Skip to main content

Table 2 Tandem and segmental duplications in fifty A. thaliana gene families For full gene family names, see Table 1. Gene families described in the text are underlined. Families are organized by high, medium, and low tandem or segmental groups, which are defined by standard deviations above or below the median values for the observed/expected tandem or segmental duplications. The categories in the normalized tandem and segmental columns are indicated as: plain italic = 1 standard deviation below; bold = 1 standard deviation above; bold italic = two standard deviations above.

From: The roles of segmental and tandem gene duplication in the evolution of large gene families in Arabidopsis thaliana

short name seqs tan seg exp
tan
exp
seg
tan
obs/
exp
seg
obs/
exp
tan
obs/
exp
seg
obs/
exp
MCP 57 0 4 0.7 43 0 0.09 -1sd med
HtShkTncFct 20 0 2 0.1 15 0 0.13 -1sd med
WRKY 55 0 9 0.7 41 0 0.22 -1sd med
Enod18_ER6 29 0 5 0.2 22 0 0.23 -1sd med
KHTnsptr 22 0 4 0.1 17 0 0.24 -1sd med
GlyTnsf8 24 0 5 0.1 18 0 0.28 -1sd med
PsomeAB 23 0 9 0.1 17 0 0.52 -1sd +1sd
PhosphPtase 26 0 10 0.2 20 0 0.51 -1sd +2sd
HBenzTnsfs 57 9 3 0.7 43 12.2 0.07 med -1sd
NbsLrr 152 54 6 4 114 13.5 0.05 med -1sd
HypProt317 42 10 2 0.4 32 28.6 0.06 med -1sd
MYB 120 1 27 2.6 90 0.38 0.3 med med
PlastocEn20 37 1 8 0.4 28 2.86 0.29 med med
PhotResp 30 1 5 0.2 23 4.55 0.22 med med
Enod16 32 1 6 0.2 24 4.55 0.25 med med
HypProt688 21 1 5 0.1 16 8.33 0.32 med med
CytP450 225 76 16 9 169 8.43 0.09 med med
Oxidored 95 20 12 1.9 71 10.7 0.17 med med
GSDLLipase 97 22 10 1.9 73 11.8 0.14 med med
MFS 68 13 9 1 51 13.4 0.18 med med
Polygalns 65 14 7 1 49 14.4 0.14 med med
CalcinPEst 19 2 3 0.1 14 16.7 0.21 med med
Thaumatin 22 2 5 0.1 17 16.7 0.3 med med
SCDehydRed 84 22 8 1.2 63 17.9 0.13 med med
POT 48 11 5 0.5 36 21.2 0.14 med med
UDPGlycTnsf 109 49 11 2.2 82 21.9 0.13 med med
GlyTnsf9 25 5 5 0.2 19 22.7 0.27 med med
GlycosHdls 47 12 4 0.5 35 23.1 0.11 med med
ExocystEX070 23 3 3 0.1 17 25 0.17 med med
MATE 50 14 4 0.5 38 26.9 0.11 med med
CystProt 31 6 5 0.2 23 27.3 0.22 med med
Expansin 34 6 6 0.2 26 27.3 0.24 med med
XyloTGlyc 33 6 7 0.2 25 27.3 0.28 med med
GTPBP 72 3 19 1 54 3.09 0.35 med +1sd
GrthRegul 33 1 8 0.2 25 4.55 0.32 med +1sd
MajIntrinsProt 38 2 10 0.4 29 5.71 0.35 med +1sd
Calmod 79 8 20 1.2 59 6.5 0.34 med +1sd
PIPCTP 30 2 8 0.2 23 9.09 0.36 med +1sd
CatHydExch 28 5 8 0.2 21 22.7 0.38 med +1sd
ChlABBP 21 4 1 0.1 16 33.3 0.06 +1sd -1sd
HypProt131 28 8 0 0.2 21 36.4 0 +1sd -1sd
HypProt536 25 8 0 0.2 19 36.4 0 +1sd -1sd
SubtilisinSP 53 19 3 0.5 40 36.5 0.08 +1sd -1sd
FlavMonoOx 28 7 6 0.2 21 31.8 0.29 +1sd med
HypProt2752 23 4 2 0.1 17 33.3 0.12 +1sd med
PathRelPr1 22 4 4 0.1 17 33.3 0.24 +1sd med
GlutTnsfs 50 21 6 0.5 38 40.4 0.16 +1sd med
FADOxidor 27 9 4 0.2 20 40.9 0.2 +1sd med
Germin 30 14 2 0.2 23 63.6 0.09 +2sd -1sd
MLP 25 12 3 0.2 19 54.5 0.16 +2sd med