Genome-wide association studies of seven agronomic traits under two sowing conditions in bread wheat

Jamil, Muhammad; Ali, Aamir; Gul, Alvina; Ghafoor, Abdul; Napar, Abdul Aziz; Ibrahim, Amir M. H.; Naveed, Naima Huma; Yasin, Nasim Ahmad; Mujeeb-Kazi, Abdul

doi:10.1186/s12870-019-1754-6

BMC Plant Biology

Table 4 Marker-trait associations found for normal and late sown conditions keeping significant threshold p-value at 3.00 (−log10)

From: Genome-wide association studies of seven agronomic traits under two sowing conditions in bread wheat

Trait		Marker	Chr	Pos (Mbs)	Allele	MAF	-log10(p)	Marker R²
Days to heading (DH)	NS	S2A_573947917	2A	573.95	A/G	0.314	3.51	0.15
		S2B_15783383	2B	15.78	A/T	0.253	3.38	0.12
		S3D_443442947	3D	443.44	G/T	0.079	3.33	0.13
		S5D_42549600	5D	42.55	G/A	0.365	3.56	0.15
		S7B_480230158	7B	480.23	T/C	0.057	3.06	0.1
		S7D_6002850	7D	6	C/T	0.48	3.34	0.15
	LS	S1D_416730006	1D	416.73	T/C	0.162	3.16	0.14
		S1D_417084381	1D	417.08	C/G	0.193	3.13	0.11
		S2A_43211220	2A	43.21	T/C	0.252	3.22	0.14
		S4A_610095520	4A	610.1	G/A	0.115	3.29	0.14
		S5B_586352552	5B	586.35	G/A	0.497	3.36	0.15
		S5D_44161505	5D	44.16	G/A	0.288	3.31	0.13
		S5D_552389328	5D	552.39	T/C	0.185	3.29	0.13
		S6A_71077435	6A	71.08	T/C	0.353	3.17	0.15
		S6B_296392848	6B	296.39	C/T	0.121	3.27	0.13
		S6B_557614637	6B	557.61	C/A	0.382	3.44	0.11
		S6B_700058360	6B	700.06	G/A	0.113	3.58	0.15
		S7A_3066534	7A	3.07	T/G	0.306	3.08	0.12
		S7A_321565067	7A	321.57	G/A	0.066	3.05	0.12
		S7A_571203933	7A	571.2	T/A	0.104	3.13	0.13
Grain filling duration (GFD)	NS	S1A_48746498	1A	48.75	T/G	0.215	3	0.13
		S2B_778750293	2B	778.75	G/T	0.155	3.37	0.14
		S3B_627922	3B	0.63	A/G	0.195	3.35	0.14
		S3B_792848261	3B	792.85	C/T	0.103	3.18	0.14
		S3B_819163184	3B	819.16	A/C	0.19	3.39	0.14
		S4D_441092051	4D	441.09	G/A	0.082	3.14	0.13
		S5B_498781903	5B	498.78	G/A	0.223	3.99	0.16
		S5D_82195139	5D	82.2	G/A	0.064	3.06	0.12
		S5D_193133124	5D	193.13	C/G	0.087	3.3	0.14
		S7A_17544272	7A	17.54	T/C	0.43	3.09	0.13
		S7B_603999358	7B	604	C/T	0.053	3.59	0.16
		S7D_28710742	7D	28.71	G/T	0.052	3.03	0.1
	LS	S1B_608238167	1B	608.24	G/A	0.141	3.18	0.15
		S1D_79799048	1D	79.8	A/T	0.068	4.03	0.13
		S2B_10582115	2B	10.58	A/C	0.127	3.07	0.13
		S2B_425762009	2B	425.76	G/T	0.279	3.33	0.14
		S4A_610095520	4A	610.1	G/A	0.115	3.24	0.14
		S4A_627995501	4A	628	G/A	0.274	3.4	0.14
