TY - JOUR AU - Dong, X. AU - Jiang, X. AU - Kuang, G. AU - Wang, Q. AU - Zhong, M. AU - Jin, D. AU - Hu, J. -. Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - Genetic control of flowering time in woody plants: roses as an emerging model JO - Plant Diversity VL - 39 UR - https://doi.org/10.1016/j.pld.2017.01.004 DO - 10.1016/j.pld.2017.01.004 ID - Dong2017 ER - TY - JOUR AU - Bendahmane, M. AU - Dubois, A. AU - Raymond, O. AU - Bris, M. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genetics and genomics of flower initiation and development in roses JO - J Exp Bot VL - 64 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/ers387 DO - 10.1093/jxb/ers387 ID - Bendahmane2013 ER - TY - JOUR AU - Li, S. AU - Zhou, N. AU - Zhou, Q. AU - Yan, H. AU - Jian, H. AU - Wang, Q. AU - Chen, M. AU - Qiu, X. AU - Zhang, H. AU - Wang, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Inheritance of perpetual blooming in Rosa chinensis ‘old blush’ JO - Horticult Plant J VL - 1 ID - Li2015 ER - TY - JOUR AU - Randoux, M. AU - Daviere, J. M. AU - Jeauffre, J. AU - Thouroude, T. AU - Pierre, S. AU - Toualbia, Y. AU - Perrotte, J. AU - Reynoird, J. P. AU - Jammes, M. J. AU - Oyant, L. H. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - RoKSN, a floral repressor, forms protein complexes with RoFD and RoFT to regulate vegetative and reproductive development in rose JO - New Phytol VL - 202 UR - https://doi.org/10.1111/nph.12625 DO - 10.1111/nph.12625 ID - Randoux2014 ER - TY - JOUR AU - Iwata, H. AU - Gaston, A. AU - Remay, A. AU - Thouroude, T. AU - Jeauffre, J. AU - Kawamura, K. AU - Oyant, L. H. -. S. AU - Araki, T. AU - Denoyes, B. AU - Foucher, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - The TFL1 homologue KSN is a regulator of continuous flowering in rose and strawberry JO - Plant J VL - 69 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2011.04776.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2011.04776.x ID - Iwata2012 ER - TY - BOOK AU - Vries, D. P. AU - Dubois, L. A. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - Rose breeding: past, present, prospects PB - International Society for Horticultural Science (ISHS) CY - Leuven ID - Vries1996 ER - TY - JOUR AU - Debener, T. AU - Linde, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Exploring complex ornamental genomes: the rose as a model plant JO - Crit Rev Plant Sci VL - 28 UR - https://doi.org/10.1080/07352680903035481 DO - 10.1080/07352680903035481 ID - Debener2009 ER - TY - JOUR AU - Vukosavljev, M. AU - Zhang, J. AU - Esselink, G. D. AU - Westende, W. P. C. AU - Cox, P. AU - Visser, R. G. F. AU - Arens, P. AU - Smulders, M. J. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genetic diversity and differentiation in roses: a garden rose perspective JO - Sci Hortic VL - 162 UR - https://doi.org/10.1016/j.scienta.2013.08.015 DO - 10.1016/j.scienta.2013.08.015 ID - Vukosavljev2013 ER - TY - JOUR AU - Li, D. G. S. AU - Zhao, H. AU - Wang, X. PY - 2016 DA - 2016// TI - Research advances in the genetic relationship of rose germplasm resources JO - J Biol VL - 33 ID - Li2016 ER - TY - JOUR AU - Zhu, Z. -. M. AU - Gao, X. -. F. AU - Fougère-Danezan, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Phylogeny of Rosa sections Chinenses and Synstylae (Rosaceae) based on chloroplast and nuclear markers JO - Mol Phylogenet Evol VL - 87 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2015.03.014 DO - 10.1016/j.ympev.2015.03.014 ID - Zhu2015 ER - TY - JOUR AU - Fougere-Danezan, M. AU - Joly, S. AU - Bruneau, A. AU - Gao, X. -. F. AU - Zhang, L. -. B. PY - 2015 DA - 2015// TI - Phylogeny and biogeography of wild roses with specific attention to polyploids JO - Ann Bot VL - 115 UR - https://doi.org/10.1093/aob/mcu245 DO - 10.1093/aob/mcu245 ID - Fougere-Danezan2015 ER - TY - STD TI - Koopman WJ, Volker W,Katrien DC, Johan VH, Jan DR, JH SG, Dirk V, Ben V, M RC, Bert M et al. AFLP markers as a tool to reconstruct