Genomic prediction accuracy for switchgrass traits related to bioenergy within differentiated populations

Fiedler, Jason D.; Lanzatella, Christina; Edmé, Serge J.; Palmer, Nathan A.; Sarath, Gautam; Mitchell, Rob; Tobias, Christian M.

doi:10.1186/s12870-018-1360-z

BMC Plant Biology

Table 6 Genomic prediction accuracy (r) for indicated traits using kin-BLUP, partial least squares (PLS), sparse partial least squares (SPLS), and BayesB (BB) regression methods and different cross-validation strategies

From: Genomic prediction accuracy for switchgrass traits related to bioenergy within differentiated populations

TRAIT	^aVS	^br kin-BLUP	r PLS	r SPLS	r BB
ANT	All	^c0.88	0.87	0.88	0.88
	K	0.06	− 0.06	0.02	−0.12
	KxS	0.23	0.24	0.23	0.34
	^dLow	0.58	0.55	0.57	0.53
	N1	0.46	0.45	0.44	0.44
	N1EM	0.3	0.22	0.29	0.34
	S	0.11	0.11	0.12	0.23
ASH	All	0.58	0.58	0.59	0.62
	K	0.16	0.12	0.11	0.13
	KxS	0.26	0.27	0.28	0.22
	Low	0.2	0.2	0.22	0.09
	N1	0.15	0.16	0.17	0.19
	N1EM	0.16	0.21	0.24	0.28
	S	0.17	0.18	0.18	0.07
AX	All	0.58	0.56	0.58	0.52
	K	0.1	0.1	0.13	0.12
	KxS	0.26	0.26	0.08	0.19
	Low	0.14	0.14	0.05	0.02
	N1	0.1	0.19	−0.02	0.32
	N1EM	0.14	0.08	0.13	0.17
	S	0.13	0.12	0.09	0.05
ETOH	All	0.64	0.64	0.63	0.61
	K	0.2	0.31	0.24	0.31
	KxS	0.41	0.39	0.34	0.39
	Low	0.23	0.28	0.24	0.17
	N1	0.22	0.3	0.25	0.31
	N1EM	0.24	0.2	0.26	0.21
	S	0.18	0.2	0.14	0.06
FAT	All	0.68	0.68	0.68	0.71
	K	0.18	0.18	0.23	0.17
	KxS	0.1	0.06	0.11	0.14
	Low	0.37	0.4	0.38	0.34
	N1	0.41	0.51	0.47	0.35
	N1EM	0.4	0.42	0.38	0.44
	S	0.02	0.04	0.02	0.06
FEST	All	0.82	0.83	0.83	0.80
	K	0.08	0.07	0.14	0.26
	KxS	0.44	0.4	0.39	0.36
	Low	0.31	0.32	0.35	0.33
	N1	0.22	0.27	0.26	0.41
	N1EM	0.44	0.43	0.48	0.28
	S	0.37	0.48	0.5	0.42
FRU	All	0.59	0.59	0.59	0.56
	K	0.05	0.09	0.05	−0.06
	KxS	0.57	0.48	0.43	0.51
	Low	0.17	0.21	0.2	0.13
	N1	0.12	0.21	0.19	0.03
	N1EM	0.06	0.05	0.1	0.12
	S	0.1	0.11	0.15	0.27
GLCS	All	0.64	0.64	0.63	0.71
	K	0.06	0.05	0.01	0.2
	KxS	0.45	0.44	0.39	0.52
	Low	0.1	0.16	0.14	0.17
	N1	0.08	0.12	0.12	0.25
	N1EM	0.04	0.12	0.15	0.09
	S	0.24	0.36	0.32	0.35
GRN	All	0.75	0.65	0.88	0.88
	K	−0.05	−0.13	−0.04	0.2
	KxS	0	−0.28	0.03	−0.31
	Low	0.05	−0.1	0.12	0.04
	N1	0.19	−0.07	0.28	−0.08
	N1EM	0.01	−0.05	−0.02	0.01
	S	0.25	0.2	0.27	0.2
HEX	All	0.78	0.78	0.77	0.78
	K	0.27	0.21	0.21	0.22
	KxS	0.39	0.45	0.34	0.13
	Low	0.16	0.18	0.16	0.24
	N1	−0.02	0.08	0.09	0.16
	N1EM	0.15	0.19	0.24	0.18
	S	0.34	0.39	0.35	0.39
HEXE	All	0.64	0.65	0.65	0.60
	K	0.27	0.25	0.14	0.22
	KxS	0.39	0.46	0.41	0.5
	Low	0.18	0.21	0.2	0.24
	N1	−0.02	0.04	0.11	0.06
	N1EM	0.2	0.26	0.21	0.27
