Skip to main content

Advertisement

Table 3 P-values of the QTLs detected as significant at P < 1e-04 for the whole panel, the indica and japonica subpanels

From: Genome-wide association mapping for root traits in a panel of rice accessions from Vietnam

  Trait Chr Site1 Site2 Whole Indica Japonica
q1 LLGHT 3 3 555 683   7.81E-05   
q2 LLGHT 6 7 841 256 8 083 414    9.02E-05
q3 LLGHT 8 4 413 495   3.69E-04 9.14E-05 nP
q4 TIL 1 409 167 439 393    2.28E-07
q5 TIL 1 4 404 405   9.97E-05 nP nP
q6 TIL 1 27 325 298    nP 2.88E-05
q7 TIL 2 10 505 253   5.33E-05 3.96E-04 nP
q8 TIL 3 27 657 195   1.98E-05   nP
q9 TIL 3 29 793 313   1.04E-05 1.99E-04 nP
q10 TIL 4 5 029 726     3.09E-05
q11 TIL 4 30 302 841     4.35E-05
q12 TIL 7 20 825 918   3.69E-05 1.50E-04  
q13 TIL 11 16 929 527     3.09E-05
q14 TIL 12 25 142 679    nP 6.82E-05
q15 SDW 7 18 507 925   1.44E-05 8.22E-04 nP
q16 SDW 8 27 413 965   5.17E-05 3.23E-04 nP
q17 DEPTH 1 2 231 961 2 243 573 2.67E-07   8.50E-04
q18 DEPTH 1 17 715 289   2.68E-06 nP 6.06E-04
q19 DEPTH 1 39 102 194 39 143 941 8.54E-05   
q20 DEPTH 2 6 217 128   7.19E-06 nP nP
q21 DEPTH 4 20 517 263   4.72E-06 nP  
q22 DEPTH 6 22 826 683 22 829 858 2.00E-05   4.75E-07
q23 DEPTH 6 30 176 431   3.20E-06 nP  
q24 DEPTH 6 30 995 770   2.45E-04 nP 7.13E-05
q25 DEPTH 7 29 468 499   4.07E-05 nP  
q26 DEPTH 8 15 504 028 15 546 812 4.45E-05 nP  
q27 DEPTH 10 11 712 638   7.96E-05 nP  
q28 DEPTH 10 15 307 568   1.43E-05 nP  
q29 DEPTH 11 17 843 772 17 858 468    4.70E-05
q30 DEPTH 11 18 101 744     2.10E-05
q31 DEPTH 11 22 579 249   6.04E-06 nP 7.92E-04
q32 DEPTH 12 7 681 309   5.64E-06 nP  
q33 MRL 1 146 251   8.52E-05   
q34 MRL 5 18 109 976   9.30E-05 nP  
q35 MRL 6 19 870 050   4.35E-05 nP 8.04E-05
q36 NCR 1 28 579 082    nP 2.25E-05
q37 NCR 1 35 307 113 35 377 267   nP 9.02E-05
q38 NCR 2 31 652 149   2.32E-05 4.26E-05 nP
q39 NCR 3 14 543 326     5.48E-05
q8 NCR 3 27 657 195   7.07E-05   nP
q40 NCR 5 7 422 947    nP 3.93E-05
q41 NCR 6 14 126 219   3.86E-06 1.06E-05 nP
q35 NCR 6 19 870 050 20 145 257 9.49E-05   
q42 NCR 7 474 875   8.97E-05   nP
q43 NCR 11 5 272 788   3.38E-05 1.12E-04 nP
q44 NCR 11 7 927 995   2.17E-05 1.66E-04 nP
q45 NCR 11 8 972 097   6.59E-07 4.40E-06 nP
q46 NCR 11 16 559 637   6.19E-06 nP nP
q47 NCR 12 1 323 261   5.07E-05 8.00E-04 nP
q48 NR_T 1 2 710 978 2 880 907    4.84E-05
q49 NR_T 1 10 299 033   2.11E-05 nP  
q50 NR_T 1 42 706 214   1.83E-05   
q51 NR_T 5 16 205 923 16 458 100 2.71E-05   4.37E-04
q52 NR_T 7 17 207 987   4.25E-05 nP  
q53 NR_T 7 22 174 085 22 175 036   5.91E-05 nP
q54 NR_T 12 27 338 111   5.54E-05 nP nP
q55 THK 1 15 990 976 17 419 950    2.62E-05
q56 THK 1 19 286 868   1.75E-04   4.28E-05
q57 THK 2 35 453 974    4.77E-07  
q58 THK 2 35 509 414 35 510 032 3.96E-06   5.41E-04
q59 THK 3 36 156 421    3.27E-05 nP
q60 THK 6 4 649 357   1.73E-04 4.41E-05 nP
q61 THK 7 15 424 576     2.46E-05
q62 THK 8 4 544 057    8.10E-05 nP
q63 THK 11 17 111 220 17 318 688   nP 8.14E-06
q64 DW0020 2 25 990 556   1.10E-05 2.20E-05 nP
q65 DW0020 4 30 438 406   9.37E-04 3.56E-05  
q41 DW0020 6 14 126 219   4.88E-05 1.46E-04 nP
q45 DW0020 11 8 972 097 9 004 279 6.39E-05 2.16E-04 nP
q66 DW2040 2 5 015 093   6.98E-05 2.88E-04 nP
q67 DW2040 6 4 021 017   1.25E-05 1.01E-04 nP
q68 DW2040 6 17 005 559 17 036 530 6.29E-05 2.85E-05 nP
q45 DW2040 11 8 972 097 9 004 279 6.74E-05 4.51E-04 nP
q69 DW4060 6 4 127 010   8.00E-06 1.03E-04  
q70 DW4060 10 11 589 746    nP 6.75E-05
q71 DW4060 12 1 185 335   8.73E-05 3.23E-04 nP
q33 DWB60 1 146 251   1.94E-05   
q72 DWB60 1 2 678 840     4.85E-05
q73 DWB60 1 5 851 606   1.87E-04 1.33E-06  
q74 DWB60 2 23 550 168   1.38E-05 nP  
q75 DWB60 2 30 762 847   9.74E-05 4.83E-04 nP
q76 DWB60 6 14 008 461 16 515 631 6.55E-05   
q77 DWB60 6 16 798 522   3.49E-05   
q73 DRW 1 5 851 606   2.56E-04 2.82E-05  
q78 DRW 2 14 366 103     9.79E-05
q69 DRW 6 4 127 010   2.92E-05 9.76E-05  
q79 DRW 6 16 912 708   1.44E-05   
q70 DRW 10 11 589 746   8.85E-04 nP 2.31E-05
q69 RDW 6 4 127 010   3.25E-05 4.37E-04  
q44 RDW 6 14 126 219   9.79E-05 3.36E-04 nP
q45 RDW 11 8 972 097 9 004 279 1.48E-05 9.22E-05 nP
q15 PDW 7 18 507 925   2.39E-05 9.05E-04 nP
q45 PDW 11 8 972 097 9 004 279 4.97E-05 3.07E-04 nP
q80 SRP 4 13 232 104   4.12E-05 nP nP
q81 SRP 6 1 901 540 1 930 717 3.11E-05   
q82 SRP 6 21 716 314 21 716 317   6.59E-05  
q83 DRP 1 2 173 691   2.64E-05   2.95E-04
q84 DRP 1 6 404 307   8.46E-04 5.93E-05  
q85 DRP 4 4 170 196    6.71E-05  
q82 DRP 6 21 716 314    6.28E-05  
q86 R_S 6 4 601 154   8.15E-06   6.90E-04
q87 R_S 6 9 185 455   8.91E-05 3.32E-04  
q88 R_S 6 24 668 182   2.20E-04 nP 8.14E-05
  1. The P-value of the test in the three panels up to P = 1e-03 is given in italics. In bold, QTLs with q-values < 0.05
  2. Chr chromosome, nP not polymorphic in the sub-panel (monomorphic or MAF < 5 %), LLGTH longest leaf length, TIL number of tillers, SDW shoot dry weight, DEPTH deepest point reached by roots, MRL maximum root length, NCR number of crown roots, NR_T number of crown root per tiller, THK root thickness, DW0020 root mass in the 00–20 cm segment, DW2040 root mass in the 20–40 cm segment; DW4060 root mass in the 40–60 cm segment, DWB60 root mass below 60 cm, DRW deep root mass (<40 cm) weight, RDW root dry weight, PDW plant dry weight, SRP shallow root proportion (0–20 cm), DRP deep root proportion (<40 cm), R_S root to shoot ratio