The roles of segmental and tandem gene duplication in the evolution of large gene families in Arabidopsis thaliana

Cannon, Steven B; Mitra, Arvind; Baumgarten, Andrew; Young, Nevin D; May, Georgiana

doi:10.1186/1471-2229-4-10

Table 2 Tandem and segmental duplications in fifty A. thaliana gene families For full gene family names, see Table 1. Gene families described in the text are underlined. Families are organized by high, medium, and low tandem or segmental groups, which are defined by standard deviations above or below the median values for the observed/expected tandem or segmental duplications. The categories in the normalized tandem and segmental columns are indicated as: plain italic = 1 standard deviation below; bold = 1 standard deviation above; bold italic = two standard deviations above.

From: The roles of segmental and tandem gene duplication in the evolution of large gene families in Arabidopsis thaliana

short name	seqs	tan	seg	exp tan	exp seg	tan obs/ exp	seg obs/ exp	tan obs/ exp	seg obs/ exp
MCP	57	0	4	0.7	43	0	0.09	-1sd	med
HtShkTncFct	20	0	2	0.1	15	0	0.13	-1sd	med
WRKY	55	0	9	0.7	41	0	0.22	-1sd	med
Enod18_ER6	29	0	5	0.2	22	0	0.23	-1sd	med
KHTnsptr	22	0	4	0.1	17	0	0.24	-1sd	med
GlyTnsf8	24	0	5	0.1	18	0	0.28	-1sd	med
PsomeAB	23	0	9	0.1	17	0	*0.52*	-1sd	+1sd
PhosphPtase	26	0	10	0.2	20	0	*0.51*	-1sd	+2sd
HBenzTnsfs	57	9	3	0.7	43	12.2	0.07	med	-1sd
NbsLrr	152	54	6	4	114	13.5	0.05	med	-1sd
HypProt317	42	10	2	0.4	32	28.6	0.06	med	-1sd
MYB	120	1	27	2.6	90	0.38	0.3	med	med
PlastocEn20	37	1	8	0.4	28	2.86	0.29	med	med
PhotResp	30	1	5	0.2	23	4.55	0.22	med	med
Enod16	32	1	6	0.2	24	4.55	0.25	med	med
HypProt688	21	1	5	0.1	16	8.33	0.32	med	med
CytP450	225	76	16	9	169	8.43	0.09	med	med
Oxidored	95	20	12	1.9	71	10.7	0.17	med	med
GSDLLipase	97	22	10	1.9	73	11.8	0.14	med	med
MFS	68	13	9	1	51	13.4	0.18	med	med
Polygalns	65	14	7	1	49	14.4	0.14	med	med
CalcinPEst	19	2	3	0.1	14	16.7	0.21	med	med
Thaumatin	22	2	5	0.1	17	16.7	0.3	med	med
SCDehydRed	84	22	8	1.2	63	17.9	0.13	med	med
POT	48	11	5	0.5	36	21.2	0.14	med	med
UDPGlycTnsf	109	49	11	2.2	82	21.9	0.13	med	med
GlyTnsf9	25	5	5	0.2	19	22.7	0.27	med	med
GlycosHdls	47	12	4	0.5	35	23.1	0.11	med	med
ExocystEX070	23	3	3	0.1	17	25	0.17	med	med
MATE	50	14	4	0.5	38	26.9	0.11	med	med
CystProt	31	6	5	0.2	23	27.3	0.22	med	med
Expansin	34	6	6	0.2	26	27.3	0.24	med	med
XyloTGlyc	33	6	7	0.2	25	27.3	0.28	med	med
GTPBP	72	3	19	1	54	3.09	0.35	med	+1sd
GrthRegul	33	1	8	0.2	25	4.55	0.32	med	+1sd
MajIntrinsProt	38	2	10	0.4	29	5.71	0.35	med	+1sd
Calmod	79	8	20	1.2	59	6.5	0.34	med	+1sd
PIPCTP	30	2	8	0.2	23	9.09	0.36	med	+1sd
CatHydExch	28	5	8	0.2	21	22.7	0.38	med	+1sd
ChlABBP	21	4	1	0.1	16	33.3	0.06	+1sd	-1sd
HypProt131	28	8	0	0.2	21	36.4	0	+1sd	-1sd
HypProt536	25	8	0	0.2	19	36.4	0	+1sd	-1sd
SubtilisinSP	53	19	3	0.5	40	36.5	0.08	+1sd	-1sd
FlavMonoOx	28	7	6	0.2	21	31.8	0.29	+1sd	med
HypProt2752	23	4	2	0.1	17	33.3	0.12	+1sd	med
PathRelPr1	22	4	4	0.1	17	33.3	0.24	+1sd	med
GlutTnsfs	50	21	6	0.5	38	40.4	0.16	+1sd	med
FADOxidor	27	9	4	0.2	20	40.9	0.2	+1sd	med
Germin	30	14	2	0.2	23	*63.6*	0.09	+2sd	-1sd
MLP	25	12	3	0.2	19	*54.5*	0.16	+2sd	med

Back to article page

ISSN: 1471-2229

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com

BMC Plant Biology

Contact us