TY - STD TI - Broadley M, Brown P, Cakmak I, Rengel Z, Zhao F. Function of nutrients: Micronutrients. p. 191–248. In: P. Marschner (eds.), Mineral Nutrition of Higher Plants, Elsevier, 2012. ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Burkhead, J. L. AU - Reynolds, K. A. G. AU - Abdel-Ghany, S. E. AU - Cohu, C. M. AU - Pilon, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Copper homeostasis JO - New Phytol VL - 182 UR - https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.2009.02846.x DO - 10.1111/j.1469-8137.2009.02846.x ID - Burkhead2009 ER - TY - JOUR AU - Yruela Guerrero, I. PY - 2009 DA - 2009// TI - Copper in plants: acquisition, transport and interactions JO - Funct Plant Biol VL - 36 UR - https://doi.org/10.1071/FP08288 DO - 10.1071/FP08288 ID - Yruela Guerrero2009 ER - TY - JOUR AU - Yan, J. AU - Chia, J. C. AU - Sheng, H. AU - Jung, H. I. AU - Zhang, L. AU - Huang, R. AU - Jiao, C. AU - Craft, E. J. AU - Fei, Z. PY - 2017 DA - 2017// TI - Arabidopsis pollen fertility requires the transcription factors CITF1 and SPL7 that regulate copper delivery to anthers and jasmonic acid synthesis JO - Plant Cell VL - 29 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.17.00363 DO - 10.1105/tpc.17.00363 ID - Yan2017 ER - TY - JOUR AU - Cambrolle, J. AU - Garcia, J. L. AU - Figueroa, M. E. AU - Cantos, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Evaluating wild grapevine tolerance to copper toxicity JO - Chemosphere. VL - 120 UR - https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2014.06.044 DO - 10.1016/j.chemosphere.2014.06.044 ID - Cambrolle2015 ER - TY - JOUR AU - Leng, X. AU - Jia, H. AU - Sun, X. AU - Shangguan, L. AU - Mu, Q. AU - Wang, B. AU - Fang, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Comparative transcriptome analysis of grapevine in response to copper stress JO - Sci Rep VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/srep17749 DO - 10.1038/srep17749 ID - Leng2015 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. Y. AU - Deng, F. AU - Yamaji, N. AU - Pinson, S. R. AU - Fujii-Kashino, M. AU - Danku, J. AU - Douglas, A. AU - Guerinot, M. L. AU - Salt, D. E. AU - Ma, J. F. PY - 2016 DA - 2016// TI - A heavy metal P-type ATPase OsHMA4 prevents copper accumulation in rice grain JO - Nat Commun VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms12138 DO - 10.1038/ncomms12138 ID - Huang2016 ER - TY - JOUR AU - Zhao, F. J. AU - Ma, Y. AU - Zhu, Y. G. AU - Tang, Z. AU - McGrath, S. P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Soil contamination in China: current status and mitigation strategies JO - Environ Sci Technol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1021/es5047099 DO - 10.1021/es5047099 ID - Zhao2015 ER - TY - JOUR AU - Clemens, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Molecular mechanisms of plant metal tolerance and homeostasis JO - Planta. VL - 212 UR - https://doi.org/10.1007/s004250000458 DO - 10.1007/s004250000458 ID - Clemens2001 ER - TY - JOUR AU - Clemens, S. AU - Palmgren, M. G. AU - Kramer, U. PY - 2002 DA - 2002// TI - A long way ahead: understanding and engineering plant metal accumulation JO - Trends Plant Sci VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/S1360-1385(02)02295-1 DO - 10.1016/S1360-1385(02)02295-1 ID - Clemens2002 ER - TY - JOUR AU - Aguirre, G. AU - Pilon, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Copper delivery to chloroplast proteins and its regulation JO - Front Plant Sci VL - 6 UR - https://doi.org/10.3389/fpls.2015.01250 DO - 10.3389/fpls.2015.01250 ID - Aguirre2016 ER - TY - JOUR AU - Sancenon, V. AU - Puig, S. AU - Mateu-Andres, I. AU - Dorcey, E. AU - Thiele, D. J. AU - Penarrubia, L. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Arabidopsis copper transporter COPT1 functions in root elongation and pollen development JO - J Biol Chem VL - 279 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M313321200 DO - 10.1074/jbc.M313321200 ID - Sancenon2004 ER - TY - JOUR AU - Jung, H. I. AU - Gayomba, S. R. AU - Rutzke, M. A. AU - Craft, E. AU - Kochian, L. V. AU - Vatamaniuk, O. K. PY - 2012 DA - 2012// TI - COPT6 is a plasma membrane transporter that functions in copper homeostasis in Arabidopsis and is a novel target of SQUAMOSA promoter-binding protein-like 7 JO - J Biol Chem VL - 287 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M112.397810 DO - 10.1074/jbc.M112.397810 ID - Jung2012 ER - TY - JOUR AU - Andres-Colas, N. AU - Sancenon, V. AU - Rodriguez-Navarro, S. AU - Mayo, S. AU - Thiele, D. J. AU - Ecker, J. R. AU - Puig, S. AU - Penarrubia, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Arabidopsis heavy metal P-type ATPase HMA5 interacts with metallochaperones and functions in copper detoxification of roots JO - Plant J VL - 45 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2005.02601.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2005.02601.x ID - Andres-Colas2006 ER - TY - JOUR AU - Shikanai, T. AU - Muller-Moule, P. AU - Munekage, Y. AU - Niyogi, K. K. AU - Pilon, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - PAA1, a P-type ATPase of Arabidopsis, functions in copper transport in chloroplasts JO - Plant Cell VL - 15 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.011817 DO - 10.1105/tpc.011817 ID - Shikanai2003 ER - TY - JOUR AU - Abdel-Ghany, S. E. AU - Muller-Moule, P. AU - Niyogi, K. K. AU - Pilon, M. AU - Shikanai, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Two P-type ATPases are required for copper delivery in Arabidopsis thaliana chloroplasts JO - Plant Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.104.030452 DO - 10.1105/tpc.104.030452 ID - Abdel-Ghany2005 ER - TY - JOUR AU - Zheng, L. AU - Yamaji, N. AU - Yokosho, K. AU - Ma, J. F. PY - 2012 DA - 2012// TI - YSL16 is a phloem-localized transporter of the copper-nicotianamine complex that is responsible for copper distribution in rice JO - Plant Cell VL - 24 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.112.103820 DO - 10.1105/tpc.112.103820 ID - Zheng2012 ER - TY - JOUR AU - Yamasaki, H. AU - Hayashi, M. AU - Fukazawa, M. AU - Kobayashi, Y. AU - Shikanai, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - SQUAMOSA promoter binding protein-like 7 is a central regulator for copper homeostasis in Arabidopsis JO - Plant Cell VL - 21 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.108.060137 DO - 10.1105/tpc.108.060137 ID - Yamasaki2009 ER - TY - JOUR AU - Araki, R. AU - Mermod, M. AU - Yamasaki, H. AU - Kamiya, T. AU - Fujiwara, T. AU - Shikanai, T. PY - 2018 DA - 2018// TI - SPL7 locally regulates copper-homeostasis-related genes in Arabidopsis JO - J Plant Physiol VL - 224 UR - https://doi.org/10.1016/j.jplph.2018.03.014 DO - 10.1016/j.jplph.2018.03.014 ID - Araki2018 ER - TY - JOUR AU - Yamasaki, H. AU - Abdel-Ghany, S. E. AU - Cohu, C. M. AU - Kobayashi, Y. AU - Shikanai, T. AU - Pilon, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Regulation of copper homeostasis by micro-RNA in Arabidopsis JO - J Biol Chem VL - 282 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M700138200 DO - 10.1074/jbc.M700138200 ID - Yamasaki2007 ER - TY - JOUR AU - Bernal, M. AU - Casero, D. AU - Singh, V. AU - Wilson, G. T. AU - Grande, A. AU - Yang, H. AU - Dodani, S. C. AU - Pellegrini, M. AU - Huijser, P. AU - Connolly, E. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transcriptome sequencing identifies SPL7-regulated copper acquisition genes FRO4/FRO5 and the copper dependence of iron homeostasis in Arabidopsis JO - Plant Cell VL - 24 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.111.090431 DO - 10.1105/tpc.111.090431 ID - Bernal2012 ER - TY - JOUR AU - Pilon, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - The copper microRNAs JO - New Phytol VL - 213 UR - https://doi.org/10.1111/nph.14244 DO - 10.1111/nph.14244 ID - Pilon2017 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Meng, X. AU - Dobrovolskaya, O. B. AU - Orlov, Y. L. AU - Chen, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Non-coding RNAs and their roles in stress response in plants JO - Genom Proteom Bioinf VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.gpb.2017.01.007 DO - 10.1016/j.gpb.2017.01.007 ID - Wang2017 ER - TY - JOUR AU - Chien, P. S. AU - Chiang, C. B. AU - Wang, Z. AU - Chiou, T. J. PY - 2017 DA - 2017// TI - MicroRNA-mediated signaling and regulation of nutrient transport and utilization JO - Curr Opin Plant Biol VL - 39 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2017.06.007 DO - 10.1016/j.pbi.2017.06.007 ID - Chien2017 ER - TY - JOUR AU - Abdel-Ghany, S. E. AU - Pilon, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - MicroRNA-mediated systemic down-regulation of copper protein expression in response to low copper availability in Arabidopsis JO - J Biol Chem VL - 283 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M801406200 DO - 10.1074/jbc.M801406200 ID - Abdel-Ghany2008 ER - TY - JOUR AU - Lu, S. AU - Li, Q. AU - Wei, H. AU - Chang, M. AU - Tunlaya-Anukit, S. AU - Kim, H. AU - Liu, J. AU - Song, J. AU - Sun, Y. H. AU - Yuan, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Ptr-miR397a is a negative regulator of laccase genes affecting lignin content in Populus trichocarpa JO - P Natl Acad Sci USA VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1308936110 DO - 10.1073/pnas.1308936110 ID - Lu2013 ER - TY - JOUR AU - Sunkar, R. AU - Kapoor, A. AU - Zhu, J. K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Posttranscriptional induction of two cu/Zn superoxide dismutase genes in Arabidopsis is mediated by downregulation of miR398 and important for oxidative stress tolerance JO - Plant Cell VL - 18 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.106.041673 DO - 10.1105/tpc.106.041673 ID - Sunkar2006 ER - TY - JOUR AU - Chekanova, J. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Long non-coding RNAs and their functions in plants JO - Curr Opin Plant Biol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2015.08.003 DO - 10.1016/j.pbi.2015.08.003 ID - Chekanova2015 ER - TY - JOUR AU - Ma, K. AU - Shi, W. AU - Xu, M. AU - Liu, J. AU - Zhang, F. PY - 2018 DA - 2018// TI - Genome-wide identification and characterization of long non-coding RNA in wheat roots in response to Ca2+ channel blocker JO - Front Plant Sci VL - 9 UR - https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00244 DO - 10.3389/fpls.2018.00244 ID - Ma2018 ER - TY - JOUR AU - Li, Q. F. AU - Zhang, Y. C. AU - Chen, Y. Q. AU - Yu, Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - Circular RNAs roll into the regulatory network of plants JO - Biochem Bioph Res VL - 488 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2017.05.061 DO - 10.1016/j.bbrc.2017.05.061 ID - Li2017 ER - TY - JOUR AU - Salmena, L. AU - Poliseno, L. AU - Tay, Y. AU - Kats, L. AU - Pandolfi, P. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - A ceRNA hypothesis: the Rosetta stone of a hidden RNA language? JO - Cell. VL - 146 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.07.014 DO - 10.1016/j.cell.2011.07.014 ID - Salmena2011 ER - TY - JOUR AU - Xu, X. W. AU - Zhou, X. H. AU - Wang, R. R. AU - Peng, W. L. AU - An, Y. AU - Chen, L. L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Functional analysis of long intergenic non-coding RNAs in phosphate-starved rice using competing endogenous RNA network JO - Sci Rep VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/srep20715 DO - 10.1038/srep20715 ID - Xu2016 ER - TY - JOUR AU - Zhu, M. AU - Zhang, M. AU - Xing, L. AU - Li, W. AU - Jiang, H. AU - Wang, L. AU - Xu, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Transcriptomic analysis of long non-coding RNAs and coding genes uncovers a complex regulatory network that is involved in maize seed development JO - Genes. VL - 8 UR - https://doi.org/10.3390/genes8100274 DO - 10.3390/genes8100274 ID - Zhu2017 ER - TY - JOUR AU - Ren, G. J. AU - Fan, X. C. AU - Liu, T. L. AU - Wang, S. S. AU - Zhao, G. H. PY - 2018 DA - 2018// TI - Genome-wide analysis of differentially expressed profiles of mRNAs, lncRNAs and circRNAs during Cryptosporidium baileyi infection JO - BMC Genomics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-018-4754-2 DO - 10.1186/s12864-018-4754-2 ID - Ren2018 ER - TY - JOUR AU - Meng, X. AU - Zhang, P. AU - Chen, Q. AU - Wang, J. AU - Chen, M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Identification and characterization of ncRNA-associated ceRNA networks in Arabidopsis leaf development JO - BMC Genomics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-018-4993-2 DO - 10.1186/s12864-018-4993-2 ID - Meng2018 ER - TY - JOUR AU - Yuan, Y. AU - Li, J. AU - Xiang, W. AU - Liu, Y. AU - Shu, J. AU - Gou, M. AU - Qing, M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Analyzing the interactions of mRNAs, miRNAs, lncRNAs and circRNAs to predict competing endogenous RNA networks in glioblastoma JO - J Neuro-Oncol VL - 137 UR - https://doi.org/10.1007/s11060-018-2757-0 DO - 10.1007/s11060-018-2757-0 ID - Yuan2018 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. AU - Yang, C. AU - Wang, Z. AU - Yang, Z. AU - Chen, D. AU - Wu, Y. PY - 2019 DA - 2019// TI - LncRNA expression profile and ceRNA analysis in tomato during flowering JO - PLoS One VL - 14 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0210650 DO - 10.1371/journal.pone.0210650 ID - Yang2019 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Wang, Q. AU - Gao, L. AU - Zhu, B. AU - Luo, Y. AU - Deng, Z. AU - Zuo, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Integrative analysis of circRNAs acting as ceRNAs involved in ethylene pathway in tomato JO - Physiol Plantarum VL - 161 UR - https://doi.org/10.1111/ppl.12600 DO - 10.1111/ppl.12600 ID - Wang2017 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. AU - Xu, Y. AU - Zhang, S. AU - Cao, L. AU - Huang, Y. AU - Cheng, J. AU - Wu, G. AU - Tian, S. AU - Chen, C. AU - Liu, Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - Genomic analyses of primitive, wild and cultivated citrus provide insights into asexual reproduction JO - Nat Genet VL - 49 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3839 DO - 10.1038/ng.3839 ID - Wang2017 ER - TY - STD TI - He X, Guo S, Wang Y, Wang L, Shu S, Sun J, et al. Physiol Plantarum. 2019. https://doi.org/10.1111/ppl.12997. ID - ref40 ER - TY - JOUR AU - Su, X. Q. AU - Xing, J. D. AU - Wang, Z. Z. AU - Chen, L. AU - Cui, M. AU - Jiang, B. H. PY - 2013 DA - 2013// TI - microRNAs and ceRNAs: RNA networks in pathogenesis of cancer JO - Chinese J Cancer Res VL - 25 ID - Su2013 ER - TY - JOUR AU - Leng, X. AU - Wang, P. AU - Zhao, P. AU - Wang, M. AU - Cui, L. AU - Shangguan, L. AU - Wang, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Conservation of microRNA-mediated regulatory networks in response to copper stress in grapevine JO - Plant Growth Regul VL - 82 UR - https://doi.org/10.1007/s10725-017-0259-2 DO - 10.1007/s10725-017-0259-2 ID - Leng2017 ER - TY - JOUR AU - Gielen, H. AU - Remans, T. AU - Vangronsveld, J. AU - Cuypers, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Toxicity responses of cu and cd: the involvement of miRNAs and the transcription factor SPL7 JO - BMC Plant Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s12870-016-0830-4 DO - 10.1186/s12870-016-0830-4 ID - Gielen2016 ER - TY - JOUR AU - Gupta, O. P. AU - Sharma, P. AU - Gupta, R. K. AU - Sharma, I. PY - 2014 DA - 2014// TI - MicroRNA mediated regulation of metal toxicity in plants: present status and future perspectives JO - Plant Mol Biol VL - 84 UR - https://doi.org/10.1007/s11103-013-0120-6 DO - 10.1007/s11103-013-0120-6 ID - Gupta2014 ER - TY - JOUR AU - Ding, Y. AU - Chen, Z. AU - Zhu, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Microarray-based analysis of cadmium-responsive microRNAs in rice (Oryza sativa) JO - J Exp Bot VL - 62 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/err046 DO - 10.1093/jxb/err046 ID - Ding2011 ER - TY - JOUR AU - Wojas, S. AU - Hennig, J. AU - Plaza, S. AU - Geisler, M. AU - Siemianowski, O. AU - Sklodowska, A. AU - Ruszczynska, A. AU - Bulska, E. AU - Antosiewicz, D. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ectopic expression of Arabidopsis ABC transporter MRP7 modifies cadmium root-to-shoot transport and accumulation JO - Environ Pollut VL - 157 UR - https://doi.org/10.1016/j.envpol.2009.04.024 DO - 10.1016/j.envpol.2009.04.024 ID - Wojas2009 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. Y. AU - Bovet, L. AU - Maeshima, M. AU - Martinoia, E. AU - Lee, Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - The ABC transporter AtPDR8 is a cadmium extrusion pump conferring heavy metal resistance JO - Plant J VL - 50 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2007.03044.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2007.03044.x ID - Kim2007 ER - TY - JOUR AU - Lubkowitz, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - The oligopeptide transporters: a small gene family with a diverse group of substrates and functions? JO - Mol Plant VL - 4 UR - https://doi.org/10.1093/mp/ssr004 DO - 10.1093/mp/ssr004 ID - Lubkowitz2011 ER - TY - JOUR AU - Hoegger, P. J. AU - Kilaru, S. AU - James, T. Y. AU - Thacker, J. R. AU - Kues, U. PY - 2006 DA - 2006// TI - Phylogenetic comparison and classification of laccase and related multicopper oxidase protein sequences JO - FEBS J VL - 273 UR - https://doi.org/10.1111/j.1742-4658.2006.05247.x DO - 10.1111/j.1742-4658.2006.05247.x ID - Hoegger2006 ER - TY - JOUR AU - Jonak, C. AU - Nakagami, H. AU - Hirt, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Heavy metal stress. Activation of distinct mitogen-activated protein kinase pathways by copper and cadmium JO - Plant Physiol VL - 136 UR - https://doi.org/10.1104/pp.104.045724 DO - 10.1104/pp.104.045724 ID - Jonak2004 ER - TY - JOUR AU - Yeh, C. M. AU - Hsiao, L. J. AU - Huang, H. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Cadmium activates a mitogen-activated protein kinase gene and MBP kinases in rice JO - Plant Cell Physiol VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pch135 DO - 10.1093/pcp/pch135 ID - Yeh2004 ER - TY - JOUR AU - Liang, W. C. AU - Fu, W. M. AU - Wong, C. W. AU - Wang, Y. AU - Wang, W. M. AU - Hu, G. X. AU - Zhang, L. AU - Xiao, L. J. AU - Wan, D. C. C. AU - Zhang, J. F. PY - 2015 DA - 2015// TI - The lncRNA H19 promotes epithelial to mesenchymal transition by functioning as miRNA sponges in colorectal cancer JO - Oncotarget. VL - 6 ID - Liang2015 ER - TY - JOUR AU - Wang, K. AU - Liu, C. Y. AU - Zhou, L. Y. AU - Wang, J. X. AU - Wang, M. AU - Zhao, B. AU - Zhao, W. K. AU - Xu, S. J. AU - Fan, L. H. AU - Zhang, X. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - APF lncRNA regulates autophagy and myocardial infarction by targeting miR-188-3p JO - Nat Commun VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms7779 DO - 10.1038/ncomms7779 ID - Wang2015 ER - TY - JOUR AU - Franco-Zorrilla, J. M. AU - Valli, A. AU - Todesco, M. AU - Mateos, I. AU - Puga, M. I. AU - Rubio-Somoza, I. AU - Leyva, A. AU - Weigel, D. AU - Garcia, J. A. AU - Paz-Ares, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Target mimicry provides a new mechanism for regulation of microRNA activity JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng2079 DO - 10.1038/ng2079 ID - Franco-Zorrilla2007 ER - TY - JOUR AU - Zheng, Q. P. AU - Bao, C. Y. AU - Guo, W. J. AU - Li, S. Y. AU - Chen, J. AU - Chen, B. AU - Luo, Y. T. AU - Lyu, D. B. AU - Li, Y. AU - Shi, G. H. PY - 2016 DA - 2016// TI - Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs JO - Nat Commun VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms11215 DO - 10.1038/ncomms11215 ID - Zheng2016 ER - TY - JOUR AU - Hou, J. AU - Lu, D. AU - Mason, A. S. AU - Li, B. AU - Xiao, M. AU - An, S. AU - Fu, D. PY - 2019 DA - 2019// TI - Non-coding RNAs and transposable elements in plant genomes: emergence, regulatory