TY - JOUR AU - Doebley, J. F. AU - Gaut, B. S. AU - Smith, B. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - The molecular genetics of crop domestication JO - Cell VL - 127 ID - Doebley2006 ER - TY - JOUR AU - Burger, J. C. AU - Chapman, M. A. AU - Burke, J. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Molecular insights into the evolution of crop plants JO - Am J Bot VL - 95 ID - Burger2008 ER - TY - JOUR AU - Tanksley, S. D. PY - 2004 DA - 2004// TI - The genetic, developmental, and molecular bases of fruit size and shape variation in tomato JO - Plant Cell VL - 16 ID - Tanksley2004 ER - TY - JOUR AU - Girin, T. AU - Sorefan, K. AU - 'stergaard, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Meristematic sculpting in fruit development JO - J Exp Bot VL - 60 ID - Girin2009 ER - TY - JOUR AU - Park, S. J. AU - Eshed, Y. AU - Lippman, Z. B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Meristem maturation and inflorescence architecture;lessons from the Solanaceae JO - Curr Opin Plant Biol VL - 17 ID - Park2014 ER - TY - JOUR AU - Becker, A. AU - Alix, K. AU - Damerval, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - The evolution of flower development: current understanding and future challenges JO - Ann Bot VL - 107 ID - Becker2011 ER - TY - JOUR AU - Kaufmann, K. AU - Pajoro, A. AU - Angenent, G. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Regulation of transcription in plants: mechanisms controlling developmental switches JO - Nat Rev Genet VL - 11 ID - Kaufmann2010 ER - TY - JOUR AU - Causier, B. AU - Schwarz-Sommer, Z. AU - Davies, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Floral organ identity: 20 years of ABCs JO - Semin Cell Dev Biol VL - 21 ID - Causier2010 ER - TY - JOUR AU - van der Knaap, E. AU - Chakrabarti, M. AU - Chu, Y. H. AU - Clevenger, J. P. AU - Illa Berenguer, E. AU - Huang, Z. AU - Keyhaninejad, N. AU - Mu, Q. AU - Sun, L. AU - Wang, Y. AU - Wu, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - What lies beyond the eye: the molecular mechanisms regulating tomato fruit weight and shape JO - Front Plant Sci VL - 5 ID - van der Knaap2014 ER - TY - JOUR AU - Heidstra, R. AU - Sabatini, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Plant and animal stem cells: similar yet different JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 15 ID - Heidstra2014 ER - TY - JOUR AU - Perales, M. AU - Reddy, G. V. PY - 2012 DA - 2012// TI - Stem cell maintenance in shoot apical meristems JO - Curr Opin Plant Biol VL - 15 ID - Perales2012 ER - TY - JOUR AU - Koornneef, M. AU - Meinke, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - The development of Arabidopsis as a model plant JO - Plant J VL - 61 ID - Koornneef2010 ER - TY - JOUR AU - Irish, V. F. PY - 2010 DA - 2010// TI - The flowering of Arabidopsis flower development JO - Plant J VL - 61 ID - Irish2010 ER - TY - JOUR AU - Gillaspy, G. AU - Ben-David, H. AU - Gruissem, W. PY - 1993 DA - 1993// TI - Fruits: a developmental perspective JO - Plant Cell Online VL - 5 ID - Gillaspy1993 ER - TY - JOUR AU - Xiao, H. AU - Radovich, C. AU - Welty, N. AU - Hsu, J. AU - Li, D. AU - Meulia, T. AU - van der Knaap, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Integration of tomato reproductive developmental landmarks and expression profiles, and the effect of SUN on fruit shape JO - BMC Plant Biol VL - 9 ID - Xiao2009 ER - TY - JOUR AU - Bertin, N. AU - Causse, M. AU - Brunel, B. AU - Tricon, D. AU - Genard, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Identification of growth processes involved in QTLs for tomato fruit size and composition JO - J Exp Bot VL - 60 ID - Bertin2008 ER - TY - STD TI - The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution. Nature. 