TY - JOUR AU - Lin, T. AU - Zhu, G. AU - Zhang, J. AU - Xu, X. AU - Yu, Q. AU - Zheng, Z. AU - Zhang, Z. AU - Lun, Y. AU - Li, S. AU - Wang, X. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genomic analyses provide insights into the history of tomato breeding JO - Nat Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3117 DO - 10.1038/ng.3117 ID - Lin2014 ER - TY - JOUR AU - Kimura, S. AU - Sinha, N. PY - 2008 DA - 2008// TI - Tomato (Solanum lycopersicum): a model fruit-bearing crop JO - CSH protocols VL - 2008 ID - Kimura2008 ER - TY - JOUR AU - Giovannoni, J. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genetic regulation of fruit development and ripening JO - Plant Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.019158 DO - 10.1105/tpc.019158 ID - Giovannoni2004 ER - TY - STD TI - Tomato Genome C: The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution. Nature 2012, 485(7400):635–641. ID - ref4 ER - TY - JOUR AU - Matas, A. J. AU - Yeats, T. H. AU - Buda, G. J. AU - Zheng, Y. AU - Chatterjee, S. AU - Tohge, T. AU - Ponnala, L. AU - Adato, A. AU - Aharoni, A. AU - Stark, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Tissue- and cell-type specific transcriptome profiling of expanding tomato fruit provides insights into metabolic and regulatory specialization and cuticle formation JO - Plant Cell VL - 23 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.111.091173 DO - 10.1105/tpc.111.091173 ID - Matas2011 ER - TY - JOUR AU - Butelli, E. AU - Titta, L. AU - Giorgio, M. AU - Mock, H. P. AU - Matros, A. AU - Peterek, S. AU - Schijlen, E. G. AU - Hall, R. D. AU - Bovy, A. G. AU - Luo, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Enrichment of tomato fruit with health-promoting anthocyanins by expression of select transcription factors JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1506 DO - 10.1038/nbt.1506 ID - Butelli2008 ER - TY - JOUR AU - Kumar, R. AU - Khurana, A. AU - Sharma, A. K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Role of plant hormones and their interplay in development and ripening of fleshy fruits JO - J Exp Bot VL - 65 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/eru277 DO - 10.1093/jxb/eru277 ID - Kumar2014 ER - TY - JOUR AU - Osorio, S. AU - Alba, R. AU - Damasceno, C. M. AU - Lopez-Casado, G. AU - Lohse, M. AU - Zanor, M. I. AU - Tohge, T. AU - Usadel, B. AU - Rose, J. K. AU - Fei, Z. PY - 2011 DA - 2011// TI - Systems biology of tomato fruit development: combined transcript, protein, and metabolite analysis of tomato transcription factor (nor, rin) and ethylene receptor (Nr) mutants reveals novel regulatory interactions JO - Plant Physiol VL - 157 UR - https://doi.org/10.1104/pp.111.175463 DO - 10.1104/pp.111.175463 ID - Osorio2011 ER - TY - JOUR AU - Martel, C. AU - Vrebalov, J. AU - Tafelmeyer, P. AU - Giovannoni, J. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - The tomato MADS-box transcription factor RIPENING INHIBITOR interacts with promoters involved in numerous ripening processes in a COLORLESS NONRIPENING-dependent manner JO - Plant Physiol VL - 157 UR - https://doi.org/10.1104/pp.111.181107 DO - 10.1104/pp.111.181107 ID - Martel2011 ER - TY - JOUR AU - Shinozaki, Y. AU - Nicolas, P. AU - Fernandez-Pozo, N. AU - Ma, Q. AU - Evanich, D. J. AU - Shi, Y. AU - Xu, Y. AU - Zheng, Y. AU - Snyder, S. I. AU - Martin, L. B. B. PY - 2018 DA - 2018// TI - High-resolution spatiotemporal transcriptome mapping of tomato fruit development and ripening JO - Nat Commun VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-017-02782-9 DO - 10.1038/s41467-017-02782-9 ID - Shinozaki2018 ER - TY - STD TI - Kumar V, Irfan M, Ghosh S, Chakraborty N, Chakraborty S, Datta A. Fruit ripening mutants reveal cell metabolism and redox state during ripening. Protoplasma. 