complex relationships: a case study in Rosa (Rosaceae). Am J Bot. 2008;95(3):353–66. ID - ref12 ER - TY - BOOK AU - Cairns, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Modern roses XII PB - Academic Press CY - New York ID - Cairns2007 ER - TY - CHAP AU - Foucher, F. AU - Hibrand-Saint Oyant, L. AU - Hamama, L. AU - Sakr, S. AU - Nybom, H. AU - Baudino, S. AU - Caissard, J. P. AU - Hokanson, S. C. AU - Byrne, D. M. AU - Smulder, J. M. S. ED - Debener, T. ED - Linde, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Towards the Rose Genome Sequence and Its Use in Research and Breeding BT - Vi International Symposium on Rose Research and Cultivation PB - Int Soc Horticultural Science CY - Leuven 1 ID - Foucher2015 ER - TY - STD TI - Raymond O, Gouzy J, Just J, Badouin H, Verdenaud M, Lemainque A, Vergne P, Moja S, Choisne N, Pont C, et al. The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses. Nat Genet. 2018;50:772–77. ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Guterman, I. AU - Shalit, M. AU - Menda, N. AU - Piestun, D. AU - Dafny-Yelin, M. AU - Shalev, G. AU - Bar, E. AU - Davydov, O. AU - Ovadis, M. AU - Emanuel, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Rose scent: genomics approach to discovering novel floral fragrance–related genes JO - Plant Cell VL - 14 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.005207 DO - 10.1105/tpc.005207 ID - Guterman2002 ER - TY - JOUR AU - Dubois, A. AU - Remay, A. AU - Raymond, O. AU - Balzergue, S. AU - Chauvet, A. AU - Maene, M. AU - Pécrix, Y. AU - Yang, S. -. H. AU - Jeauffre, J. AU - Thouroude, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genomic approach to study floral development genes in Rosa sp JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0028455 DO - 10.1371/journal.pone.0028455 ID - Dubois2011 ER - TY - JOUR AU - Dubois, A. AU - Carrere, S. AU - Raymond, O. AU - Pouvreau, B. AU - Cottret, L. AU - Roccia, A. AU - Onesto, J. -. P. AU - Sakr, S. AU - Atanassova, R. AU - Baudino, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transcriptome database resource and gene expression atlas for the rose JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-638 DO - 10.1186/1471-2164-13-638 ID - Dubois2012 ER - TY - JOUR AU - Yan, H. AU - Hao, Z. AU - Min, C. AU - Jian, H. AU - Baudino, S. AU - Caissard, J. C. AU - Bendahmane, M. AU - Li, S. AU - Zhang, T. AU - Zhou, N. PY - 2014 DA - 2014// TI - Transcriptome and gene expression analysis during flower blooming in Rosa chinensis ‘pallida’ JO - Gene VL - 540 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2014.02.008 DO - 10.1016/j.gene.2014.02.008 ID - Yan2014 ER - TY - JOUR AU - Yan, H. AU - Zhang, H. AU - Wang, Q. AU - Jian, H. AU - Qiu, X. AU - Baudino, S. AU - Just, J. AU - Raymond, O. AU - Gu, L. AU - Wang, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - The Rosa chinensis cv. Viridiflora Phyllody Phenotype is associated with misexpression of flower organ identity genes JO - Front Plant Sci VL - 7 ID - Yan2016 ER - TY - JOUR AU - Zhang, X. Y. AU - Zhang, J. Z. AU - Zhang, W. W. AU - Yang, T. AU - Xiong, Y. AU - Che, D. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Transcriptome sequencing and de novo analysis of Rosa multiflora under cold stress JO - Acta Physiol Plant VL - 38 ID - Zhang2016 ER - TY - JOUR AU - Gao, Y. AU - Liu, C. AU - Li, X. AU - Xu, H. AU - Liang, Y. AU - Ma, N. AU - Fei, Z. AU - Gao, J. AU - Jiang, C. -. Z. AU - Ma, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Transcriptome profiling of petal abscission zone and functional analysis of an Aux/IAA family gene RhIAA16 involved in petal shedding in rose JO - Front Plant Sci VL - 7 ID - Gao2016 ER - TY - JOUR AU - Vukosavljev, M. AU - Arens, P. AU - Voorrips, R. E. AU - Westende, W. P. C. AU - Esselink, G. D. AU - Bourke, P. M. AU - Cox, P. AU - Weg, W. E. AU - Visser, R. G. F. AU - Maliepaard, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - High-density