2012, 485 (7400): 635-641. ID - ref17 ER - TY - JOUR AU - Ranjan, A. AU - Ichihashi, Y. AU - Sinha, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - The tomato genome: implications for plant breeding, genomics and evolution JO - Genome Biol VL - 13 ID - Ranjan2012 ER - TY - JOUR AU - Rodriguez, G. R. AU - Munos, S. AU - Anderson, C. AU - Sim, S. C. AU - Michel, A. AU - Causse, M. AU - Gardener, B. B. M. AU - Francis, D. AU - van der Knaap, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Distribution of SUN, OVATE, LC, and FAS in the Tomato Germplasm and the Relationship to Fruit Shape Diversity JO - Plant Physiol VL - 156 ID - Rodriguez2011 ER - TY - CHAP AU - Monforte, A. J. AU - Diaz, A. I. AU - Caño-Delgado, A. AU - van der Knaap, E. PY - 2014 DA - 2014// TI - The genetic basis of fruit morphology in horticultural crops: lessons from tomato and melon BT - J Exp Bot ID - Monforte2014 ER - TY - JOUR AU - Frary, A. AU - Nesbitt, T. C. AU - Grandillo, S. AU - Knaap, E. AU - Cong, B. AU - Liu, J. AU - Meller, J. AU - Elber, R. AU - Alpert, K. B. AU - Tanksley, S. D. PY - 2000 DA - 2000// TI - fw2.2: a quantitative trait locus key to the evolution of tomato fruit size JO - Science VL - 289 ID - Frary2000 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Van Eck, J. AU - Cong, B. AU - Tanksley, S. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - A new class of regulatory genes underlying the cause of pear-shaped tomato fruit JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 99 ID - Liu2002 ER - TY - JOUR AU - Lippman, Z. AU - Tanksley, S. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Dissecting the genetic pathway to extreme fruit size in tomato using a cross between the small-fruited wild species Lycopersicon pimpinellifolium and L. esculentum var. Giant Heirloom JO - Genetics VL - 158 ID - Lippman2001 ER - TY - JOUR AU - Cong, B. AU - Barrero, L. S. AU - Tanksley, S. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Regulatory change in YABBY-like transcription factor led to evolution of extreme fruit size during tomato domestication JO - Nat Genet VL - 40 ID - Cong2008 ER - TY - JOUR AU - Muños, S. AU - Ranc, N. AU - Botton, E. AU - Bérard, A. AU - Rolland, S. AU - Duffé, P. AU - Carretero, Y. AU - Le Paslier, M. -. C. AU - Delalande, C. AU - Bouzayen, M. AU - Brunel, D. AU - Causse, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Increase in tomato locule number is controlled by two single-nucleotide polymorphisms located near WUSCHEL JO - Plant Physiol VL - 156 ID - Muños2011 ER - TY - JOUR AU - Barrero, L. S. AU - Cong, B. AU - Wu, F. AU - Tanksley, S. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Developmental characterization of the fasciated locus and mapping of Arabidopsis candidate genes involved in the control of floral meristem size and carpel number in tomato JO - Genome VL - 49 ID - Barrero2006 ER - TY - JOUR AU - Zamir, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Plant breeders go back to nature JO - Nat Genet VL - 40 ID - Zamir2008 ER - TY - JOUR AU - Wilson, L. M. AU - Whitt, S. R. AU - Ibáñez, A. M. AU - Rocheford, T. R. AU - Goodman, M. M. AU - Buckler, E. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Dissection of maize kernel composition and starch production by candidate gene association JO - Plant Cell VL - 16 ID - Wilson2004 ER - TY - JOUR AU - Sterken, R. AU - Kiekens, R. AU - Coppens, E. AU - Vercauteren, I. AU - Zabeau, M. AU - Inzé, D. AU - Flowers, J. AU - Vuylsteke, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - A Population genomics study of the arabidopsis core cell cycle genes shows the signature of natural selection JO - Plant Cell Online VL - 21 ID - Sterken2009 ER - TY - JOUR AU - Korte, A. AU - Farlow, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - The advantages and limitations of trait analysis with GWAS: a review JO - Plant Methods VL - 9 ID - Korte2013 ER - TY - JOUR AU - Mandel, J. R. AU - Nambeesan, S. AU - Bowers, J. E. AU - Marek, L. F. AU - Ebert, D. AU - Rieseberg, L. H. AU - Knapp, S. J. AU - Burke, J. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Association mapping and the genomic consequences of selection in sunflower JO - PLoS Genet VL - 9 ID - Mandel2013 ER - TY - JOUR AU - Kimura, M. PY - 1956 DA - 1956// TI - A model of a genetic system which leads to closer linkage by natural selection JO - Evolution VL - 10 ID - Kimura1956 ER - TY - JOUR AU - Ranc, N. AU - Muños, S. AU - Xu, J. AU - Le Paslier, M. -. C. AU - Chauveau, A. AU - Bounon, R. AU - Rolland, S. AU - Bouchet, J. -. P. AU - Brunel, D. AU - Causse, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide association mapping in tomato (Solanum lycopersicum) is possible using genome admixture of Solanum lycopersicum var. Cerasiforme JO - G3: Genes|Genomes|Genetics VL - 2 ID - Ranc2012 ER - TY - JOUR AU - Xu, J. AU - Ranc, N. AU - Muños, S. AU - Rolland, S. AU - Bouchet, J. -. P. AU - Desplat, N. AU - Paslier, M. -. C. AU - Liang, Y. AU - Brunel, D. AU - Causse, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Phenotypic diversity and association mapping for fruit quality traits in cultivated tomato and related species JO - Theor Appl Genet VL - 126 ID - Xu2012 ER - TY - JOUR AU - Shirasawa, K. AU - Fukuoka, H. AU - Matsunaga, H. AU - Kobayashi, Y. AU - Kobayashi, I. AU - Hirakawa, H. AU - Isobe, S. AU - Tabata, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome-Wide Association studies using single nucleotide polymorphism markers developed by re-sequencing of the genomes of cultivated tomato JO - DNA Research VL - 20 ID - Shirasawa2013 ER - TY - JOUR AU - Sim, S. -. C. AU - Van Deynze, A. AU - Stoffel, K. AU - Douches, D. S. AU - Zarka, D. AU - Ganal, M. W. AU - Chetelat, R. T. AU - Hutton, S. F. AU - Scott, J. W. AU - Gardner, R. G. AU - Panthee, D. R. AU - Mutschler, M. AU - Myers, J. R. AU - Francis, D. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - High-Density SNP genotyping of tomato reveals patterns of genetic variation due to breeding JO - PLoS One VL - 7 ID - Sim2012 ER - TY - JOUR AU - Ranc, N. AU - Muños, S. AU - Santoni, S. AU - Causse, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - A clarified position for Solanum lycopersicum var. cerasiformein the evolutionary history of tomatoes (Solanaceae) JO - BMC Plant Biol VL - 8 ID - Ranc2008 ER - TY - JOUR AU - Long, J. A. AU - Ohno, C. AU - Smith, Z. R. AU - Meyerowitz, E. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - TOPLESS regulates apical embryonic fate in Arabidopsis JO - Science VL - 312 ID - Long2006 ER - TY - JOUR AU - Zuo, J. AU - Niu, Q. -. W. AU - Nishizawa, N. AU - Wu, Y. AU - Kost, B. AU - Chua, N. -. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - KORRIGAN, an Arabidopsis endo-1,4-β-glucanase, localizes to the cell plate by polarized targeting and is essential for cytokinesis JO - Plant Cell Online VL - 12 ID - Zuo2000 ER - TY - JOUR AU - Krupková, E. AU - Schmülling, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Developmental consequences of the tumorous shoot development1 mutation, a novel allele of the cellulose-synthesizing KORRIGAN1 gene JO - Plant Mol Biol VL - 71 ID - Krupková2009 ER - TY - JOUR AU - Brummell, D. A. AU - Catala, C. AU - Lashbrook, C. C. AU - Bennett, A. B. PY - 1997 DA - 1997// TI - A membrane-anchored E-type endo-1,4-β-glucanase is localized on Golgi and plasma membranes of higher plants JO - Proc Natl Acad Sci VL - 94 ID - Brummell1997 ER - TY - JOUR AU - Prigge, M. J. AU - Otsuga, D. AU - Alonso, J. M. AU - Ecker, J. R. AU - Drews, G. N. AU - Clark, S. E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Class III homeodomain-leucine zipper gene family members have overlapping, antagonistic, and distinct roles in Arabidopsis development JO - Plant Cell Online VL - 17 ID - Prigge2005 ER - TY - JOUR AU - Green, K. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - CORONA, a Member of the Class III Homeodomain Leucine Zipper gene family in Arabidopsis, regulates stem cell specification and organogenesis JO - Plant Cell Online VL - 17 ID - Green2005 ER - TY - JOUR AU - Barton, M. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Twenty years on: the inner workings of the shoot apical meristem, a developmental dynamo JO - Dev Biol VL - 341 ID - Barton2010 ER - TY - JOUR AU - Fletcher, J. C. PY - 2001 DA - 2001// TI - The ULTRAPETALA gene controls shoot and floral meristem size in Arabidopsis JO - Development VL - 128 ID - Fletcher2001 ER - TY - JOUR AU - Bai, M. AU - Yang, G. -. S. AU - Chen, W. -. T. AU - Mao, Z. -. C. AU - Kang, H. -. X. AU - Chen, G. -. H. AU - Yang, Y. -. H. AU - Xie, B. -. Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide identification of Dicer-like, Argonaute and RNA-dependent RNA polymerase gene families and their expression analyses in response to viral infection and abiotic stresses in Solanum lycopersicum JO - Gene VL - 501 ID - Bai2012 ER - TY - JOUR AU - Kidner, C. A. AU - Martienssen, R. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - The role of ARGONAUTE1 (AGO1) in meristem formation and identity JO - Dev Biol VL - 280 ID - Kidner2005 ER - TY - JOUR AU - Bohmert, K. AU - Camus, I. AU - Bellini, C. AU - Bouchez, D. AU - Caboche, M. AU - Benning, C. PY - 1998 DA - 1998// TI - AGO1 defines a novel locus of Arabidopsis controlling leaf development JO - EMBO J VL - 17 ID - Bohmert1998 ER - TY - JOUR AU - Prunet, N. AU - Morel, P. AU - Thierry, A. M. AU - Eshed, Y. AU - Bowman, J. L. AU - Negrutiu, I. AU - Trehin, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - REBELOTE, SQUINT, and ULTRAPETALA1 function redundantly in the temporal regulation of floral meristem termination in Arabidopsis thaliana JO - Plant Cell Online VL - 20 ID - Prunet2008 ER - TY - JOUR AU - Wilkinson, M. D. AU - Haughn, G. W. PY - 1995 DA - 1995// TI - UNUSUAL FLORAL ORGANS controls meristem identity and organ primordia fate in Arabidopsis JO - Plant Cell Online VL - 7 ID - Wilkinson1995 ER - TY - JOUR AU - Hepworth, S. AU - Klenz, J. AU - Haughn, G. PY - 2006 DA - 2006// TI - UFO in the Arabidopsis inflorescence apex is required for floral-meristem identity and bract suppression JO - Planta VL - 223 ID - Hepworth2006 ER - TY - JOUR AU - Allen, K. AU - Sussex, I. PY - 1996 DA - 1996// TI - Falsiflora and anantha control early stages of floral meristem development in tomato (Lycopersicon esculentumMill.) JO - Planta VL - 200 ID - Allen1996 ER - TY - JOUR AU - Lippman, Z. B. AU - Weigel, D. AU - Cohen, O. AU - Alvarez, J. P. AU - Abu-Abied, M. AU - Pekker, I. AU - Paran, I. AU - Eshed, Y. AU - Zamir, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - The making of a compound inflorescence in tomato and related Nightshades JO - PLoS Biol VL - 6 ID - Lippman2008 ER - TY - JOUR AU - Pnueli, L. AU - Carmel-Goren, L. AU - Hareven, D. AU - Gutfinger, T. AU - Alvarez, J. AU - Ganal, M. AU - Zamir, D. AU - Lifschitz, E. PY - 1998 DA - 1998// TI - The SELF-PRUNING gene of tomato regulates vegetative to reproductive switching of sympodial meristems and is the ortholog of CEN and TFL1 JO - Development VL - 125 ID - Pnueli1998 ER - TY - JOUR AU - Yeager, A. PY - 1937 DA - 1937// TI - Studies on the inheritance and development of fruit size and shape in the tomato JO - J Agric Res VL - 55 ID - Yeager1937 ER - TY - JOUR AU - Shannon, S. AU - Meeks-Wagner, D. R. PY - 1991 DA - 1991// TI - A Mutation in the Arabidopsis TFL1 gene affects inflorescence meristem development JO - Plant Cell Online VL - 3 ID - Shannon1991 ER - TY - JOUR AU - Goldshmidt, A. AU - Alvarez, J. P. AU - Bowman, J. L. AU - Eshed, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Signals derived from YABBY gene activities in organ primordia regulate growth and partitioning of arabidopsis shoot apical meristems JO - Plant Cell Online VL - 20 ID - Goldshmidt2008 ER - TY - JOUR AU - Huang, Z. AU - Houten, J. AU - Gonzalez, G. AU - Xiao, H. AU - Knaap, E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome-wide identification, phylogeny and expression analysis of SUN, OFP and YABBY gene family in tomato JO - Mol Genet Genomics VL - 288 ID - Huang2013 ER - TY - JOUR AU - Bartholmes, C. AU - Hidalgo, O. AU - Gleissberg, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Evolution of the YABBY gene family with emphasis on the basal eudicot Eschscholzia californica(Papaveraceae) JO - Plant Biol VL - 14 ID - Bartholmes2012 ER - TY - JOUR AU - Schumacher, K. AU - Schmitt, T. AU - Rossberg, M. AU - Schmitz, G. AU - Theres, K. PY - 1999 DA - 1999// TI - The Lateral suppressor (Ls) gene of tomato encodes a new member of the VHIID protein family JO - Proc Natl Acad Sci VL - 96 ID - Schumacher1999 ER - TY - JOUR AU - Greb, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Molecular analysis of the LATERAL SUPPRESSOR gene in Arabidopsis reveals a conserved control mechanism for axillary meristem formation JO - Genes Dev VL - 17 ID - Greb2003 ER - TY - JOUR AU - Pysh, L. D. AU - Wysocka-Diller, J. W. AU - Camilleri, C. AU - Bouchez, D. AU - Benfey, P. N. PY - 1999 DA - 1999// TI - The GRAS gene family in Arabidopsis: sequence characterization and basic expression analysis of the SCARECROW-LIKE genes JO - Plant J VL - 18 ID - Pysh1999 ER - TY - JOUR AU - McConnell, J. R. AU - Emery, J. AU - Eshed, Y. AU - Bao, N. AU - Bowman, J. AU - Barton, M. K. PY - 2001 DA - 2001// TI - Role of PHABULOSA and PHAVOLUTA in determining radial patterning in shoots JO - Nature VL - 411 ID - McConnell2001 ER - TY - JOUR AU - Emery, J. F. AU - Floyd, S. K. AU - Alvarez, J. AU - Eshed, Y. AU - Hawker, N. P. AU - Izhaki, A. AU - Baum, S. F. AU - Bowman, J. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Radial patterning of Arabidopsis shoots by class III HD-ZIP and KANADI genes JO - Curr Biol VL - 13 ID - Emery2003 ER - TY - JOUR AU - Klucher, K. M. AU - Chow, H. AU - Reiser, L. AU - Fischer, R. L. PY - 1996 DA - 1996// TI - The AINTEGUMENTA gene of Arabidopsis required for ovule and female gametophyte development is related to the floral homeotic gene APETALA2 JO - Plant Cell Online VL - 8 ID - Klucher1996 ER - TY - JOUR AU - Mizukami, Y. AU - Fischer, R. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - Plant organ size control: AINTEGUMENTA regulates growth and cell numbers during organogenesis JO - Proc Natl Acad Sci VL - 97 ID - Mizukami2000 ER - TY - JOUR AU - Nole-Wilson, S. AU - Krizek, B. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - AINTEGUMENTA Contributes to organ polarity and regulates growth of lateral organs in combination with YABBY Genes JO - Plant Physiol VL - 141 ID - Nole-Wilson2006 ER - TY - JOUR AU - Yanofsky, M. F. AU - Ma, H. AU - Bowman, J. L. AU - Drews, G. N. AU - Feldmann, K. A. AU - Meyerowitz, E. M. PY - 1990 DA - 1990// TI - The protein encoded by the Arabidopsis homeotic gene agamous resembles transcription factors JO - Nature VL - 346 ID - Yanofsky1990 ER - TY - JOUR AU - Pnueli, L. AU - Hareven, D. AU - Rounsley, S. D. AU - Yanofsky, M. F. AU - Lifschitz, E. PY - 1994 DA - 1994// TI - Isolation of the tomato AGAMOUS gene TAG1 and analysis of its homeotic role in transgenic plants JO - Plant Cell Online VL - 6 ID - Pnueli1994 ER - TY - JOUR AU - Hong, R. L. AU - Hamaguchi, L. AU - Busch, M. A. AU - Weigel, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Regulatory elements of the floral homeotic gene AGAMOUS identified by phylogenetic footprinting and shadowing JO - Plant Cell Online VL - 15 ID - Hong2003 ER - TY - JOUR AU - Pan, I. L. AU - McQuinn, R. AU - Giovannoni, J. J. AU - Irish, V. F. PY - 2010 DA - 2010// TI - Functional diversification of AGAMOUS lineage genes in regulating tomato flower and fruit development JO - J Exp Bot VL - 61 ID - Pan2010 ER - TY - JOUR AU - Clark, S. E. AU - Williams, R. W. AU - Meyerowitz, E. M. PY - 1997 DA - 1997// TI - The CLAVATA1 gene encodes a putative receptor kinase that controls shoot and floral meristem size in Arabidopsis JO - Cell VL - 89 ID - Clark1997 ER - TY - JOUR AU - Clark, S. E. AU - Running, M. P. AU - Meyerowitz, E. M. PY - 1993 DA - 1993// TI - CLAVATA1, a regulator of meristem and flower development in Arabidopsis JO - Development VL - 119 ID - Clark1993 ER - TY - JOUR AU - Williams, R. W. AU - Wilson, J. M. AU - Meyerowitz, E. M. PY - 1997 DA - 1997// TI - A possible role for kinase-associated protein phosphatase in the Arabidopsis CLAVATA1 signaling pathway JO - Proc Natl Acad Sci VL - 94 ID - Williams1997 ER - TY - CHAP AU - Stahl, Y. AU - Simon, R. ED - Tax, F. ED - Kemmerling, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Receptor Kinases in Plant Meristem Development BT - Receptor-Like Kinases in Plants PB - Springer CY - Berlin Heidelberg ID - Stahl2012 ER - TY - JOUR AU - Ishiguro, S. AU - Watanabe, Y. AU - Ito, N. AU - Nonaka, H. AU - Takeda, N. AU - Sakai, T. AU - Kanaya, H. AU - Okada, K. PY - 2002 DA - 2002// TI - SHEPHERD is the Arabidopsis GRP94 responsible for the formation of functional CLAVATA proteins JO - EMBO J VL - 21 ID - Ishiguro2002 ER - TY - JOUR AU - Scofield, S. AU - Dewitte, W. AU - Murray, J. A. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - The KNOX gene SHOOT MERISTEMLESS is required for the development of reproductive meristematic tissues in Arabidopsis JO - Plant J VL - 50 ID - Scofield2007 ER - TY - JOUR AU - Chen, J. J. AU - Janssen, B. J. AU - Williams, A. AU - Sinha, N. PY - 1997 DA - 1997// TI - A gene fusion at a homeobox locus: alterations in leaf shape and implications for morphological evolution JO - Plant Cell Online VL - 9 ID - Chen1997 ER - TY - JOUR AU - Uchida, N. AU - Townsley, B. AU - Chung, K. -. H. AU - Sinha, N. PY - 2007 DA - 2007// TI - Regulation of SHOOT MERISTEMLESS genes via an upstream-conserved noncoding sequence coordinates leaf development JO - Proc Natl Acad Sci VL - 104 ID - Uchida2007 ER - TY - JOUR AU - Kwon, C. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - WUSCHEL is a primary target for transcriptional regulation by SPLAYED in dynamic control of stem cell fate in Arabidopsis JO - Genes Dev VL - 19 ID - Kwon2005 ER - TY - JOUR AU - Laux, T. AU - Mayer, K. F. AU - Berger, J. AU - Jurgens, G. PY - 1996 DA - 1996// TI - The WUSCHEL gene is required for shoot and floral meristem integrity in Arabidopsis JO - Development VL - 122 ID - Laux1996 ER - TY - JOUR AU - Mayer, K. F. X. AU - Schoof, H. AU - Haecker, A. AU - Lenhard, M. AU - Jürgens, G. AU - Laux, T. PY - 1998 DA - 1998// TI - Role of WUSCHEL in regulating stem cell fate in the Arabidopsis shoot meristem JO - Cell VL - 95 ID - Mayer1998 ER - TY - JOUR AU - Reinhardt, D. AU - Frenz, M. AU - Mandel, T. AU - Kuhlemeier, C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Microsurgical and laser ablation analysis of interactions between the zones and layers of the tomato shoot apical meristem JO - Development VL - 130 ID - Reinhardt2003 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. AU - Wang, X. -. G. AU - Ren, J. -. P. AU - Ma, Y. AU - Yin, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Characterization of Tomato Transcription Factor WUSCHEL and Functional Study in Arabidopsis JO - J Integrative Agri VL - 11 ID - Wang2012 ER - TY - JOUR AU - Moussian, B. AU - Schoof, H. AU - Haecker, A. AU - Jurgens, G. AU - Laux, T. PY - 1998 DA - 1998// TI - Role of the ZWILLE gene in the regulation of central shoot meristem cell fate during Arabidopsis embryogenesis JO - EMBO J VL - 17 ID - Moussian1998 ER - TY - JOUR AU - Kayes, J. M. AU - Clark, S. E. PY - 1998 DA - 1998// TI - CLAVATA2, a regulator of meristem and organ development in Arabidopsis JO - Development VL - 125 ID - Kayes1998 ER - TY - JOUR AU - Wang, G. AU - Zhang, Z. AU - Angenent, G. C. AU - Fiers, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - New aspects of CLAVATA2, a versatile gene in the regulation of Arabidopsis development JO - J Plant Physiol VL - 168 ID - Wang2011 ER - TY - JOUR AU - Hord, C. L. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - The BAM1/BAM2 Receptor-Like Kinases are important regulators of arabidopsis early anther development JO - Plant Cell Online VL - 18 ID - Hord2006 ER - TY - JOUR AU - DeYoung, B. J. AU - Clark, S. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - BAM receptors regulate stem cell specification and organ development through complex interactions with CLAVATA signaling JO - Genetics VL - 180 ID - DeYoung2008 ER - TY - JOUR AU - Lecomte, L. AU - Duffe, P. AU - Buret, M. AU - Servin, B. AU - Hospital, F. AU - Causse, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Marker-assisted introgression of five QTLs controlling fruit quality traits into three tomato lines revealed interactions between QTLs and genetic backgrounds JO - TAG Theor Appl Genet VL - 109 ID - Lecomte2004 ER - TY - JOUR AU - Libault, M. AU - Stacey, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evolution