Structural mutations of small single copy (SSC) region in the plastid genomes of five Cistanche species and inter-species identification

Miao, Yujing; Chen, Haimei; Xu, Wanqi; Yang, Qiaoqiao; Liu, Chang; Huang, Linfang

doi:10.1186/s12870-022-03682-x

Table 1 Gene contents in the five plastomes of Cistanche species

From: Structural mutations of small single copy (SSC) region in the plastid genomes of five Cistanche species and inter-species identification

Photosynthesis and energy production genes						Ribosomal RNA genes							Transfer RNA genes
	Cd	Cs	Cc	Cp	Ct		Cd		Cs	Cc	Cp	Ct		Cd	Cs	Cc	Cp	Ct
atpA	Ψ	Ψ	Ψ	○	○	rrn16	•		•	•	•	•	trnA-UGC	•	•	•	•	○
atpB	Ψ	Ψ	Ψ	○	○	rrn23	•		•	•	•	•	trnC-GCA	•	•	•	•	•
atpE	Ψ	Ψ	Ψ	○	○	rrn4.5	•		•	•	•	•	trnD-GUC	•	•	•	•	•
atpF	Ψ	Ψ	○	○	○	rrn5	•		•	•	•	•	trnE-UUC	•	•	•	•	•
atpH	○	Ψ	○	○	○								trnF-GAA	•	•	•	•	•
atpI	○	Ψ	Ψ	○	○								trnG-GCC	•	•	•	•	•
ndhA	○	○	○	○	○								trnG-UCC	○	○	○	•	○
ndhB	Ψ	Ψ	Ψ	Ψ	Ψ								trnH-GUG	•	•	•	•	•
ndhC	○	○	○	○	○								trnI-CAU	○	○	○	•	○
ndhD	○	○	○	○	○	RNA polymerase and intron maturase genes							trnI-GAU	○	○	•	•	•
ndhE	○	○	○	○	○		Cd	Cs		Cc	Cp	Ct	trnK-UUU	•	•	•	•	•
ndhF	○	○	○	○	○	matK	•	•		•	•	•	trnL-CAA	•	•	•	•	•
ndhG	○	○	○	○	○	rpoA	Ψ	Ψ		Ψ	○	○	trnL-UAA	•	•	•	•	•
ndhH	Ψ	Ψ	○	Ψ	○	rpoB	Ψ	Ψ		Ψ	Ψ	Ψ	trnL-UAG	•	•	•	•	•
ndhI	○	○	○	○	○	rpoC1	○	○		○	○	○	trnM-CAU	•	•	•	•	•
ndhJ	○	○	Ψ	○	○	rpoC2	Ψ	Ψ		Ψ	Ψ	○	trnN-GUU	•	•	•	•	•
ndhK	○	○	Ψ	○	○								trnP-UGG	•	•	•	•	•
petA	○	○	○	○	○								trnQ-UUG	•	•	•	•	•
petB	○	○	Ψ	○	○								trnR-ACG	•	•	•	•	•
petD	○	○	Ψ	○	○								trnR-UCU	•	•	•	•	○
petG	Ψ	Ψ	Ψ	○	○	Ribosomal protein and initiation factor genes							trnS-CGA	•	•	○	○	○
petL	○	○	○	○	○		Cd	Cs		Cc	Cp	Ct	trnS-GCU	•	•	•	•	•
petN	○	○	○	○	○	infA	•	•		•	•	•	trnS-GGA	•	•	•	•	•
psaA	Ψ	Ψ	Ψ	Ψ	Ψ	rpl14	•	•		•	•	•	trnS-UGA	•	•	•	•	•
psaB	Ψ	Ψ	Ψ	Ψ	Ψ	rpl16	•	•		•	•	•	trnT-GGU	•	•	•	•	•
psaC	○	○	○	○	○	rpl2	•	•		•	•	•	trnT-UGU	•	•	•	•	•
psaI	○	○	○	○	○	rpl20	•	•		•	•	•	trnV-GAC	•	•	•	•	•
psaJ	○	○	○	•	○	rpl22	•	•		•	•	•	trnW-CCA	•	•	•	•	•
psbA	Ψ	Ψ	Ψ	Ψ	Ψ	rpl23	•	•		•	Ψ	•	trnY-GUA	•	•	•	•	•
psbB	Ψ	Ψ	○	○	○	rpl32	•	•		•	○	•
psbC	Ψ	Ψ	○	○	Ψ	rpl33	•	•		•	•	•
psbD	Ψ	Ψ	○	○	○	rpl36	•	•		•	•	•
psbE	Ψ	○	○	Ψ	Ψ	rps11	•	•		•	•	•
psbF	Ψ	Ψ	○	○	○	rps12	•	•		•	•	•	Other essential genes
psbH	○	○	○	○	○	rps14	•	•		•	•	•		Cd	Cs	Cc	Cp	Ct
psbI	○	○	Ψ	Ψ	○	rps15	•	•		•	•	•	accD	•	•	•	•	•
psbJ	○	○	○	Ψ	○	rps16	•	•		•	•	○	ccsA	○	○	○	Ψ	○
psbK	○	○	○	Ψ	○	rps18	•	•		•	•	•	cemA	○	○	○	○	○
psbL	Ψ	Ψ	○	○	○	rps19	•	•		•	•	•	clpP	•	•	•	•	•
psbM	Ψ	Ψ	Ψ	○	○	rps2	•	•		•	•	•	ycf1	•	•	•	Ψ	•
psbN	○	○	○	○	○	rps3	•	•		•	•	•	ycf15	•	•	Ψ	○	•
psbT	○	○	○	○	○	rps4	•	•		•	•	•	ycf2	•	•	•	•	•
psbZ	○	○	○	Ψ	○	rps7	•	•		•	•	•	ycf3	Ψ	Ψ	○	○	○
rbcL	Ψ	Ψ	Ψ	Ψ	Ψ	rps8	•	•		•	○	•	ycf4	○	○	○	Ψ	Ψ

Cd C. deserticola, Cs C. salsa, Cc C. sinensis, Cp C. phelypaea, Ct: C. tubulosa.•: genes present; Ψ: pseudogene; ○: genes missing

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ISSN: 1471-2229

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