		S5A_551669444	5A	551.67	G/A	0.17	3.13	0.13
		S6B_92246917	6B	92.25	A/T	0.456	3.58	0.14
		S6B_256489407	6B	256.49	G/A	0.08	3	0.13
Plant height (PH)	NS	S3B_824599939	3B	824.6	C/T	0.347	3.16	0.14
		S3D_12741374	3D	12.74	G/T	0.083	3.9	0.17
		S4A_710817792	4A	710.82	C/T	0.059	4.98	0.18
		S4B_95449920	4B	95.45	G/A	0.165	3.01	0.12
		S5A_14254129	5A	14.25	G/A	0.057	4.4	0.23
		S5A_426002537	5A	426	G/A	0.23	3.48	0.14
		S5A_432036515	5A	432.04	G/A	0.142	3.28	0.12
		S6A_212352003	6A	212.35	A/T	0.072	3.65	0.16
		S7A_163318525	7A	163.32	G/T	0.057	3.2	0.1
		S7A_618498297	7A	618.5	T/C	0.148	3.09	0.09
		S7A_643002715	7A	643	G/A	0.223	3.01	0.09
	LS	S1B_687868186	1B	687.87	A/T	0.49	3.82	0.14
		S2A_14756019	2A	14.76	A/G	0.055	3.52	0.13
		S2A_748204192	2A	748.2	A/C	0.358	3.3	0.12
		S2B_9131487	2B	9.13	T/G	0.054	3.03	0.11
		S2B_18494584	2B	18.49	A/T	0.088	3.07	0.11
		S2B_770220840	2B	770.22	G/C	0.446	4.21	0.16
		S3B_32471134	3B	32.47	A/G	0.487	3.16	0.12
		S3B_33202313	3B	33.2	A/G	0.29	3.51	0.13
		S3B_375363377	3B	375.36	G/A	0.051	3.86	0.14
		S5A_625839432	5A	625.84	C/T	0.055	3.58	0.14
		S6A_611557056	6A	611.56	C/T	0.253	3.37	0.1
		S7A_6229645	7A	6.23	G/A	0.089	3.68	0.14
Spikes per plan (SPP)	NS	S5A_593094332	5A	593.09	G/A	0.197	3.09	0.13
		S5B_62834860	5B	62.83	A/G	0.347	3.03	0.12
		S5B_411753477	5B	411.75	G/C	0.314	3.68	0.15
		S6A_611078199	6A	611.08	A/C	0.131	3.04	0.09
		S7A_695820062	7A	695.82	A/G	0.322	3.07	0.13
		S7B_687824893	7B	687.82	A/G	0.352	3.16	0.13
		S7B_700803008	7B	700.8	A/G	0.313	3.44	0.11
	LS	S1B_475270285	1B	475.27	G/T	0.195	3.43	0.14
		S2D_72213516	2D	72.21	G/A	0.131	3.17	0.12
		S2D_73405773	2D	73.41	C/T	0.128	3.12	0.12
		S2D_74859293	2D	74.86	C/T	0.135	3.65	0.12
		S4B_663622013	4B	663.62	C/T	0.155	4.06	0.14
		S7A_69855692	7A	69.86	G/C	0.12	3.28	0.12
Grain numbers per spike (GNS)	NS	S3A_730295762	3A	730.3	T/G	0.169	3.02	0.1
		S5D_503657305	5D	503.66	A/G	0.431	3.27	0.14
		S7B_687521301	7B	687.52	T/C	0.269	3.86	0.16
	LS	S2A_1050029	2A	1.05	A/G	0.412	3.81	0.16
		S2A_575379774	2A	575.38	C/T	0.142	3.18	0.12
		S2D_12870959	2D	12.87	C/G	0.234	3.02	0.13
		S6A_615812205	6A	615.81	T/G	0.132	3.2	0.12
		S6D_137788118	6D	137.79	G/A	0.13	4.35	0.19
Thousand kernel weight (TKW)	NS	S1B_526812249	1B	526.81	G/A	0.228	3.2	0.13
		S2A_752870462	2A	752.87	A/G	0.219	3.25	0.13
		S2B_235163611	2B	235.16	T/G	0.099	3.03	0.12
		S4A_733664972	4A	733.66	C/T	0.134	3.65	0.15
		S4A_737882127	4A	737.88	T/G	0.331	3.15	0.12
		S6A_453869891	6A	453.87	A/G	0.07	3.31	0.1
		S6B_47885327	6B	47.89	C/T	0.281	3.42	0.14
		S6B_48222896	6B	48.22	C/T	0.156	3.52	0.11
		S6B_48349083	6B	48.35	T/C	0.141	3.07	0.12
		S6B_51093265	6B	51.09	A/C	0.153	3.84	0.12
		S7A_646503003	7A	646.5	G/A	0.059	3.08	0.09
		S7A_718192191	7A	718.19	T/C	0.355	3.11	0.1
		S7A_732742920	7A	732.74	A/G	0.143	3.44	0.11
		S7A_735390023	7A	735.39	A/G	0.204	3.35	0.1
	LS	S2A_763944016	2A	763.94	G/A	0.352	3.09	0.13
		S3B_220267045	3B	220.27	G/A	0.202	3.43	0.11
		S3B_577609492	3B	577.61	A/G	0.165	3.07	0.1
		S5B_648308504	5B	648.31	C/A	0.22	3.13	0.13
		S6A_453869891	6A	453.87	A/G	0.07	3.07	0.1
		S6B_680699350	6B	680.7	C/T	0.223	4.33	0.18
		S7A_720839381	7A	720.84	T/C	0.299	3.06	0.1
Grain yield (GY)	NS	S1A_22415204	1A	22.42	G/T	0.232	3.04	0.13
		S1B_465548215	1B	465.55	A/C	0.169	3.1	0.13
		S1D_351086570	1D	351.09	C/T	0.421	3.29	0.14
		S2B_43278561	2B	43.28	T/C	0.076	3.54	0.12
		S2B_79870855	2B	79.87	G/A	0.107	3.68	0.12
		S2B_753442043	2B	753.44	G/C	0.439	3.18	0.13
		S3A_661975132	3A	661.98	C/A	0.129	3.02	0.12
		S3B_285767866	3B	285.77	C/T	0.247	3.09	0.14
		S3B_697598464	3B	697.6	C/A	0.18	3.4	0.14
		S5B_310279281	5B	310.28	C/A	0.084	3.03	0.12
		S6A_340738287	6A	340.74	T/C	0.326	3.2	0.13
		S6D_3422539	6D	3.42	G/A	0.138	4.36	0.19
		S6D_6070376	6D	6.07	T/A	0.089	3.46	0.14
		S7A_720744946	7A	720.74	G/A	0.233	3.02	0.14
		S7B_608086910	7B	608.09	C/A	0.168	3.1	0.1
		S7D_4215106	7D	4.22	G/A	0.238	3.19	0.14
	LS	S1A_14224631	1A	14.22	C/T	0.126	3.19	0.13
		S1B_49723852	1B	49.72	C/T	0.178	3.22	0.13
		S1B_164107163	1B	164.11	G/C	0.365	3.59	0.14
		S1B_592939183	1B	592.94	C/T	0.133	3.58	0.16
		S1D_250212446	1D	250.21	T/C	0.292	3	0.12
		S1D_450556479	1D	450.56	A/G	0.107	4.45	0.15
		S2A_488411487	2A	488.41	T/C	0.182	3.11	0.13
		S2A_748559027	2A	748.56	T/C	0.435	3.03	0.12
		S2D_21561794	2D	21.56	G/C	0.293	3.61	0.15
		S2D_22673899	2D	22.67	G/C	0.301	3.66	0.16
		S3A_21102523	3A	21.1	T/C	0.419	3.1	0.1
		S5A_129333455	5A	129.33	C/T	0.285	3.09	0.15
		S6D_471249189	6D	471.25	A/T	0.335	4.23	0.17
		S7A_268653916	7A	268.65	T/G	0.244	3.39	0.13
		S7A_511720607	7A	511.72	G/A	0.184	3.52	0.11
		S7A_512974235	7A	512.97	C/T	0.179	3.72	0.15
		S7B_700803008	7B	700.8	A/G	0.313	3.01	0.1

Back to article page

ISSN: 1471-2229

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com