Skip to main content

Table 2 ANOVA analysis of wax traits in the association panel

From: A combination of genome-wide association study and transcriptome analysis in leaf epidermis identifies candidate genes involved in cuticular wax biosynthesis in Brassica napus

Trait Source SS df Mean Square P-value H2
Total wax G 37,981.09 191 197.82 2.41E-57 0.70
Y 22,267.34 1 22,267.34 2.80E-93
G x Y 29,597.49 191 154.15 1.88E-40
Error 30,801.61 772 39.90  
Acids G 24.44 185 0.13 9.60E-13 0.63
Y 13.94 1 13.94 9.40E-45
G x Y 25.00 185 0.14 1.93E-13
Error 45.94 744 0.06  
Aldehydes G 83.74 191 0.44 5.53E-99 0.69
Y 3.27 1 3.27 2.58E-14
G x Y 72.66 191 0.38 1.51E-85
Error 41.92 772 0.05  
Alkanes G 13,825.27 191 72.01 9.11E-118 0.68
Y 1215.46 1 1215.46 5.41E-34
G x Y 12,841.18 191 66.88 4.86E-110
Error 5758.86 772 7.46  
2-Alcohols G 806.35 191 4.20 4.14E-47 0.65
Y 762.84 1 762.84 4.74E-119
G x Y 789.47 191 4.11 1.04E-45
Error 756.20 772 0.98  
C29 Ketone G 2298.71 191 11.97 2.72E-79 0.72
Y 1551.63 1 1551.63 8.69E-126
G x Y 1718.17 191 8.95 7.71E-56
Error 1422.16 772 1.84  
1-Alcohols G 120.84 191 0.63 8.39E-103 0.77
Y 109.31 1 109.31 2.14E-179
G x Y 68.46 191 0.36 6.62E-54
Error 58.20 772 0.08  
Esters G 89.35 191 0.47 2.15E-12 0.66
Y 112.97 1 112.97 1.12E-86
G x Y 76.70 191 0.40 2.90E-08
Error 172.07 772 0.22  
C26 Acid G 49.20 191 0.26 2.14E-27 0.66
Y 7.43 1 7.43 5.83E-20
G x Y 45.93 191 0.24 3.83E-24
Error 64.88 772 0.08  
C28 Acid G 0.09 191 0.00 4.12E-03 0.60
Y 0.00 1 0.00 1.28E-03
G x Y 0.10 191 0.00 1.83E-04
Error 0.28 772 0.00  
C26 Aldehyde G 0.09 191 0.00 1.19E-35 0.66
Y 0.01 1 0.01 2.83E-19
G x Y 0.08 191 0.00 1.67E-31
Error 0.10 772 0.00  
C28 Aldehyde G 24.02 191 0.13 1.40E-77 0.66
Y 0.22 1 0.22 9.19E-04
G x Y 23.11 191 0.12 2.93E-74
Error 15.16 772 0.02  
C30 Aldehyde G 22.21 191 0.12 9.30E-89 0.72
Y 4.42 1 4.42 3.55E-53
G x Y 15.96 191 0.08 1.01E-60
Error 12.37 772 0.02  
C25 Alkane G 0.05 191 0.00 9.51E-69 0.67
Y 0.01 1 0.01 2.04E-48
G x Y 0.05 191 0.00 1.82E-63
Error 0.04 772 0.00  
C26 Alkane G 0.15 191 0.00 4.45E-75 0.66
Y 0.00 1 0.00 2.64E-03
G x Y 0.14 191 0.00 8.02E-73
Error 0.10 772 0.00  
C27 Alkane G 1.91 191 0.01 1.63E-160 0.84
Y 0.04 1 0.04 5.81E-15
G x Y 0.71 191 0.00 1.86E-61
Error 0.55 772 0.00  
C28 Alkane G 0.44 191 0.00 2.96E-87 0.70
Y 0.16 1 0.16 1.75E-83
G x Y 0.36 191 0.00 5.02E-69
Error 0.25 772 0.00  
C29 Alkane G 10,644.50 191 55.44 2.43E-108 0.69
Y 2092.91 1 2092.91 4.11E-62
G x Y 9158.35 191 47.70 1.77E-93
Error 4853.36 772 6.29  
C30 Alkane G 1.98 191 0.01 4.04E-18 0.67
Y 0.50 1 0.50 4.05E-26
G x Y 1.70 191 0.01 7.19E-13
Error 3.23 772 0.00  
C31 Alkane G 922.16 191 4.80 6.50E-73 0.65
Y 117.85 1 117.85 2.73E-31
G x Y 927.06 191 4.83 2.32E-73
Error 614.41 772 0.80  
C29 2-Alcohol G 713.85 191 3.72 6.55E-44 0.65
Y 724.19 1 724.19 7.97E-121
G x Y 708.50 191 3.69 1.98E-43
Error 703.01 772 0.91  
C31 2-Alcohol G 0.63 191 0.00 4.93E-11 0.65
Y 0.10 1 0.10 6.53E-15
G x Y 0.62 191 0.00 1.87E-10
Error 1.28 772 0.00  
C26 1-Alcohol G 65.90 191 0.34 1.52E-92 0.77
Y 63.95 1 63.95 1.43E-175
G x Y 37.33 191 0.19 1.27E-46
Error 35.27 772 0.05  
C28 2-Alcohol G 10.48 191 0.05 1.23E-97 0.75
Y 6.04 1 6.04 2.29E-129
G x Y 6.50 191 0.03 1.29E-56
Error 5.32 772 0.01  
C38 Ester G 0.68 191 0.00 1.21E-03 0.61
Y 0.05 1 0.05 1.14E-05
G x Y 0.70 191 0.00 3.81E-04
Error 1.95 772 0.00  
C40 Ester G 3.08 191 0.02 1.78E-10 0.65
Y 2.05 1 2.05 4.47E-49
G x Y 2.74 191 0.01 1.32E-07
Error 6.33 772 0.01  
C42 Ester G 34.74 191 0.18 2.05E-11 0.66
Y 49.55 1 49.55 1.10E-92
G x Y 30.50 191 0.16 5.09E-08
Error 69.13 772 0.09  
C44 Ester G 11.38 191 0.06 1.29E-02 0.62
Y 3.74 1 3.74 2.01E-18
G x Y 10.81 191 0.06 3.97E-02
Error 35.79 772 0.05  
Total C29 G 26,185.62 191 136.38 1.60E-104 0.69
Y 12,555.16 1 12,555.16 2.20E-119
G x Y 22,094.52 191 115.08 4.14E-88
Error 12,396.99 772 16.06  
Alkane
Pathway
G 31,529.40 191 164.22 3.32E-57 0.70
Y 14,543.28 1 14,543.28 2.02E-77
G x Y 24,847.46 191 129.41 5.01E-41
Error 25,617.74 772 33.18  
1-Alcohol Pathway G 460.79 191 2.40 1.14E-13 0.71
Y 706.92 1 706.92 2.30E-103
G x Y 299.06 191 1.56 8.35E-04
Error 852.10 772 1.10  
  1. Note:G and Y indicate genotype and year, respectively, and G x Y indicate interaction of G and Y. Total C29, the sum of C29 Alkane, C29 Ketone and C29 2-Alcohol; Alkane Pathway, the sum of products from alkane-forming pathway; 1-Alcohol Pathway, the sum of products from alcohol-forming pathway