mechanisms and roles in plant development and stress responses JO - Planta. VL - 50 UR - https://doi.org/10.1007/s00425-019-03166-7 DO - 10.1007/s00425-019-03166-7 ID - Hou2019 ER - TY - JOUR AU - Fu, X. Z. AU - Khan, E. U. AU - Hu, S. S. AU - Fan, Q. J. AU - Liu, J. H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Overexpression of the betaine aldehyde dehydrogenase gene from Atriplex hortensis enhances salt tolerance in the transgenic trifoliate orange (Poncirus trifoliata L. Raf.) JO - Environ Exp Bot VL - 74 UR - https://doi.org/10.1016/j.envexpbot.2011.05.006 DO - 10.1016/j.envexpbot.2011.05.006 ID - Fu2011 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Pertea, G. AU - Trapnell, C. AU - Pimentel, H. AU - Kelley, R. AU - Salzberg, S. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-4-r36 DO - 10.1186/gb-2013-14-4-r36 ID - Kim2013 ER - TY - JOUR AU - Li, B. AU - Dewey, C. N. PY - 2011 DA - 2011// TI - RSEM: accurate transcript quantification from RNA-Seq data with or without a reference genome JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-323 DO - 10.1186/1471-2105-12-323 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Robinson, M. D. AU - McCarthy, D. J. AU - Smyth, G. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - EdgeR: a bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp616 DO - 10.1093/bioinformatics/btp616 ID - Robinson2010 ER - TY - JOUR AU - Ding, Z. H. AU - Wu, C. L. AU - Tie, W. W. AU - Yan, Y. AU - He, G. Y. AU - Hu, W. PY - 2019 DA - 2019// TI - Strand-specific RNA-seq based identification and functional prediction of lncRNAs in response to melatonin and simulated drought stresses in cassava JO - Plant Physiol Bioch VL - 140 UR - https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2019.05.008 DO - 10.1016/j.plaphy.2019.05.008 ID - Ding2019 ER - TY - JOUR AU - Quinn, J. J. AU - Chang, H. Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Unique features of long non-coding RNA biogenesis and function JO - Nat Rev Genet VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nrg.2015.10 DO - 10.1038/nrg.2015.10 ID - Quinn2016 ER - TY - JOUR AU - Jia, H. AU - Osak, M. AU - Bogu, G. K. AU - Stanton, L. W. AU - Johnson, R. AU - Lipovich, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome-wide computational identification and manual annotation of human long noncoding RNA genes JO - RNA. VL - 16 UR - https://doi.org/10.1261/rna.1951310 DO - 10.1261/rna.1951310 ID - Jia2010 ER - TY - JOUR AU - Ou, L. AU - Liu, Z. AU - Zhang, Z. AU - Wei, G. AU - Zhang, Y. AU - Kang, L. AU - Yang, B. AU - Yang, S. AU - Lv, J. AU - Liu, Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - Noncoding and coding transcriptome analysis reveals the regulation roles of long noncoding RNAs in fruit development of hot pepper (Capsicum annuum L.) JO - Plant Growth Regul VL - 83 UR - https://doi.org/10.1007/s10725-017-0290-3 DO - 10.1007/s10725-017-0290-3 ID - Ou2017 ER - TY - JOUR AU - Gao, Y. AU - Wang, J. AU - Zhao, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-014-0571-3 DO - 10.1186/s13059-014-0571-3 ID - Gao2015 ER - TY - JOUR AU - Zhang, X. O. AU - Wang, H. B. AU - Zhang, Y. AU - Lu, X. AU - Chen, L. L. AU - Yang, L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Complementary sequence-mediated exon circularization JO - Cell. VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.09.001 DO - 10.1016/j.cell.2014.09.001 ID - Zhang2014 ER - TY - JOUR AU - Wu, H. J. AU - Ma, Y. K. AU - Chen, T. AU - Wang, M. AU - Wang, X. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - PsRobot: a web-based plant small RNA meta-analysis toolbox JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks554 DO - 10.1093/nar/gks554 ID - Wu2012 ER - TY - JOUR AU - Shannon, P. AU - Markiel, A. AU - Ozier, O. AU - Baliga, N. S. AU - Wang, J. T. AU - Ramage, D. AU - Amin, N. AU - Schwikowski, B. AU - Ideker, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1239303 DO - 10.1101/gr.1239303 ID - Shannon2003 ER -