2015; ID - ref11 ER - TY - JOUR AU - Zhu, M. AU - Chen, G. AU - Zhou, S. AU - Tu, Y. AU - Wang, Y. AU - Dong, T. AU - Hu, Z. PY - 2014 DA - 2014// TI - A new tomato NAC (NAM/ATAF1/2/CUC2) transcription factor, SlNAC4, functions as a positive regulator of fruit ripening and carotenoid accumulation JO - Plant & cell physiology VL - 55 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pct162 DO - 10.1093/pcp/pct162 ID - Zhu2014 ER - TY - JOUR AU - Vrebalov, J. AU - Ruezinsky, D. AU - Padmanabhan, V. AU - White, R. AU - Medrano, D. AU - Drake, R. AU - Schuch, W. AU - Giovannoni, J. PY - 2002 DA - 2002// TI - A MADS-box gene necessary for fruit ripening at the tomato ripening-inhibitor (rin) locus JO - Science VL - 296 UR - https://doi.org/10.1126/science.1068181 DO - 10.1126/science.1068181 ID - Vrebalov2002 ER - TY - JOUR AU - Barry, C. S. AU - McQuinn, R. P. AU - Chung, M. Y. AU - Besuden, A. AU - Giovannoni, J. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Amino acid substitutions in homologs of the STAY-GREEN protein are responsible for the green-flesh and chlorophyll retainer mutations of tomato and pepper JO - Plant Physiol VL - 147 UR - https://doi.org/10.1104/pp.108.118430 DO - 10.1104/pp.108.118430 ID - Barry2008 ER - TY - JOUR AU - Giovannoni, J. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Fruit ripening mutants yield insights into ripening control JO - Curr Opin Plant Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2007.04.008 DO - 10.1016/j.pbi.2007.04.008 ID - Giovannoni2007 ER - TY - JOUR AU - Manning, K. AU - Tor, M. AU - Poole, M. AU - Hong, Y. AU - Thompson, A. J. AU - King, G. J. AU - Giovannoni, J. J. AU - Seymour, G. B. PY - 2006 DA - 2006// TI - A naturally occurring epigenetic mutation in a gene encoding an SBP-box transcription factor inhibits tomato fruit ripening JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1841 DO - 10.1038/ng1841 ID - Manning2006 ER - TY - JOUR AU - Klee, H. J. AU - Giovannoni, J. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genetics and control of tomato fruit ripening and quality attributes JO - Annu Rev Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-genet-110410-132507 DO - 10.1146/annurev-genet-110410-132507 ID - Klee2011 ER - TY - JOUR AU - Li, L. AU - Zhu, B. AU - Fu, D. AU - Luo, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - RIN transcription factor plays an important role in ethylene biosynthesis of tomato fruit ripening JO - J Sci Food Agric VL - 91 UR - https://doi.org/10.1002/jsfa.4475 DO - 10.1002/jsfa.4475 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Liu, R. AU - How-Kit, A. AU - Stammitti, L. AU - Teyssier, E. AU - Rolin, D. AU - Mortain-Bertrand, A. AU - Halle, S. AU - Liu, M. AU - Kong, J. AU - Wu, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - A DEMETER-like DNA demethylase governs tomato fruit ripening JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1503362112 DO - 10.1073/pnas.1503362112 ID - Liu2015 ER - TY - JOUR AU - Johnson, J. M. AU - Edwards, S. AU - Shoemaker, D. AU - Schadt, E. E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Dark matter in the genome: evidence of widespread transcription detected by microarray tiling experiments JO - Trends in genetics : TIG VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2004.12.009 DO - 10.1016/j.tig.2004.12.009 ID - Johnson2005 ER - TY - JOUR AU - Kapranov, P. AU - Cheng, J. AU - Dike, S. AU - Nix, D. A. AU - Duttagupta, R. AU - Willingham, A. T. AU - Stadler, P. F. AU - Hertel, J. AU - Hackermuller, J. AU - Hofacker, I. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - RNA maps reveal new RNA classes and a possible function for pervasive transcription JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1138341 DO - 10.1126/science.1138341 ID - Kapranov2007 ER - TY - JOUR AU - Ng, S. Y. AU - Lin, L. AU - Soh, B. S. AU - Stanton, L. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Long noncoding RNAs in development and disease of the central nervous system JO - Trends in genetics : TIG VL - 29 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2013.03.002 DO - 10.1016/j.tig.2013.03.002 ID - Ng2013 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Wang, H. AU - Chua, N. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Long noncoding RNA transcriptome of plants JO - Plant Biotechnol J VL - 13 UR - https://doi.org/10.1111/pbi.12336 DO - 10.1111/pbi.12336 ID - Liu2015 ER - TY - JOUR AU - Zhang, X. AU - Zou, Z. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Y. AU - Han, Q. AU - Hu, T. AU - Xu, X. AU - Liu, H. AU - Li, H. AU - Ye, Z. PY - 2011 DA - 2011// TI - Over-expression of sly-miR156a in tomato results in multiple vegetative and reproductive trait alterations and partial phenocopy of the sft mutant JO - FEBS Lett VL - 585 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2010.12.036 DO - 10.1016/j.febslet.2010.12.036 ID - Zhang2011 ER - TY - JOUR AU - Wu, G. AU - Park, M. Y. AU - Conway, S. R. AU - Wang, J. W. AU - Weigel, D. AU - Poethig, R. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - The sequential action of miR156 and miR172 regulates developmental timing in Arabidopsis JO - Cell VL - 138 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2009.06.031 DO - 10.1016/j.cell.2009.06.031 ID - Wu2009 ER - TY - JOUR AU - Bartel, D. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - MicroRNAs: target recognition and regulatory functions JO - Cell VL - 136 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2009.01.002 DO - 10.1016/j.cell.2009.01.002 ID - Bartel2009 ER - TY - JOUR AU - Shukla, G. C. AU - Singh, J. AU - Barik, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - MicroRNAs: processing, maturation, target recognition and regulatory functions JO - Mol Cell Pharmacol VL - 3 ID - Shukla2011 ER - TY - JOUR AU - Xin, C. AU - Liu, W. AU - Lin, Q. AU - Zhang, X. AU - Cui, P. AU - Li, F. AU - Zhang, G. AU - Pan, L. AU - Al-Amer, A. AU - Mei, H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Profiling microRNA expression during multi-staged date palm (Phoenix dactylifera L.) fruit development JO - Genomics VL - 105 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2015.01.004 DO - 10.1016/j.ygeno.2015.01.004 ID - Xin2015 ER - TY - JOUR AU - Karlova, R. AU - van Haarst, J. C. AU - Maliepaard, C. AU - van de Geest, H. AU - Bovy, A. G. AU - Lammers, M. AU - Angenent, G. C. AU - de Maagd, R. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Identification of microRNA targets in tomato fruit development using high-throughput sequencing and degradome analysis JO - J Exp Bot VL - 64 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/ert049 DO - 10.1093/jxb/ert049 ID - Karlova2013 ER - TY - JOUR AU - Moxon, S. AU - Jing, R. AU - Szittya, G. AU - Schwach, F. AU - Rusholme Pilcher, R. L. AU - Moulton, V. AU - Dalmay, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Deep sequencing of tomato short RNAs identifies microRNAs targeting genes involved in fruit ripening JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.080127.108 DO - 10.1101/gr.080127.108 ID - Moxon2008 ER - TY - JOUR AU - Lam, P. AU - Zhao, L. AU - Eveleigh, N. AU - Yu, Y. AU - Chen, X. AU - Kunst, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - The exosome and trans-acting small interfering RNAs regulate cuticular wax biosynthesis during Arabidopsis inflorescence stem development JO - Plant Physiol VL - 167 UR - https://doi.org/10.1104/pp.114.252825 DO - 10.1104/pp.114.252825 ID - Lam2015 ER - TY - JOUR AU - Nam, J. W. AU - Bartel, D. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Long noncoding RNAs in C. Elegans JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.140475.112 DO - 10.1101/gr.140475.112 ID - Nam2012 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. C. AU - Liao, J. Y. AU - Li, Z. Y. AU - Yu, Y. AU - Zhang, J. P. AU - Li, Q. F. AU - Qu, L. H. AU - Shu, W. S. AU - Chen, Y. Q. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-wide screening and functional analysis identify a large number of long noncoding RNAs involved in the sexual reproduction of rice JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-014-0512-1 DO - 10.1186/s13059-014-0512-1 ID - Zhang2014 ER - TY - JOUR AU - Kim, E. D. AU - Sung, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Long noncoding RNA: unveiling hidden layer of gene regulatory networks JO - Trends Plant Sci VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.tplants.2011.10.008 DO - 10.1016/j.tplants.2011.10.008 ID - Kim2012 ER - TY - JOUR AU - Bohmdorfer, G. AU - Wierzbicki, A. T. PY - 2015 DA - 2015// TI - Control of chromatin structure by long noncoding RNA JO - Trends Cell Biol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/j.tcb.2015.07.002 DO - 10.1016/j.tcb.2015.07.002 ID - Bohmdorfer2015 ER - TY - JOUR AU - Di, C. AU - Yuan, J. AU - Wu, Y. AU - Li, J. AU - Lin, H. AU - Hu, L. AU - Zhang, T. AU - Qi, Y. AU - Gerstein, M. B. AU - Guo, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Characterization of stress-responsive lncRNAs in Arabidopsis thaliana by integrating expression, epigenetic and structural features JO - The Plant journal : for cell and molecular biology VL - 80 UR - https://doi.org/10.1111/tpj.12679 DO - 10.1111/tpj.12679 ID - Di2014 ER - TY - JOUR AU - Shuai, P. AU - Liang, D. AU - Tang, S. AU - Zhang, Z. AU - Ye, C. Y. AU - Su, Y. AU - Xia, X. AU - Yin, W. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-wide identification and functional prediction of novel and drought-responsive lincRNAs in Populus trichocarpa JO - J Exp Bot VL - 65 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/eru256 DO - 10.1093/jxb/eru256 ID - Shuai2014 ER - TY - JOUR AU - Zhu, Q. H. AU - Stephen, S. AU - Taylor, J. AU - Helliwell, C. A. AU - Wang, M. B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Long noncoding RNAs responsive to fusarium oxysporum infection in Arabidopsis thaliana JO - The New phytologist VL - 201 UR - https://doi.org/10.1111/nph.12537 DO - 10.1111/nph.12537 ID - Zhu2014 ER - TY - JOUR AU - Li, L. AU - Eichten, S. R. AU - Shimizu, R. AU - Petsch, K. AU - Yeh, C. T. AU - Wu, W. AU - Chettoor, A. M. AU - Givan, S. A. AU - Cole, R. A. AU - Fowler, J. E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-wide discovery and characterization of maize long non-coding RNAs JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-2-r40 DO - 10.1186/gb-2014-15-2-r40 ID - Li2014 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Jung, C. AU - Xu, J. AU - Wang, H. AU - Deng, S. AU - Bernad, L. AU - Arenas-Huertero, C. AU - Chua, N. H. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide analysis uncovers regulation of long intergenic noncoding RNAs in Arabidopsis JO - Plant Cell VL - 24 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.112.102855 DO - 10.1105/tpc.112.102855 ID - Liu2012 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Yu, W. AU - Yang, Y. AU - Li, X. AU - Chen, T. AU - Liu, T. AU - Ma, N. AU - Yang, X. AU - Liu, R. AU - Zhang, B. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome-wide analysis of tomato long non-coding RNAs and identification as endogenous target mimic for microRNA in response to TYLCV infection JO - Sci Rep VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/srep16946 DO - 10.1038/srep16946 ID - Wang2015 ER - TY - JOUR AU - Zhu, B. AU - Yang, Y. AU - Li, R. AU - Fu, D. AU - Wen, L. AU - Luo, Y. AU - Zhu, H. PY - 2015 DA - 2015// TI - RNA sequencing and functional analysis implicate the regulatory role of long non-coding RNAs in tomato fruit ripening JO - J Exp Bot VL - 66 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/erv203 DO - 10.1093/jxb/erv203 ID - Zhu2015 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. AU - Ai, G. AU - Zhang, C. AU - Cui, L. AU - Wang, J. AU - Li, H. AU - Zhang, J. AU - Ye, Z. PY - 2016 DA - 2016// TI - Expression and diversification analysis reveals transposable elements play important roles in the origin of Lycopersicon-specific lncRNAs in tomato JO - The New phytologist VL - 209 UR - https://doi.org/10.1111/nph.13718 DO - 10.1111/nph.13718 ID - Wang2016 ER - TY - JOUR AU - Cui, J. AU - Luan, Y. AU - Jiang, N. AU - Bao, H. AU - Meng, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Comparative transcriptome analysis between resistant and susceptible tomato allows the identification of lncRNA16397 conferring resistance to Phytophthora infestans by co-expressing glutaredoxin JO - The Plant journal : for cell and molecular biology VL - 89 UR - https://doi.org/10.1111/tpj.13408 DO - 10.1111/tpj.13408 ID - Cui2017 ER - TY - JOUR AU - Wang, H. AU - Chung, P. J. AU - Liu, J. AU - Jang, I. C. AU - Kean, M. J. AU - Xu, J. AU - Chua, N. H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-wide identification of long noncoding natural antisense transcripts and their responses to light in Arabidopsis JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.165555.113 DO - 10.1101/gr.165555.113 ID - Wang2014 ER - TY - JOUR AU - Rose, J. K. AU - Lee, H. H. AU - Bennett, A. B. PY - 1997 DA - 1997// TI - Expression of a divergent expansin gene is fruit-specific and ripening-regulated JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 94 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.94.11.5955 DO - 10.1073/pnas.94.11.5955 ID - Rose1997 ER - TY - JOUR AU - Zhong, S. AU - Fei, Z. AU - Chen, Y. R. AU - Zheng, Y. AU - Huang, M. AU - Vrebalov, J. AU - McQuinn, R. AU - Gapper, N. AU - Liu, B. AU - Xiang, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Single-base resolution methylomes of tomato fruit development reveal epigenome modifications associated with ripening JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2462 DO - 10.1038/nbt.2462 ID - Zhong2013 ER - TY - JOUR AU - Stroud, H. AU - Ding, B. AU - Simon, S. A. AU - Feng, S. AU - Bellizzi, M. AU - Pellegrini, M. AU - Wang, G. L. AU - Meyers, B. C. AU - Jacobsen, S. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Plants regenerated from tissue culture contain stable epigenome changes in rice JO - elife VL - 2 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.00354 DO - 10.7554/eLife.00354 ID - Stroud2013 ER - TY - JOUR AU - Xin, M. AU - Wang, Y. AU - Yao, Y. AU - Song, N. AU - Hu, Z. AU - Qin, D. AU - Xie, C. AU - Peng, H. AU - Ni, Z. AU - Sun, Q. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identification and characterization of wheat long non-protein coding RNAs responsive to powdery mildew infection and heat stress by using microarray analysis and SBS sequencing JO - BMC Plant Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-11-61 DO - 10.1186/1471-2229-11-61 ID - Xin2011 ER - TY - JOUR AU - Pauli, A. AU - Valen, E. AU - Lin, M. F. AU - Garber, M. AU - Vastenhouw, N. L. AU - Levin, J. Z. AU - Fan, L. AU - Sandelin, A. AU - Rinn, J. L. AU - Regev, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.133009.111 DO - 10.1101/gr.133009.111 ID - Pauli2012 ER - TY - JOUR AU - Pattison, R. J. AU - Csukasi, F. AU - Zheng, Y. AU - Fei, Z. AU - van der Knaap, E. AU - Catala, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Comprehensive tissue-specific transcriptome analysis reveals distinct regulatory programs during early tomato fruit development JO - Plant Physiol VL - 168 UR - https://doi.org/10.1104/pp.15.00287 DO - 10.1104/pp.15.00287 ID - Pattison2015 ER - TY - JOUR AU - Liu, T. T. AU - Zhu, D. AU - Chen, W. AU - Deng, W. AU - He, H. AU - He, G. AU - Bai, B. AU - Qi, Y. AU - Chen, R. AU - Deng, X. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - A global identification and analysis of small nucleolar RNAs and possible intermediate-sized non-coding RNAs in Oryza sativa JO - Mol Plant VL - 6 UR - https://doi.org/10.1093/mp/sss087 DO - 10.1093/mp/sss087 ID - Liu2013 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Wang, X. AU - Deng, W. AU - Fan, X. AU - Liu, T. T. AU - He, G. AU - Chen, R. AU - Terzaghi, W. AU - Zhu, D. AU - Deng, X. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genomic features and regulatory roles of intermediate-sized non-coding RNAs in Arabidopsis JO - Mol Plant VL - 7 UR - https://doi.org/10.1093/mp/sst177 DO - 10.1093/mp/sst177 ID - Wang2014 ER - TY - JOUR AU - Boerner, S. AU - McGinnis, K. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Computational identification and functional predictions of long noncoding RNA in Zea mays JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0043047 DO - 10.1371/journal.pone.0043047 ID - Boerner2012 ER - TY - JOUR AU - Chen, X. AU - Zhou, D. X. PY - 2013 DA - 2013// TI - Rice epigenomics and epigenetics: challenges and opportunities JO - Curr Opin Plant Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2013.03.004 DO - 10.1016/j.pbi.2013.03.004 ID - Chen2013 ER - TY - JOUR AU - Dong, R. AU - Jia, D. AU - Xue, P. AU - Cui, X. AU - Li, K. AU - Zheng, S. AU - He, X. AU - Dong, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-wide analysis of long noncoding RNA (lncRNA) expression in hepatoblastoma tissues JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0085599 DO - 10.1371/journal.pone.0085599 ID - Dong2014 ER - TY - JOUR AU - Xing, M. Q. AU - Zhang, Y. J. AU - Zhou, S. R. AU - Hu, W. Y. AU - Wu, X. T. AU - Ye, Y. J. AU - Wu, X. X. AU - Xiao, Y. P. AU - Li, X. AU - Xue, H. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Global analysis reveals the crucial roles of DNA methylation during Rice seed development JO - Plant Physiol VL - 168 UR - https://doi.org/10.1104/pp.15.00414 DO - 10.1104/pp.15.00414 ID - Xing2015 ER - TY - JOUR AU - Liu, X. AU - Hao, L. AU - Li, D. AU - Zhu, L. AU - Hu, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Long non-coding RNAs and their biological roles in plants JO - Genomics Proteomics Bioinformatics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.02.003 DO - 10.1016/j.gpb.2015.02.003 ID - Liu2015 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Pachter, L. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp120 DO - 10.1093/bioinformatics/btp120 ID - Trapnell2009 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Williams, B. A. AU - Pertea, G. AU - Mortazavi, A. AU - Kwan, G. AU - van Baren, M. J. AU - Salzberg, S. L. AU - Wold, B. J. AU - Pachter, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation JO - Nat Biotechnol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1621 DO - 10.1038/nbt.1621 ID - Trapnell2010 ER - TY - JOUR AU - Quinlan, A. R. AU - Hall, I. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033 DO - 10.1093/bioinformatics/btq033 ID - Quinlan2010 ER - TY - JOUR AU - Krueger, F. AU - Andrews, S. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Bismark: a flexible aligner and methylation caller for bisulfite-Seq applications JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr167 DO - 10.1093/bioinformatics/btr167 ID - Krueger2011 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER -