Skip to main content

Table 4 Marker-trait associations found for normal and late sown conditions keeping significant threshold p-value at 3.00 (−log10)

From: Genome-wide association studies of seven agronomic traits under two sowing conditions in bread wheat

Trait   Marker Chr Pos (Mbs) Allele MAF -log10(p) Marker R2
Days to heading (DH) NS S2A_573947917 2A 573.95 A/G 0.314 3.51 0.15
S2B_15783383 2B 15.78 A/T 0.253 3.38 0.12
S3D_443442947 3D 443.44 G/T 0.079 3.33 0.13
S5D_42549600 5D 42.55 G/A 0.365 3.56 0.15
S7B_480230158 7B 480.23 T/C 0.057 3.06 0.1
S7D_6002850 7D 6 C/T 0.48 3.34 0.15
LS S1D_416730006 1D 416.73 T/C 0.162 3.16 0.14
S1D_417084381 1D 417.08 C/G 0.193 3.13 0.11
S2A_43211220 2A 43.21 T/C 0.252 3.22 0.14
S4A_610095520 4A 610.1 G/A 0.115 3.29 0.14
S5B_586352552 5B 586.35 G/A 0.497 3.36 0.15
S5D_44161505 5D 44.16 G/A 0.288 3.31 0.13
S5D_552389328 5D 552.39 T/C 0.185 3.29 0.13
S6A_71077435 6A 71.08 T/C 0.353 3.17 0.15
S6B_296392848 6B 296.39 C/T 0.121 3.27 0.13
S6B_557614637 6B 557.61 C/A 0.382 3.44 0.11
S6B_700058360 6B 700.06 G/A 0.113 3.58 0.15
S7A_3066534 7A 3.07 T/G 0.306 3.08 0.12
S7A_321565067 7A 321.57 G/A 0.066 3.05 0.12
S7A_571203933 7A 571.2 T/A 0.104 3.13 0.13
Grain filling duration (GFD) NS S1A_48746498 1A 48.75 T/G 0.215 3 0.13
S2B_778750293 2B 778.75 G/T 0.155 3.37 0.14
S3B_627922 3B 0.63 A/G 0.195 3.35 0.14
S3B_792848261 3B 792.85 C/T 0.103 3.18 0.14
S3B_819163184 3B 819.16 A/C 0.19 3.39 0.14
S4D_441092051 4D 441.09 G/A 0.082 3.14 0.13
S5B_498781903 5B 498.78 G/A 0.223 3.99 0.16
S5D_82195139 5D 82.2 G/A 0.064 3.06 0.12
S5D_193133124 5D 193.13 C/G 0.087 3.3 0.14
S7A_17544272 7A 17.54 T/C 0.43 3.09 0.13
S7B_603999358 7B 604 C/T 0.053 3.59 0.16
S7D_28710742 7D 28.71 G/T 0.052 3.03 0.1
LS S1B_608238167 1B 608.24 G/A 0.141 3.18 0.15
S1D_79799048 1D 79.8 A/T 0.068 4.03 0.13
S2B_10582115 2B 10.58 A/C 0.127 3.07 0.13
S2B_425762009 2B 425.76 G/T 0.279 3.33 0.14
S4A_610095520 4A 610.1 G/A 0.115 3.24 0.14
S4A_627995501 4A 628 G/A 0.274 3.4 0.14
S5A_551669444 5A 551.67 G/A 0.17 3.13 0.13
S6B_92246917 6B 92.25 A/T 0.456 3.58 0.14
S6B_256489407 6B 256.49 G/A 0.08 3 0.13
Plant height (PH) NS S3B_824599939 3B 824.6 C/T 0.347 3.16 0.14
S3D_12741374 3D 12.74 G/T 0.083 3.9 0.17
S4A_710817792 4A 710.82 C/T 0.059 4.98 0.18
S4B_95449920 4B 95.45 G/A 0.165 3.01 0.12
S5A_14254129 5A 14.25 G/A 0.057 4.4 0.23
S5A_426002537 5A 426 G/A 0.23 3.48 0.14
S5A_432036515 5A 432.04 G/A 0.142 3.28 0.12
S6A_212352003 6A 212.35 A/T 0.072 3.65 0.16
S7A_163318525 7A 163.32 G/T 0.057 3.2 0.1
S7A_618498297 7A 618.5 T/C 0.148 3.09 0.09
S7A_643002715 7A 643 G/A 0.223 3.01 0.09
LS S1B_687868186 1B 687.87 A/T 0.49 3.82 0.14
S2A_14756019 2A 14.76 A/G 0.055 3.52 0.13
S2A_748204192 2A 748.2 A/C 0.358 3.3 0.12
S2B_9131487 2B 9.13 T/G 0.054 3.03 0.11
S2B_18494584 2B 18.49 A/T 0.088 3.07 0.11
S2B_770220840 2B 770.22 G/C 0.446 4.21 0.16
S3B_32471134 3B 32.47 A/G 0.487 3.16 0.12
S3B_33202313 3B 33.2 A/G 0.29 3.51 0.13
S3B_375363377 3B 375.36 G/A 0.051 3.86 0.14
S5A_625839432 5A 625.84 C/T 0.055 3.58 0.14
S6A_611557056 6A 611.56 C/T 0.253 3.37 0.1
S7A_6229645 7A 6.23 G/A 0.089 3.68 0.14
Spikes per plan (SPP) NS S5A_593094332 5A 593.09 G/A 0.197 3.09 0.13
S5B_62834860 5B 62.83 A/G 0.347 3.03 0.12
