Skip to main content

Table 6 Genomic prediction accuracy (r) for indicated traits using kin-BLUP, partial least squares (PLS), sparse partial least squares (SPLS), and BayesB (BB) regression methods and different cross-validation strategies

From: Genomic prediction accuracy for switchgrass traits related to bioenergy within differentiated populations

TRAIT aVS br kin-BLUP r PLS r SPLS r BB
ANT All c0.88 0.87 0.88 0.88
K 0.06 − 0.06 0.02 −0.12
KxS 0.23 0.24 0.23 0.34
dLow 0.58 0.55 0.57 0.53
N1 0.46 0.45 0.44 0.44
N1EM 0.3 0.22 0.29 0.34
S 0.11 0.11 0.12 0.23
ASH All 0.58 0.58 0.59 0.62
K 0.16 0.12 0.11 0.13
KxS 0.26 0.27 0.28 0.22
Low 0.2 0.2 0.22 0.09
N1 0.15 0.16 0.17 0.19
N1EM 0.16 0.21 0.24 0.28
S 0.17 0.18 0.18 0.07
AX All 0.58 0.56 0.58 0.52
K 0.1 0.1 0.13 0.12
KxS 0.26 0.26 0.08 0.19
Low 0.14 0.14 0.05 0.02
N1 0.1 0.19 −0.02 0.32
N1EM 0.14 0.08 0.13 0.17
S 0.13 0.12 0.09 0.05
ETOH All 0.64 0.64 0.63 0.61
K 0.2 0.31 0.24 0.31
KxS 0.41 0.39 0.34 0.39
Low 0.23 0.28 0.24 0.17
N1 0.22 0.3 0.25 0.31
N1EM 0.24 0.2 0.26 0.21
S 0.18 0.2 0.14 0.06
FAT All 0.68 0.68 0.68 0.71
K 0.18 0.18 0.23 0.17
KxS 0.1 0.06 0.11 0.14
Low 0.37 0.4 0.38 0.34
N1 0.41 0.51 0.47 0.35
N1EM 0.4 0.42 0.38 0.44
S 0.02 0.04 0.02 0.06
FEST All 0.82 0.83 0.83 0.80
K 0.08 0.07 0.14 0.26
KxS 0.44 0.4 0.39 0.36
Low 0.31 0.32 0.35 0.33
N1 0.22 0.27 0.26 0.41
N1EM 0.44 0.43 0.48 0.28
S 0.37 0.48 0.5 0.42
FRU All 0.59 0.59 0.59 0.56
K 0.05 0.09 0.05 −0.06
KxS 0.57 0.48 0.43 0.51
Low 0.17 0.21 0.2 0.13
N1 0.12 0.21 0.19 0.03
N1EM 0.06 0.05 0.1 0.12
S 0.1 0.11 0.15 0.27
GLCS All 0.64 0.64 0.63 0.71
K 0.06 0.05 0.01 0.2
KxS 0.45 0.44 0.39 0.52
Low 0.1 0.16 0.14 0.17
N1 0.08 0.12 0.12 0.25
N1EM 0.04 0.12 0.15 0.09
S 0.24 0.36 0.32 0.35
GRN All 0.75 0.65 0.88 0.88
K −0.05 −0.13 −0.04 0.2
KxS 0 −0.28 0.03 −0.31
Low 0.05 −0.1 0.12 0.04
N1 0.19 −0.07 0.28 −0.08
N1EM 0.01 −0.05 −0.02 0.01
S 0.25 0.2 0.27 0.2
HEX All 0.78 0.78 0.77 0.78
K 0.27 0.21 0.21 0.22
KxS 0.39 0.45 0.34 0.13
Low 0.16 0.18 0.16 0.24
N1 −0.02 0.08 0.09 0.16
N1EM 0.15 0.19 0.24 0.18
S 0.34 0.39 0.35 0.39
HEXE All 0.64 0.65 0.65 0.60
K 0.27 0.25 0.14 0.22
KxS 0.39 0.46 0.41 0.5
Low 0.18 0.21 0.2 0.24
N1 −0.02 0.04 0.11 0.06
N1EM 0.2 0.26 0.21 0.27
S 0.26 0.31 0.29 0.34
HEXEP All 0.58 0.59 0.58 0.53
K 0.12 0.25 0.16 0.13