of FW2.2-like (FWL) and PLAC8 genes in eukaryotes JO - Plant Signal Behav VL - 5 ID - Libault2010 ER - TY - JOUR AU - Song, W. -. Y. AU - Hörtensteiner, S. AU - Tomioka, R. AU - Lee, Y. AU - Martinoia, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Common functions or only phylogenetically related? The large family of PLAC8 motif-containing/PCR genes JO - Mol Cells VL - 31 ID - Song2011 ER - TY - JOUR AU - Alpert, K. B. AU - Grandillo, S. AU - Tanksley, S. D. PY - 1995 DA - 1995// TI - fw2.2:a major QTL controlling fruit weight is common to both red- and green-fruited tomato species JO - TAG Theor Appl Genet VL - 91 ID - Alpert1995 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Cong, B. AU - Tanksley, S. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Generation and Analysis of an Artificial Gene Dosage Series in Tomato to Study the Mechanisms by Which the Cloned Quantitative Trait Locus fw2.2 Controls Fruit Size JO - Plant physiology VL - 132 ID - Liu2003 ER - TY - JOUR AU - Cong, B. AU - Tanksley, S. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - FW2.2 and cell cycle control in developing tomato fruit: a possible example of gene co-option in the evolution of a novel organ JO - Plant Mol Biol VL - 62 ID - Cong2006 ER - TY - JOUR AU - Li, E. AU - Wang, S. AU - Liu, Y. AU - Chen, J. G. AU - Douglas, C. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - OVATE FAMILY PROTEIN4 (OFP4) interaction with KNAT7 regulates secondary cell wall formation in Arabidopsis thaliana JO - The Plant Journal VL - 67 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Hackbusch, J. AU - Richter, K. AU - Müller, J. AU - Salamini, F. AU - Uhrig, J. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - A central role of Arabidopsis thalianaovate family proteins in networking and subcellular localization of 3-aa loop extension homeodomain proteins JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 ID - Hackbusch2005 ER - TY - JOUR AU - Wang, S. AU - Chang, Y. AU - Guo, J. AU - Zeng, Q. AU - Ellis, B. E. AU - Chen, J. -. G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Arabidopsis Ovate family proteins, a novel transcriptional repressor family, control multiple aspects of plant growth and development JO - PLoS One VL - 6 ID - Wang2011 ER - TY - JOUR AU - Xiao, H. AU - Jiang, N. AU - Schaffner, E. AU - Stockinger, E. J. AU - van der Knaap, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - A retrotransposon-mediated gene duplication underlies morphological variation of tomato fruit JO - Science VL - 319 ID - Xiao2008 ER - TY - JOUR AU - Wu, S. AU - Xiao, H. AU - Cabrera, A. AU - Meulia, T. AU - van der Knaap, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - SUN regulates vegetative and reproductive organ shape by changing cell division patterns JO - Plant Physiol VL - 157 ID - Wu2011 ER - TY - JOUR AU - Kaya, H. AU - Shibahara, K. -. I. AU - Taoka, K. -. I. AU - Iwabuchi, M. AU - Stillman, B. AU - Araki, T. PY - 2001 DA - 2001// TI - FASCIATA genes for chromatin assembly factor-1 in Arabidopsismaintain the cellular organization of apical meristems JO - Cell VL - 104 ID - Kaya2001 ER - TY - JOUR AU - Dennis, M. D. AU - Browning, K. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Differential phosphorylation of plant translation initiation factors by Arabidopsis thalianaCK2 holoenzymes JO - J Biol Chem VL - 284 ID - Dennis2009 ER - TY - JOUR AU - Burko, Y. AU - Geva, Y. AU - Refael-Cohen, A. AU - Shleizer-Burko, S. AU - