Table 5 Loss event of chloroplast tRNA in plants
From: Genomic and evolutionary aspects of chloroplast tRNA in monocot plants
tRNA Gene ID | Species | tRNA | Anti-codon | Lost in Species |
|---|---|---|---|---|
NC_002762.1 | T. aestivum | Val | GAC | Z. mays |
NC_008602.1 | S. bicolor | Val | GAC | Z. mays, T. aestivum |
NC_006084.1 | S. officinarum | Val | GAC | Z. mays, S. bicolor, T. aestivum |
NC_001320.1 | O. sativa | Val | GAC | O. nivara |
3782 | O. sativa | Val | GAC | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6258 | O. nivara | Val | GAC | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6217 | O. nivara | Val | GAC | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6160 | O. nivara | Val | UAC | O. sativa |
2026 | Z. mays | Val | UAC | S. bicolor |
NC_002762.1 | T. aestivum | GAC | ||
6601 | S. officinarum | UAC | ||
6160 | O. nivara | UAC | ||
2085 | Z. mays | Ala | UGC | S. bicolor |
6221 | O. nivara | Ala | UGC | |
5101 | T. aestivum | Ala | UGC | |
5076 | T. aestivum | Ala | UGC | |
6691 | S. officinarum | Ala | UGC | |
6662 | S. officinarum | Ala | UGC | |
3815 | O. sativa | Ala | UGC | |
3786 | O. sativa | Ala | UGC | |
6221 | O. nivara | Ala | UGC | |
2114 | Z. mays | Ala | UGC | |
6253 | O. nivara | Ala | UGC | Â |
2085 | Z. mays | Ala | UGC | O. sativa |
6221 | O. nivara | UGC | ||
5076 | T. aestivum | Ala | UGC | Z. mays, O. nivara, O. sativa |
6662 | S. officinarum | Ala | UGC | Z. mays, O. sativa, O. nivara, T. aestivum |
3815 | O. sativa | Ala | UGC | O. nivara, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
3786 | O. sativa | Ala | UGC | O. nivara, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6221 | O. nivara | Ala | UGC | O. sativa, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
2114 | Z. mays | Ala | UGC | O. sativa, O. nivara, S. officinarum, T. aestivum |
6253 | O. nivara | Ala | UGC | O. sativa, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
NC_001320.1 | O. sativa | Thr | GGU | O. nivara |
6132 | O. nivara | Thr | GGU | O. sativa, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
1998 | Z. mays | Thr | GGU | O. nivara, O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum |
NC_001320.1 | O. sativa | Thr | UGU | O. nivara |
6154 | O. nivara | Thr | UGU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
3729 | O. sativa | Met | CAU | O. nivara |
6161 | O. nivara | Met | CAU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
NC_001320.1 | O. sativa | Asp | GUC | O. nivara |
6135 | O. nivara | Asp | GUC | O. nivara, O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum |
6115 | O. nivara | Lys | UUU | O. sativa |
5075 | T. aestivum | Ile | GAU | Z. mays |
6660 | S. officinarum | Ile | GAU | T. aestivum, Z. mays |
3816 | O. sativa | Ile | GAU | O. nivara |
3784 | O. sativa | Ile | GAU | O. nivara, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6255 | O. nivara | Ile | GAU | O. sativa |
6219 | O. nivara | Ile | GAU | O. sativa, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6556 | S. officinarum | Lys | UUU | S. bicolor |
6115 | O. nivara | Lys | UUU | |
1982 | Z. mays | Lys | UUU | |
4982 | T. aestivum | Lys | UUU | |
2116 | Z. mays | Ile | GAU | |
2083 | Z. mays | Ile | GAU | |
5102 | T. aestivum | Ile | GAU | |
5075 | T. aestivum | Ile | GAU | |
6693 | S. officinarum | Ile | GAU | |
NC_006084.1 | S. officinarum | Ile | GAU | |
3816 | O. sativa | Ile | GAU | |
3784 | O. sativa | Ile | GAU | |
6255 | O. nivara | Ile | GAU | |
6219 | O. nivara | Ile | GAU | |
3723 | O. sativa | Leu | UAA | O. nivara |
6155 | O. nivara | Leu | UAA | O. sativa, S. officinarum |
NC_001320.1 | O. sativa | Ser | UGA | O. nivara |
6125 | O. nivara | Ser | UGA | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
3686 | O. sativa | Ser | UGA | O. nivara |
6121 | O. nivara | Ser | GCU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
3720 | O. sativa | Ser | GGA | O. nivara |
6152 | O. nivara | Ser | GGA | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
3748 | O. sativa | Pro | UGG | O. nivara |
6178 | O. nivara | Pro | UGG | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
3683 | O. sativa | Gln | UUG | O. nivara |
6118 | O. nivara | Gln | UUG | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6178 | O. nivara | Gln | UGG | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
5066 | T. aestivum | His | GUG | Z. mays |
NC_008602.1 | S. bicolor | His | GUG | Z. mays, T. aestivum |
NC_006084.1 | S. officinarum | His | GUG | S. bicolor, T. aestivum, Z. mays |
3833 | O. sativa | His | GUG | O. nivara |
3770 | O. sativa | His | GUG | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6275 | O. nivara | His | GUG | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6129 | O. nivara | Gly | UCC | O. sativa |
3701 | O. sativa | Glu | UUC | O. nivara |
6133 | O. nivara | Glu | UUC | O. sativa, T. aestivum |
3694 | O. sativa | Met | CAU | O. nivara |
6128 | O. nivara | Met | CAU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
5015 | T. aestivum | Met | CAU | O. nivara, O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, Z. mays |
5080 | T. aestivum | Arg | ACG | Z. mays |
20,473 | S. bicolor | Arg | ACG | T. aestivum, Z. mays |
NC_006084.1 | S. officinarum | Arg | ACG | S. bicolor, T. aestivum, Z. mays |
NC_001320.1 | O. sativa | Arg | ACG | O. nivara |
3790 | O. sativa | Arg | ACG | O. nivara, O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, Z. mays |
6249 | O. nivara | Arg | ACG | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
3724 | O. sativa | Phe | GAA | O. nivara |
6156 | O. nivara | Phe | GAA | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
3706 | O. sativa | Cys | GCA | O. nivara |
6138 | O. nivara | Cys | GCA | O. sativa, T. aestivum |
5069 | T. aestivum | Met | CAU | Z. mays |
NC_008602.1 | S. bicolor | Met | CAU | T. aestivum, S. bicolor |
NC_006084.1 | S. officinarum | Met | CAU | S. bicolor, T. aestivum, Z. mays |
3828 | O. sativa | Met | CAU | O. nivara |
3774 | O. sativa | Met | CAU | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6270 | O. nivara | Met | CAU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6206 | O. nivara | Met | CAU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6134 | O. nivara | Tyr | GUA | O. sativa |
3702 | O. sativa | Tyr | GUA | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
5081 | T. aestivum | Asn | GUU | Z. mays |
NC_008602.1 | S. bicolor | Asn | GUU | T. aestivum, Z. mays |
NC_006084.1 | S. officinarum | Asn | GUU | S. bicolor, T. aestivum, Z. mays |
3809 | O. sativa | Asn | GUU | O. nivara |
3792 | O. sativa | Asn | GUU | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6247 | O. nivara | Asn | GUU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6228 | O. nivara | Asn | GUU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
3715 | O. sativa | Arg | UCU | O. nivara |
6147 | O. nivara | Arg | UCU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
3747 | O. sativa | Trp | CCA | O. nivara |
6177 | O. nivara | Trp | CCA | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
5070 | T. aestivum | Leu | CAA | Z. mays |
NC_008602.1 | S. bicolor | Leu | CAA | T. aestivum, Z. mays |
NC_006084.1 | S. officinarum | Leu | CAA | S. bicolor, T. aestivum, Z. mays |
3825 | O. sativa | Leu | CAA | O. nivara |
3777 | O. sativa | Leu | CAA | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6263 | O. nivara | Leu | CAA | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
6212 | O. nivara | Leu | CAA | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
2124 | Z. mays | Leu | CAA | O. nivara, O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum |