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Table 2 ANOVA analysis of wax traits in the association panel

From: A combination of genome-wide association study and transcriptome analysis in leaf epidermis identifies candidate genes involved in cuticular wax biosynthesis in Brassica napus

Trait

Source

SS

df

Mean Square

P-value

H2

Total wax

G

37,981.09

191

197.82

2.41E-57

0.70

Y

22,267.34

1

22,267.34

2.80E-93

G x Y

29,597.49

191

154.15

1.88E-40

Error

30,801.61

772

39.90

 

Acids

G

24.44

185

0.13

9.60E-13

0.63

Y

13.94

1

13.94

9.40E-45

G x Y

25.00

185

0.14

1.93E-13

Error

45.94

744

0.06

 

Aldehydes

G

83.74

191

0.44

5.53E-99

0.69

Y

3.27

1

3.27

2.58E-14

G x Y

72.66

191

0.38

1.51E-85

Error

41.92

772

0.05

 

Alkanes

G

13,825.27

191

72.01

9.11E-118

0.68

Y

1215.46

1

1215.46

5.41E-34

G x Y

12,841.18

191

66.88

4.86E-110

Error

5758.86

772

7.46

 

2-Alcohols

G

806.35

191

4.20

4.14E-47

0.65

Y

762.84

1

762.84

4.74E-119

G x Y

789.47

191

4.11

1.04E-45

Error

756.20

772

0.98

 

C29 Ketone

G

2298.71

191

11.97

2.72E-79

0.72

Y

1551.63

1

1551.63

8.69E-126

G x Y

1718.17

191

8.95

7.71E-56

Error

1422.16

772

1.84

 

1-Alcohols

G

120.84

191

0.63

8.39E-103

0.77

Y

109.31

1

109.31

2.14E-179

G x Y

68.46

191

0.36

6.62E-54

Error

58.20

772

0.08

 

Esters

G

89.35

191

0.47

2.15E-12

0.66

Y

112.97

1

112.97

1.12E-86

G x Y

76.70

191

0.40

2.90E-08

Error

172.07

772

0.22

 

C26 Acid

G

49.20

191

0.26

2.14E-27

0.66

Y

7.43

1

7.43

5.83E-20

G x Y

45.93

191

0.24

3.83E-24

Error

64.88

772

0.08

 

C28 Acid

G

0.09

191

0.00

4.12E-03

0.60

Y

0.00

1

0.00

1.28E-03

G x Y

0.10

191

0.00

1.83E-04

Error

0.28

772

0.00

 

C26 Aldehyde

G

0.09

191

0.00

1.19E-35

0.66

Y

0.01

1

0.01

2.83E-19

G x Y

0.08

191

0.00

1.67E-31

Error

0.10

772

0.00

 

C28 Aldehyde

G

24.02

191

0.13

1.40E-77

0.66

Y

0.22

1

0.22

9.19E-04

G x Y

23.11

191

0.12

2.93E-74

Error

15.16

772

0.02

 

C30 Aldehyde

G

22.21

191

0.12

9.30E-89

0.72

Y

4.42

1

4.42

3.55E-53

G x Y

15.96

191

0.08

1.01E-60

Error

12.37

772

0.02

 

C25 Alkane

G

0.05

191

0.00

9.51E-69

0.67

Y

0.01

1

0.01

2.04E-48

G x Y

0.05

191

0.00

1.82E-63

Error

0.04

772

0.00

 

C26 Alkane

G

0.15

191

0.00

4.45E-75

0.66

Y

0.00

1

0.00

2.64E-03

G x Y

0.14

191

0.00

8.02E-73

Error

0.10

772

0.00

 

C27 Alkane

G

1.91

191

0.01

1.63E-160

0.84

Y

0.04

1

0.04

5.81E-15

G x Y

0.71

191

0.00

1.86E-61

Error

0.55

772

0.00

 

C28 Alkane

G

0.44

191

0.00

2.96E-87

0.70

Y

0.16

1

0.16

1.75E-83

G x Y

0.36

191

0.00

5.02E-69

Error

0.25

772

0.00

 

C29 Alkane

G

10,644.50

191

55.44

2.43E-108

0.69

Y

2092.91

1

2092.91

4.11E-62

G x Y

9158.35

191

47.70

1.77E-93

Error

4853.36

772

6.29

 

C30 Alkane

G

1.98

191

0.01

4.04E-18

0.67

Y

0.50

1

0.50

4.05E-26

G x Y

1.70

191

0.01

7.19E-13

Error

3.23

772

0.00

 

C31 Alkane

G

922.16

191

4.80

6.50E-73

0.65

Y

117.85

1

117.85

2.73E-31

G x Y

927.06

191

4.83

2.32E-73

Error

614.41

772

0.80

 

C29 2-Alcohol

G

713.85

191

3.72

6.55E-44

0.65

Y

724.19

1

724.19

7.97E-121

G x Y

708.50

191

3.69

1.98E-43

Error

703.01

772

0.91

 

C31 2-Alcohol

G

0.63

191

0.00

4.93E-11

0.65

Y

0.10

1

0.10

6.53E-15

G x Y

0.62

191

0.00

1.87E-10

Error

1.28

772

0.00

 

C26 1-Alcohol

G

65.90

191

0.34

1.52E-92

0.77

Y

63.95

1

63.95

1.43E-175

G x Y

37.33

191

0.19

1.27E-46

Error

35.27

772

0.05

 

C28 2-Alcohol

G

10.48

191

0.05

1.23E-97

0.75

Y

6.04

1

6.04

2.29E-129

G x Y

6.50

191

0.03

1.29E-56

Error

5.32

772

0.01

 

C38 Ester

G

0.68

191

0.00

1.21E-03

0.61

Y

0.05

1

0.05

1.14E-05

G x Y

0.70

191

0.00

3.81E-04

Error

1.95

772

0.00

 

C40 Ester

G

3.08

191

0.02

1.78E-10

0.65

Y

2.05

1

2.05

4.47E-49

G x Y

2.74

191

0.01

1.32E-07

Error

6.33

772

0.01

 

C42 Ester

G

34.74

191

0.18

2.05E-11

0.66

Y

49.55

1

49.55

1.10E-92

G x Y

30.50

191

0.16

5.09E-08

Error

69.13

772

0.09

 

C44 Ester

G

11.38

191

0.06

1.29E-02

0.62

Y

3.74

1

3.74

2.01E-18

G x Y

10.81

191

0.06

3.97E-02

Error

35.79

772

0.05

 

Total C29

G

26,185.62

191

136.38

1.60E-104

0.69

Y

12,555.16

1

12,555.16

2.20E-119

G x Y

22,094.52

191

115.08

4.14E-88

Error

12,396.99

772

16.06

 

Alkane

Pathway

G

31,529.40

191

164.22

3.32E-57

0.70

Y

14,543.28

1

14,543.28

2.02E-77

G x Y

24,847.46

191

129.41

5.01E-41

Error

25,617.74

772

33.18

 

1-Alcohol Pathway

G

460.79

191

2.40

1.14E-13

0.71

Y

706.92

1

706.92

2.30E-103

G x Y

299.06

191

1.56

8.35E-04

Error

852.10

772

1.10

 
  1. Note:G and Y indicate genotype and year, respectively, and G x Y indicate interaction of G and Y. Total C29, the sum of C29 Alkane, C29 Ketone and C29 2-Alcohol; Alkane Pathway, the sum of products from alkane-forming pathway; 1-Alcohol Pathway, the sum of products from alcohol-forming pathway
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BMC Plant Biology

ISSN: 1471-2229

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