S5B_411753477 5B 411.75 G/C 0.314 3.68 0.15
S6A_611078199 6A 611.08 A/C 0.131 3.04 0.09
S7A_695820062 7A 695.82 A/G 0.322 3.07 0.13
S7B_687824893 7B 687.82 A/G 0.352 3.16 0.13
S7B_700803008 7B 700.8 A/G 0.313 3.44 0.11
LS S1B_475270285 1B 475.27 G/T 0.195 3.43 0.14
S2D_72213516 2D 72.21 G/A 0.131 3.17 0.12
S2D_73405773 2D 73.41 C/T 0.128 3.12 0.12
S2D_74859293 2D 74.86 C/T 0.135 3.65 0.12
S4B_663622013 4B 663.62 C/T 0.155 4.06 0.14
S7A_69855692 7A 69.86 G/C 0.12 3.28 0.12
Grain numbers per spike (GNS) NS S3A_730295762 3A 730.3 T/G 0.169 3.02 0.1
S5D_503657305 5D 503.66 A/G 0.431 3.27 0.14
S7B_687521301 7B 687.52 T/C 0.269 3.86 0.16
LS S2A_1050029 2A 1.05 A/G 0.412 3.81 0.16
S2A_575379774 2A 575.38 C/T 0.142 3.18 0.12
S2D_12870959 2D 12.87 C/G 0.234 3.02 0.13
S6A_615812205 6A 615.81 T/G 0.132 3.2 0.12
S6D_137788118 6D 137.79 G/A 0.13 4.35 0.19
Thousand kernel weight (TKW) NS S1B_526812249 1B 526.81 G/A 0.228 3.2 0.13
S2A_752870462 2A 752.87 A/G 0.219 3.25 0.13
S2B_235163611 2B 235.16 T/G 0.099 3.03 0.12
S4A_733664972 4A 733.66 C/T 0.134 3.65 0.15
S4A_737882127 4A 737.88 T/G 0.331 3.15 0.12
S6A_453869891 6A 453.87 A/G 0.07 3.31 0.1
S6B_47885327 6B 47.89 C/T 0.281 3.42 0.14
S6B_48222896 6B 48.22 C/T 0.156 3.52 0.11
S6B_48349083 6B 48.35 T/C 0.141 3.07 0.12
S6B_51093265 6B 51.09 A/C 0.153 3.84 0.12
S7A_646503003 7A 646.5 G/A 0.059 3.08 0.09
S7A_718192191 7A 718.19 T/C 0.355 3.11 0.1
S7A_732742920 7A 732.74 A/G 0.143 3.44 0.11
S7A_735390023 7A 735.39 A/G 0.204 3.35 0.1
LS S2A_763944016 2A 763.94 G/A 0.352 3.09 0.13
S3B_220267045 3B 220.27 G/A 0.202 3.43 0.11
S3B_577609492 3B 577.61 A/G 0.165 3.07 0.1
S5B_648308504 5B 648.31 C/A 0.22 3.13 0.13
S6A_453869891 6A 453.87 A/G 0.07 3.07 0.1
S6B_680699350 6B 680.7 C/T 0.223 4.33 0.18
S7A_720839381 7A 720.84 T/C 0.299 3.06 0.1
Grain yield (GY) NS S1A_22415204 1A 22.42 G/T 0.232 3.04 0.13
S1B_465548215 1B 465.55 A/C 0.169 3.1 0.13
S1D_351086570 1D 351.09 C/T 0.421 3.29 0.14
S2B_43278561 2B 43.28 T/C 0.076 3.54 0.12
S2B_79870855 2B 79.87 G/A 0.107 3.68 0.12
S2B_753442043 2B 753.44 G/C 0.439 3.18 0.13
S3A_661975132 3A 661.98 C/A 0.129 3.02 0.12
S3B_285767866 3B 285.77 C/T 0.247 3.09 0.14
S3B_697598464 3B 697.6 C/A 0.18 3.4 0.14
S5B_310279281 5B 310.28 C/A 0.084 3.03 0.12
S6A_340738287 6A 340.74 T/C 0.326 3.2 0.13
S6D_3422539 6D 3.42 G/A 0.138 4.36 0.19
S6D_6070376 6D 6.07 T/A 0.089 3.46 0.14
S7A_720744946 7A 720.74 G/A 0.233 3.02 0.14
S7B_608086910 7B 608.09 C/A 0.168 3.1 0.1
S7D_4215106 7D 4.22 G/A 0.238 3.19 0.14
LS S1A_14224631 1A 14.22 C/T 0.126 3.19 0.13
S1B_49723852 1B 49.72 C/T 0.178 3.22 0.13
S1B_164107163 1B 164.11 G/C 0.365 3.59 0.14
S1B_592939183 1B 592.94 C/T 0.133 3.58 0.16
S1D_250212446 1D 250.21 T/C 0.292 3 0.12
S1D_450556479 1D 450.56 A/G 0.107 4.45 0.15
S2A_488411487 2A 488.41 T/C 0.182 3.11 0.13
S2A_748559027 2A 748.56 T/C 0.435 3.03 0.12
S2D_21561794 2D 21.56 G/C 0.293 3.61 0.15
S2D_22673899 2D 22.67 G/C 0.301 3.66 0.16
S3A_21102523 3A 21.1 T/C 0.419 3.1 0.1
S5A_129333455 5A 129.33 C/T 0.285 3.09 0.15
S6D_471249189 6D 471.25 A/T 0.335 4.23 0.17
S7A_268653916 7A 268.65 T/G 0.244 3.39 0.13
S7A_511720607 7A 511.72 G/A 0.184 3.52 0.11
S7A_512974235 7A 512.97 C/T 0.179 3.72 0.15
S7B_700803008 7B 700.8 A/G 0.313 3.01 0.1