SNP-based genetic maps for the parents of an outcrossed and a selfed tetraploid garden rose cross, inferred from admixed progeny using the 68k rose SNP array JO - Horticult Res VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/hortres.2016.52 DO - 10.1038/hortres.2016.52 ID - Vukosavljev2016 ER - TY - JOUR AU - Koning-Boucoiran, C. F. S. AU - Esselink, G. D. AU - Vukosavljev, M. AU - Westende, W. P. C. AU - Gitonga, V. W. AU - Krens, F. A. AU - Voorrips, R. E. AU - Weg, W. E. AU - Schulz, D. AU - Debener, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - Using RNA-Seq to assemble a rose transcriptome with more than 13,000 full-length expressed genes and to develop the WagRhSNP 68k Axiom SNP array for rose (Rosa L.) JO - Front Plant Sci VL - 6 UR - https://doi.org/10.3389/fpls.2015.00249 DO - 10.3389/fpls.2015.00249 ID - Koning-Boucoiran2015 ER - TY - STD TI - Hibrand Saint-Oyant L, Ruttink T, Hamama L, Kirov I, Lakhwani D, Zhou NN, Bourke PM, Daccord N, Leus L, Schulz D, et al. A high-quality genome sequence of Rosa chinensis to elucidate ornamental traits. Nat Plants. 2018;4:1–16. ID - ref25 ER - TY - JOUR AU - Guo, X. AU - Yu, C. AU - Luo, L. AU - Wan, H. AU - Zhen, N. AU - Xu, T. AU - Tan, J. AU - Pan, H. AU - Zhang, Q. PY - 2017 DA - 2017// TI - Transcriptome of the floral transition in Rosa chinensis ‘Old Blush’ JO - BMC Genomics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-017-3584-y DO - 10.1186/s12864-017-3584-y ID - Guo2017 ER - TY - JOUR AU - Han, Y. AU - Wan, H. AU - Cheng, T. AU - Wang, J. AU - Yang, W. AU - Pan, H. AU - Zhang, Q. PY - 2017 DA - 2017// TI - Comparative RNA-seq analysis of transcriptome dynamics during petal development in Rosa chinensis JO - Sci Rep VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/srep43382 DO - 10.1038/srep43382 ID - Han2017 ER - TY - JOUR AU - Yan, X. AU - Zhang, X. AU - Lu, M. AU - He, Y. AU - An, H. PY - 2015 DA - 2015// TI - De novo sequencing analysis of the Rosa roxburghii fruit transcriptome reveals putative ascorbate biosynthetic genes and EST-SSR markers JO - Gene VL - 561 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2015.02.054 DO - 10.1016/j.gene.2015.02.054 ID - Yan2015 ER - TY - JOUR AU - Rohde, A. AU - Morreel, K. AU - Ralph, J. AU - Goeminne, G. AU - Hostyn, V. AU - Rycke, R. AU - Kushnir, S. AU - Doorsselaere, J. AU - Joseleau, J. -. P. AU - Vuylsteke, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Molecular phenotyping of the pal1 and pal2 mutants of Arabidopsis thaliana reveals far-reaching consequences on Phenylpropanoid, amino acid, and carbohydrate metabolism JO - Plant Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.104.023705 DO - 10.1105/tpc.104.023705 ID - Rohde2004 ER - TY - JOUR AU - Rowan, B. A. AU - Oldenburg, D. J. AU - Bendich, A. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - RecA maintains the integrity of chloroplast DNA molecules in Arabidopsis JO - J Exp Bot VL - 61 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/erq088 DO - 10.1093/jxb/erq088 ID - Rowan2010 ER - TY - JOUR AU - Stroud, H. AU - Greenberg Maxim, V. C. AU - Feng, S. AU - Bernatavichute Yana, V. AU - Jacobsen Steven, E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comprehensive analysis of silencing mutants reveals complex regulation of the Arabidopsis Methylome JO - Cell VL - 152 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.10.054 DO - 10.1016/j.cell.2012.10.054 ID - Stroud2013 ER - TY - JOUR AU - Wei, C. AU - Li, H. AU - Tian, M. AU - Yu, X. AU - Liu, D. PY - 2017 DA - 2017// TI - Research Progress for F-box protein family function in Arabidopsis thaliana JO - Acta Botan Boreali-Occiden Sin VL - 37 ID - Wei2017 ER - TY - JOUR AU - Stefanowicz, K. AU - Lannoo, N. AU - Damme, E. J. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Plant F-box proteins - judges between life and death JO - Crit Rev Plant Sci VL - 34 UR - https://doi.org/10.1080/07352689.2015.1024566 DO - 10.1080/07352689.2015.1024566 ID - Stefanowicz2015 ER - TY - JOUR AU - Wilson, T. M. A. PY - 1993 DA - 1993// TI - Strategies to protect crop plants against viruses - pathogen-derived resistance blossoms JO - P Natl Acad Sci USA VL - 90 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.90.8.3134 DO - 10.1073/pnas.90.8.3134 ID - Wilson1993 ER - TY - JOUR AU - Simon-Mateo, C. AU - Garcia, J. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Antiviral strategies in plants based on RNA silencing JO - Bba-Gene Regul Mech VL - 1809 ID - Simon-Mateo2011 ER - TY - JOUR AU - Liu, C. Y. AU - Wang, G. L. AU - Wang, H. AU - Xia, T. AU - Zhang, S. Z. AU - Wang, Q. G. AU - Fang, Y. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Phylogenetic relationships in the genus Rosa revisited based on rpl16, trnL-F, and atpB-rbcL sequences JO - Hortscience VL - 50 ID - Liu2015 ER - TY - JOUR AU - Liu, Y. AU - Liu, Q. PY - 2004 DA - 2004// TI - Evaluation and exploitation of genetic resources in roses JO - J Plant Genet Resour VL - 5 ID - Liu2004 ER - TY - JOUR AU - Qiu, X. AU - Zhang, H. AU - Li, S. AU - Jian, H. AU - Tang, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - The relative relationships analysis of rose germplasm in Yunnan based on SSR JO - Acta Botan Boreali-Occiden Sin VL - 29 ID - Qiu2009 ER - TY - JOUR AU - Khan, M. R. AU - Hu, J. -. Y. AU - Riss, S. AU - He, C. AU - Saedler, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - MPF2-like-a MADS-box genes control the inflated Calyx syndrome in Withania (Solanaceae): roles of Darwinian selection JO - Mol Biol Evol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msp159 DO - 10.1093/molbev/msp159 ID - Khan2009 ER - TY - JOUR AU - Peng, Z. AU - Lu, Y. AU - Li, L. AU - Zhao, Q. AU - Feng, Q. AU - Gao, Z. AU - Lu, H. AU - Hu, T. AU - Yao, N. AU - Liu, K. PY - 2013 DA - 2013// TI - The draft genome of the fast-growing non-timber forest species moso bamboo (Phyllostachys heterocycla) JO - Nat Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2569 DO - 10.1038/ng.2569 ID - Peng2013 ER - TY - JOUR AU - Koenig, D. AU - Jimenez-Gomez, J. M. AU - Kimura, S. AU - Fulop, D. AU - Chitwood, D. H. AU - Headland, L. R. AU - Kumar, R. AU - Covington, M. F. AU - Devisetty, U. K. AU - Tat, A. V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comparative transcriptomics reveals patterns of selection in domesticated and wild tomato JO - P Natl Acad Sci USA VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1309606110 DO - 10.1073/pnas.1309606110 ID - Koenig2013 ER - TY - JOUR AU - Li, J. -. T. AU - Gao, Y. -. D. AU - Xie, L. AU - Deng, C. AU - Shi, P. AU - Guan, M. -. L. AU - Huang, S. AU - Ren, J. -. L. AU - Wu, D. -. D. AU - Ding, L. PY - 2018 DA - 2018// TI - Comparative genomic investigation of high-elevation adaptation in ectothermic snakes JO - P Natl Acad Sci USA VL - 115 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1805348115 DO - 10.1073/pnas.1805348115 ID - Li2018 ER - TY - JOUR AU - Xiang, Y. AU - Huang, C. -. H. AU - Hu, Y. AU - Wen, J. AU - Li, S. AU - Yi, T. AU - Chen, H. AU - Xiang, J. AU - Ma, H. PY - 2017 DA - 2017// TI - Evolution of Rosaceae fruit types based on nuclear phylogeny in the context of geological times and genome duplication JO - Mol Biol Evol VL - 34 ID - Xiang2017 ER - TY - JOUR AU - Zhang, S. -. D. AU - Jin, J. -. J. AU - Chen, S. -. Y. AU - Chase, M. W. AU - Soltis, D. E. AU - Li, H. -. T. AU - Yang, J. -. B. AU - Li, D. -. Z. AU - Yi, T. -. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Diversification of Rosaceae since the late cretaceous based on plastid phylogenomics JO - New Phytol VL - 214 UR - https://doi.org/10.1111/nph.14461 DO - 10.1111/nph.14461 ID - Zhang2017 ER - TY - JOUR AU - Potter, D. AU - Eriksson, T. AU - Evans, R. C. AU - Oh, S. AU - Smedmark, J. E. E. AU - Morgan, D. R. AU - Kerr, M. AU - Robertson, K. R. AU - Arsenault, M. AU - Dickinson, T. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Phylogeny and classification of Rosaceae JO - Plant Syst Evol VL - 266 UR - https://doi.org/10.1007/s00606-007-0539-9 DO - 10.1007/s00606-007-0539-9 ID - Potter2007 ER - TY - JOUR AU - Campbell, C. S. AU - Evans, R. C. AU - Morgan, D. R. AU - Dickinson, T. A. AU - Arsenault, M. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Phylogeny of subtribe Pyrinae (formerly the Maloideae, Rosaceae): limited resolution of a complex evolutionary history JO - Plant Syst Evol VL - 266 UR - https://doi.org/10.1007/s00606-007-0545-y DO - 10.1007/s00606-007-0545-y ID - Campbell2007 ER - TY - JOUR AU - David, R. M. AU - Douglas, E. S. AU - Kenneth, R. R. PY - 1994 DA - 1994// TI - Systematic and evolutionary implications of rbcL sequence variation in Rosaceae JO - Am J Bot VL - 81 UR - https://doi.org/10.1002/j.1537-2197.1994.tb15570.x DO - 10.1002/j.1537-2197.1994.tb15570.x ID - David1994 ER - TY - JOUR AU - Bolger, A. M. AU - Lohse, M. AU - Usadel, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170 DO - 10.1093/bioinformatics/btu170 ID - Bolger2014 ER - TY - JOUR AU - Grabherr, M. G. AU - Haas, B. J. AU - Yassour, M. AU - Levin, J. Z. AU - Thompson, D. A. AU - Amit, I. AU - Adiconis, X. AU - Fan, L. AU - Raychowdhury, R. AU - Zeng, Q. PY - 2011 DA - 2011// TI - Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome JO - Nat Biotech VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1883 DO - 10.1038/nbt.1883 ID - Grabherr2011 ER - TY - JOUR AU - Pertea, G. AU - Huang, X. AU - Liang, F. AU - Antonescu, V. AU - Sultana, R. AU - Karamycheva, S. AU - Lee, Y. AU - White, J. AU - Cheung, F. AU - Parvizi, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - TIGR gene indices clustering tools (TGICL): a software system for fast clustering of large EST datasets JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg034 DO - 10.1093/bioinformatics/btg034 ID - Pertea2003 ER - TY - JOUR AU - Mistry, J. AU - Finn, R. D. AU - Eddy, S. R. AU - Bateman, A. AU - Punta, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Challenges in homology search: HMMER3 and convergent evolution of coiled-coil regions JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt263 DO - 10.1093/nar/gkt263 ID - Mistry2013 ER - TY - JOUR AU - Simão, F. A. AU - Waterhouse, R. M. AU - Ioannidis, P. AU - Kriventseva, E. V. AU - Zdobnov, E. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv351 DO - 10.1093/bioinformatics/btv351 ID - Simão2015 ER - TY - JOUR AU - Jones, P. AU - Binns, D. AU - Chang, H. -. Y. AU - Fraser, M. AU - Li, W. AU - McAnulla, C. AU - McWilliam, H. AU - Maslen, J. AU - Mitchell, A. AU - Nuka, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - InterProScan 5: genome-scale protein function classification JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu031 DO - 10.1093/bioinformatics/btu031 ID - Jones2014 ER - TY - JOUR AU - Li, L. AU - Stoeckert, C. J. AU - Roos, D. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - OrthoMCL: identification of ortholog groups for eukaryotic genomes JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1224503 DO - 10.1101/gr.1224503 ID - Li2003 ER - TY - JOUR AU - Moreno-Hagelsieb, G. AU - Latimer, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Choosing BLAST options for better detection of orthologs as reciprocal best hits JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm585 DO - 10.1093/bioinformatics/btm585 ID - Moreno-Hagelsieb2008 ER - TY - JOUR AU - Sievers, F. AU - Wilm, A. AU - Dineen, D. AU - Gibson, T. J. AU - Karplus, K. AU - Li, W. Z. AU - Lopez, R. AU - McWilliam, H. AU - Remmert, M. AU - Soding, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal omega JO - Mol Syst Biol VL - 7 ID - Sievers2011 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. PY - 2007 DA - 2007// TI - PAML 4: phylogenetic analysis by maximum likelihood JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm088 DO - 10.1093/molbev/msm088 ID - Yang2007 ER -