KxS 0.36 0.28 0.28 0.19
Low 0.24 0.31 0.27 0.21
N1 0.25 0.35 0.31 0.23
N1EM 0.25 0.2 0.26 0.19
S 0.17 0.12 0.12 0.05
IVDMD All 0.69 0.67 0.67 0.66
K 0.13 0.15 0.19 0.04
KxS 0.39 0.27 0.26 0.27
Low 0.26 0.27 0.29 0.3
N1 0.14 0.18 0.16 0.24
N1EM 0.19 0.13 0.19 0.19
S 0.12 0.02 0.05 0.04
NSC All 0.6 0.61 0.6 0.57
K 0.18 0.15 0.1 0.34
KxS 0.38 0.33 0.31 0.4
Low 0.23 0.28 0.24 0.3
N1 0.15 0.25 0.26 0.16
N1EM 0.13 0.18 0.23 0.27
S 0.25 0.34 0.29 0.01
NSCE All 0.58 0.59 0.57 0.61
K 0.14 0.13 0.04 0.16
KxS 0.39 0.37 0.34 0.4
Low 0.24 0.29 0.24 0.21
N1 0.11 0.22 0.18 0.12
N1EM 0.17 0.26 0.26 0.19
S 0.29 0.38 0.29 0.27
PCA All 0.74 0.73 0.74 0.75
K 0.15 0.13 0.17 0.12
KxS 0.38 0.26 0.25 0.22
Low 0.31 0.29 0.32 0.21
N1 0.07 0.13 0.08 0.13
N1EM 0.52 0.47 0.52 0.48
S 0.36 0.39 0.41 0.2
PPEN All 0.73 0.73 0.72 0.74
K 0.3 0.28 0.27 0.44
KxS 0.35 0.37 0.34 0.16
Low 0.24 0.27 0.25 0.31
N1 0.11 0.23 0.18 0.27
N1EM 0.31 0.25 0.26 0.24
S 0.23 0.27 0.24 0.16
PSOL All 0.58 0.58 0.57 0.56
K 0.14 0.15 0.08 0.05
KxS 0.42 0.36 0.33 0.42
Low 0.25 0.28 0.25 0.24
N1 0.18 0.26 0.24 0.28
N1EM 0.11 0.16 0.19 0.18
S 0.24 0.31 0.28 0.21
SC All 0.66 0.67 0.67 0.64
K 0.16 0.18 0.11 0.29
KxS 0.47 0.43 0.42 0.42
Low 0.3 0.35 0.33 0.34
N1 0.15 0.25 0.25 0.15
N1EM 0.15 0.21 0.25 0.31
S 0.25 0.33 0.3 0.1
SUC All 0.68 0.68 0.67 0.7
K 0.13 0.17 0.06 0.14
KxS 0.49 0.44 0.4 0.42
Low 0.28 0.3 0.27 0.31
N1 0.21 0.29 0.28 0.12
N1EM 0.13 0.14 0.16 −0.1
S 0.19 0.17 0.14 0.18
UA All 0.63 0.62 0.62 0.61
K 0.11 0.18 0.08 0.14
KxS 0.21 0.21 0.22 0.19
Low 0.24 0.26 0.27 0.28
N1 0.03 0.08 0.12 0.34
N1EM 0.33 0.38 0.41 0.46
S 0.01 −0.02 0.01 0.09
YLD All 0.66 0.62 0.65 0.65
K 0.02 −0.03 0.09 0.2
KxS 0 −0.12 0.09 −0.03
Low 0.14 0.11 0.05 0.22
N1 0 0.07 −0.08 0.16
N1EM 0.13 0.06 0.02 0.24
S 0.25 0.15 0.24 0.14
  1. aValidation strategies were designed to estimate prediction accuracy within the indicated population by performing 5-fold cross validation with each validation set comprised of 20% of the indicated population
  2. br correlation of GEBV with observed phenotypic values, GS accuracy
  3. cPrediction accuracies above 0.4 are highlighted. See Additional file 1: Tables S1–4 for mean square error (MSE), intercept, slope, and standard deviation statistics
  4. d’“Low” represents the combined N1, N1EM, and K populations