	S	0.26	0.31	0.29	0.34
HEXEP	All	0.58	0.59	0.58	0.53
	K	0.12	0.25	0.16	0.13
	KxS	0.36	0.28	0.28	0.19
	Low	0.24	0.31	0.27	0.21
	N1	0.25	0.35	0.31	0.23
	N1EM	0.25	0.2	0.26	0.19
	S	0.17	0.12	0.12	0.05
IVDMD	All	0.69	0.67	0.67	0.66
	K	0.13	0.15	0.19	0.04
	KxS	0.39	0.27	0.26	0.27
	Low	0.26	0.27	0.29	0.3
	N1	0.14	0.18	0.16	0.24
	N1EM	0.19	0.13	0.19	0.19
	S	0.12	0.02	0.05	0.04
NSC	All	0.6	0.61	0.6	0.57
	K	0.18	0.15	0.1	0.34
	KxS	0.38	0.33	0.31	0.4
	Low	0.23	0.28	0.24	0.3
	N1	0.15	0.25	0.26	0.16
	N1EM	0.13	0.18	0.23	0.27
	S	0.25	0.34	0.29	0.01
NSCE	All	0.58	0.59	0.57	0.61
	K	0.14	0.13	0.04	0.16
	KxS	0.39	0.37	0.34	0.4
	Low	0.24	0.29	0.24	0.21
	N1	0.11	0.22	0.18	0.12
	N1EM	0.17	0.26	0.26	0.19
	S	0.29	0.38	0.29	0.27
PCA	All	0.74	0.73	0.74	0.75
	K	0.15	0.13	0.17	0.12
	KxS	0.38	0.26	0.25	0.22
	Low	0.31	0.29	0.32	0.21
	N1	0.07	0.13	0.08	0.13
	N1EM	0.52	0.47	0.52	0.48
	S	0.36	0.39	0.41	0.2
PPEN	All	0.73	0.73	0.72	0.74
	K	0.3	0.28	0.27	0.44
	KxS	0.35	0.37	0.34	0.16
	Low	0.24	0.27	0.25	0.31
	N1	0.11	0.23	0.18	0.27
	N1EM	0.31	0.25	0.26	0.24
	S	0.23	0.27	0.24	0.16
PSOL	All	0.58	0.58	0.57	0.56
	K	0.14	0.15	0.08	0.05
	KxS	0.42	0.36	0.33	0.42
	Low	0.25	0.28	0.25	0.24
	N1	0.18	0.26	0.24	0.28
	N1EM	0.11	0.16	0.19	0.18
	S	0.24	0.31	0.28	0.21
SC	All	0.66	0.67	0.67	0.64
	K	0.16	0.18	0.11	0.29
	KxS	0.47	0.43	0.42	0.42
	Low	0.3	0.35	0.33	0.34
	N1	0.15	0.25	0.25	0.15
	N1EM	0.15	0.21	0.25	0.31
	S	0.25	0.33	0.3	0.1
SUC	All	0.68	0.68	0.67	0.7
	K	0.13	0.17	0.06	0.14
	KxS	0.49	0.44	0.4	0.42
	Low	0.28	0.3	0.27	0.31
	N1	0.21	0.29	0.28	0.12
	N1EM	0.13	0.14	0.16	−0.1
	S	0.19	0.17	0.14	0.18
UA	All	0.63	0.62	0.62	0.61
	K	0.11	0.18	0.08	0.14
	KxS	0.21	0.21	0.22	0.19
	Low	0.24	0.26	0.27	0.28
	N1	0.03	0.08	0.12	0.34
	N1EM	0.33	0.38	0.41	0.46
	S	0.01	−0.02	0.01	0.09
YLD	All	0.66	0.62	0.65	0.65
	K	0.02	−0.03	0.09	0.2
	KxS	0	−0.12	0.09	−0.03
	Low	0.14	0.11	0.05	0.22
	N1	0	0.07	−0.08	0.16
	N1EM	0.13	0.06	0.02	0.24
	S	0.25	0.15	0.24	0.14

^aValidation strategies were designed to estimate prediction accuracy within the indicated population by performing 5-fold cross validation with each validation set comprised of 20% of the indicated population
^br correlation of GEBV with observed phenotypic values, GS accuracy
^cPrediction accuracies above 0.4 are highlighted. See Additional file 1: Tables S1–4 for mean square error (MSE), intercept, slope, and standard deviation statistics
^d’“Low” represents the combined N1, N1EM, and K populations

Back to article page

ISSN: 1471-2229

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com