/3/0/0/0/0/0/0/0/0/0 | rpl16 intron | LSC |
TTA | 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/4 | rpl16 intron | LSC |
T | 0/10/0/0/12/0/0/0/0/0/0/0/10 | rpl16 intron | LSC |
AATAAG | 0/0/0/0/0/0/0/3/0/0/0/0/0 | rps12-trnV-GAC | IR |
T | 0/0/0/0/10/0/0/0/0/0/0/0/0 | rps12-trnV-GAC | IR |
TTTAA | 0/0/0/3/0/3/3/3/0/3/0/0/0 | trnR-ACG-trnN-GUU | IR |
ATT | 4/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0 | trnR-ACG-trnN-GUU | IR |
T | 13/18/15/0/10/0/0/0/16/0/15/11/11 | trnR-ACG-trnN-GUU | IR |
T | 0/10/0/0/15/0/0/0/0/0/0/0/0 | ndhF | SSC |
T | 0/0/0/0/11/0/0/0/0/0/0/0/0 | rpl32-trnL-UAG | SSC |
AATA | 3/3/3/3/0/3/3/3/3/3/3/3/3 | ndhD | SSC |
A | 10/10/0/0/10/10/11/0/10/0/0/12 | ndhD-psaC | SSC |
A | 0/0/0/10/0/0/14/0/11/0/0/0/0 | ndhG | SSC |
AATC | 3/3/3/0/3/0/0/0/3/0/3/0/3 | rps15-ycf1 | SSC |
TTTG | 0/0/0/0/0/0/0/0/3/0/0/3/0 | rps15-ycf1 | SSC |
T | 0/14/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0 | rps15-ycf1 | SSC |
AATT | 3/0/3/3/3/3/3/3/3/3/3/3/3 | ycf1 | SSC |
TTTC | 0/0/0/0/3/0/0/0/0/0/0/0/0 | ycf1 | SSC |
TTA | 0/0/0/0/0/4/4/4/0/4/0/0/0 | ycf1 | SSC |
TCT | 8/5/6/4/10/6/5/6/6/6/5/6/6 | ycf1 | SSC |
T | 13/13/16/12/16/12/12/12/13/12/16/16/13 | ycf1 | SSC |