Skip to main content

Table 4 Summary of SNP markers used for genetic diversity analysis

From: ddRAD sequencing-based identification of inter-genepool SNPs and association analysis in Brassica juncea

Marker Minor Allele frequency Gene diversity Heterozygosity PIC
A01_15062568 0.0733 0.1359 0.0667 0.1267
A01_1808370 0.3182 0.4339 0.0649 0.3398
A01_2139728 0.0385 0.0740 0.0769 0.0712
A01_6850903 0.2013 0.3216 0.4026 0.2699
A02_11859880 0.0130 0.0256 0.0000 0.0253
A02_24062658 0.3354 0.4458 0.6709 0.3465
A02_6601611 0.1795 0.2945 0.1538 0.2512
A03_20651981 0.3158 0.4321 0.1579 0.3388
A03_235511 0.0921 0.1672 0.1842 0.1533
A03_8547652 0.4423 0.4933 0.2436 0.3716
A04_17601178 0.3333 0.4444 0.0870 0.3457
A04_22058882 0.0068 0.0136 0.0137 0.0135
A05_77262 0.1597 0.2684 0.1528 0.2324
A06_13980299 0.0986 0.1777 0.0563 0.1619
A06_23478761 0.1800 0.2952 0.0933 0.2516
A06_6796237 0.3654 0.4638 0.0385 0.3562
A06_7120163 0.1159 0.2050 0.0580 0.1840
A07_11271 0.1776 0.2922 0.1184 0.2495
A07_15075686 0.2697 0.3940 0.3816 0.3164
A07_27294906 0.0455 0.0868 0.0390 0.0830
A08_19948782 0.0570 0.1074 0.0633 0.1017
A08_26316831 0.1859 0.3027 0.2436 0.2569
A08_3122114 0.0461 0.0879 0.0921 0.0840
A09_14703423 0.2961 0.4168 0.5921 0.3299
A09_21038191 0.3651 0.4636 0.3175 0.3561
A09_2675557 0.1169 0.2064 0.2338 0.1851
A09_53225827 0.0506 0.0961 0.0253 0.0915
A10_7119156 0.0316 0.0613 0.0127 0.0594
B01_31415063 0.2603 0.3851 0.1096 0.3109
B01_4700624 0.0132 0.0260 0.0263 0.0256
B02_14715231 0.1646 0.2750 0.1519 0.2372
B02_1692560 0.2500 0.3750 0.0897 0.3047
B02_372260 0.3882 0.4750 0.1974 0.3622
B03_11917496 0.0600 0.1128 0.0400 0.1064
B03_3641145 0.1842 0.3006 0.3684 0.2554
B03_36694310 0.0949 0.1718 0.0633 0.1571
B03_7368186 0.0063 0.0126 0.0127 0.0125
B04_1593069 0.0135 0.0267 0.0270 0.0263
B04_20687623 0.2273 0.3512 0.0909 0.2896
B04_27793042 0.2368 0.3615 0.3684 0.2962
B05_329343 0.1948 0.3137 0.2338 0.2645
B06_1587764 0.3467 0.4530 0.6933 0.3504
B06_18644772 0.2658 0.3903 0.5316 0.3141
B06_9741730 0.3333 0.4444 0.1600 0.3457
B07_19090096 0.4675 0.4979 0.9351 0.3739
B08_189749 0.1582 0.2664 0.1139 0.2309
B08_72248023 0.0584 0.1101 0.1169 0.1040
B08_7286923 0.3377 0.4557 0.0779 0.3631
Mean 0.1660 0.2410 0.1676 0.1978