Skip to main content

Table 4 Analysis of transcript abundance changes of genes encoding WRKY transcription factors

From: Substantial reprogramming of the Eutrema salsugineum (Thellungiella salsuginea) transcriptome in response to UV and silver nitrate challenge

Transcript ID

Best Ath hit

WRKY

UV

Ag +

Fold change log2 (UV/n.i.)

FDR-p-value test

Fold change log2 (Ag/n.i.)

FDR-p-value test

RNAseq Unique reads

n.i.

UV

AgNO3

Thhalv10002516m

AT2G04880.2

1

down

down

−0,16

0,026

−0,39

0,000

170

79

89

Thhalv10012829m

AT5G56270.1

2

 

up

0,35

0,144

0,37

0,014

742

649

786

Thhalv10004015m

AT2G03340.1

3

  

−0,27

0,315

−0,02

0,923

746

866

648

Thhalv10007428m

AT1G13960.1

4

up

up

2,27

0,000

2,56

0,000

1482

1556

2016

Thhalv10023390m

AT1G62300.1

6

up

up

4,84

0,000

5,03

0,000

83

7722

9852

Thhalv10025630m

AT4G24240.1

7

  

−0,25

0,122

−0,21

0,241

384

161

260

Thhalv10025646m

AT4G31550.1

11

up

up

1,93

0,001

3,53

0,000

120

700

3144

Thhalv10000270m

AT2G23320.1

15

up

up

4,43

0,000

3,38

0,000

757

4909

2951

Thhalv10001165m

AT5G45050.2

16

  

−0,22

0,641

0,64

0,116

5963

1782

5082

Thhalv10000242m

AT2G24570.1

17

up

up

1,64

0,001

2,40

0,000

300

1089

2481

Thhalv10025785m

AT4G31800.1

18

up

up

2,15

0,002

3,61

0,000

173

1582

2793

Thhalv10024810m

AT4G26640.2

20

 

down

−0,17

0,133

−0,38

0,029

646

333

300

Thhalv10013115m

AT4G26640.2

20

down

 

−1,46

0,035

0,40

0,637

367

124

210

Thhalv10016852m

AT2G30590.1

21

up

 

0,69

0,003

0,40

0,001

8

12

7

Thhalv10028843m

AT4G01250.1

22

up

up

2,88

0,000

4,37

0,000

7

50

211

Thhalv10016764m

AT2G30250.1

25

up

up

1,79

0,001

2,06

0,000

239

1182

1844

Thhalv10017017m

AT2G30250.1

25

up

up

1,55

0,010

2,22

0,000

22

120

136

Thhalv10013872m

AT5G52830.1

27

 

down

0,72

0,036

−1,29

0,005

48

27

10

Thhalv10025799m

AT4G23550.1

29

  

1,71

0,009

−0,42

0,428

18

16

23

Thhalv10025126m

AT4G30935.1

32

 

down

−0,17

0,244

−0,33

0,049

1203

391

285

Thhalv10016542m

AT2G38470.1

33

up

up

5,31

0,000

4,37

0,000

325

15433

11838

Thhalv10021115m

AT3G04670.1

39

 

up

1,14

0,001

1,98

0,000

169

143

195

Thhalv10018925m

AT1G80840.1

40

up

up

6,44

0,000

4,50

0,000

23

7398

7919

Thhalv10028794m

AT4G11070.1

41

up

up

4,24

0,000

3,22

0,000

6

46

85

Thhalv10001568m

AT2G46400.1

46

up

up

3,15

0,000

4,01

0,000

72

925

2639

Thhalv10005029m

AT5G26170.1

50

 

up

0,17

0,680

1,30

0,005

41

67

93

Thhalv10004930m

AT5G64810.1

51

up

up

4,29

0,000

4,30

0,000

55

1520

1853

Thhalv10016713m

AT2G40750.1

54

up

up

1,27

0,005

2,38

0,000

407

1840

3229

Thhalv10017926m

AT2G40740.1

55

up

up

6,27

0,000

4,45

0,000

31

241

411

Thhalv10018976m

AT1G69310.1

57

  

0,12

0,559

0,28

0,173

410

196

249

Thhalv10000288m

AT2G25000.1

60

down

down

−2,14

0,000

−0,70

0,002

99

37

90

Thhalv10006157m

AT3G58710.1

69

up

 

−0,52

0,162

1,54

0,001

34

48

194

Thhalv10006146m

AT3G56400.1

70

up

up

1,66

0,002

4,40

0,000

216

2525

12004

Thhalv10013146m

AT5G15130.1

72

 

up

0,30

0,450

3,54

0,000

1

1

25

Thhalv10014943m

AT5G13080.1

75

up

up

6,26

0,000

7,02

0,000

9

1076

1311