Table 3 P-values of the QTLs detected as significant at P < 1e-04 for the whole panel, the indica and japonica subpanels

q1

LLGHT

3

3 555 683

7.81E-05

q2

LLGHT

6

7 841 256

8 083 414

9.02E-05

q3

LLGHT

8

4 413 495

3.69E-04

9.14E-05

nP

q4

TIL

1

409 167

439 393

2.28E-07

q5

TIL

1

4 404 405

9.97E-05

nP

nP

q6

TIL

1

27 325 298

nP

2.88E-05

q7

TIL

2

10 505 253

5.33E-05

3.96E-04

nP

q8

TIL

3

27 657 195

1.98E-05

nP

q9

TIL

3

29 793 313

1.04E-05

1.99E-04

nP

q10

TIL

4

5 029 726

3.09E-05

q11

TIL

4

30 302 841

4.35E-05

q12

TIL

7

20 825 918

3.69E-05

1.50E-04

q13

TIL

11

16 929 527

3.09E-05

q14

TIL

12

25 142 679

nP

6.82E-05

q15

SDW

7

18 507 925

1.44E-05

8.22E-04

nP

q16

SDW

8

27 413 965

5.17E-05

3.23E-04

nP

q17

DEPTH

1

2 231 961

2 243 573

2.67E-07

8.50E-04

q18

DEPTH

1

17 715 289

2.68E-06

nP

6.06E-04

q19

DEPTH

1

39 102 194

39 143 941

8.54E-05

q20

DEPTH

2

6 217 128

7.19E-06

nP

nP

q21

DEPTH

4

20 517 263

4.72E-06

nP

q22

DEPTH

6

22 826 683

22 829 858

2.00E-05

4.75E-07

q23

DEPTH

6

30 176 431

3.20E-06

nP

q24

DEPTH

6

30 995 770

2.45E-04

nP

7.13E-05

q25

DEPTH

7

29 468 499

4.07E-05

nP

q26

DEPTH

8

15 504 028

15 546 812

4.45E-05

nP

q27

DEPTH

10

11 712 638

7.96E-05

nP

q28

DEPTH

10

15 307 568

1.43E-05

nP

q29

DEPTH

11

17 843 772

17 858 468

4.70E-05

q30

DEPTH

11

18 101 744

2.10E-05

q31

DEPTH

11

22 579 249

6.04E-06

nP

7.92E-04

q32

DEPTH

12

7 681 309

5.64E-06

nP

q33

MRL

1

146 251

8.52E-05

q34

MRL

5

18 109 976

9.30E-05

nP

q35

MRL

6

19 870 050

4.35E-05

nP

8.04E-05

q36

NCR

1

28 579 082

nP

2.25E-05

q37

NCR

1

35 307 113

35 377 267

nP

9.02E-05

q38

NCR

2

31 652 149

2.32E-05

4.26E-05

nP

q39

NCR

3

14 543 326

5.48E-05

q8

NCR

3

27 657 195

7.07E-05

nP

q40

NCR

5

7 422 947

nP

3.93E-05

q41

NCR

6

14 126 219

3.86E-06

1.06E-05

nP

q35

NCR

6

19 870 050

20 145 257

9.49E-05

q42

NCR

7

474 875

8.97E-05

nP

q43

NCR

11

5 272 788

3.38E-05

1.12E-04

nP

q44

NCR

11

7 927 995

2.17E-05

1.66E-04

nP

q45

NCR

11

8 972 097

6.59E-07

4.40E-06

nP

q46

NCR

11

16 559 637

6.19E-06

nP

nP

q47

NCR

12

1 323 261

5.07E-05

8.00E-04

nP

q48

NR_T

1

2 710 978

2 880 907

4.84E-05

q49

NR_T

1

10 299 033

2.11E-05

nP

q50

NR_T

1

42 706 214

1.83E-05

q51

NR_T

5

16 205 923

16 458 100

2.71E-05

4.37E-04

q52

NR_T

7

17 207 987

4.25E-05

nP

q53

NR_T

7

22 174 085

22 175 036

5.91E-05

nP

q54

NR_T

12

27 338 111

5.54E-05

nP

nP

q55

THK

1

15 990 976

17 419 950

2.62E-05

q56

THK

1

19 286 868

1.75E-04

4.28E-05

q57

THK

2

35 453 974

4.77E-07

q58

THK

2

35 509 414

35 510 032

3.96E-06

5.41E-04

q59

THK

3

36 156 421

3.27E-05

nP

q60

THK

6

4 649 357

1.73E-04

4.41E-05

nP

q61

THK

7

15 424 576

2.46E-05

q62

THK

8

4 544 057

8.10E-05

nP

q63

THK

11

17 111 220

17 318 688

nP

8.14E-06

q64

DW0020

2

25 990 556

1.10E-05

2.20E-05

nP

q65

DW0020

4

30 438 406

9.37E-04

3.56E-05

q41

DW0020

6

14 126 219

4.88E-05

1.46E-04

nP

q45

DW0020

11

8 972 097

9 004 279

6.39E-05

2.16E-04

nP

q66

DW2040

2

5 015 093

6.98E-05

2.88E-04

nP

q67

DW2040

6

4 021 017

1.25E-05

1.01E-04

nP

q68

DW2040

6

17 005 559

17 036 530

6.29E-05

2.85E-05

nP

q45

DW2040

11

8 972 097

9 004 279

6.74E-05

4.51E-04

nP

q69

DW4060

6

4 127 010

8.00E-06

1.03E-04

q70

DW4060

10

11 589 746

nP

6.75E-05

q71

DW4060

12

1 185 335

8.73E-05

3.23E-04

nP

q33

DWB60

1

146 251

1.94E-05

q72

DWB60

1

2 678 840

4.85E-05

q73

DWB60

1

5 851 606

1.87E-04

1.33E-06

q74

DWB60

2

23 550 168

1.38E-05

nP

q75

DWB60

2

30 762 847

9.74E-05

4.83E-04

nP

q76

DWB60

6

14 008 461

16 515 631

6.55E-05

q77

DWB60

6

16 798 522

3.49E-05

q73

DRW

1

5 851 606

2.56E-04

2.82E-05

q78

DRW

2

14 366 103

9.79E-05

q69

DRW

6

4 127 010

2.92E-05

9.76E-05

q79

DRW

6

16 912 708

1.44E-05

q70

DRW

10

11 589 746

8.85E-04

nP

2.31E-05

q69

RDW

6

4 127 010

3.25E-05

4.37E-04

q44

RDW

6

14 126 219

9.79E-05

3.36E-04

nP

q45

RDW

11

8 972 097

9 004 279

1.48E-05

9.22E-05

nP

q15

PDW

7

18 507 925

2.39E-05

9.05E-04

nP

q45

PDW

11

8 972 097

9 004 279

4.97E-05

3.07E-04

nP

q80

SRP

4

13 232 104

4.12E-05

nP

nP

q81

SRP

6

1 901 540

1 930 717

3.11E-05

q82

SRP

6

21 716 314

21 716 317

6.59E-05

q83

DRP

1

2 173 691

2.64E-05

2.95E-04

q84

DRP

1

6 404 307

8.46E-04

5.93E-05

q85

DRP

4

4 170 196

6.71E-05

q82

DRP

6

21 716 314

6.28E-05

q86

R_S

6

4 601 154

8.15E-06

6.90E-04

q87

R_S

6

9 185 455

8.91E-05

3.32E-04

q88

R_S

6

24 668 182

2.20E-04

nP

8.14E-05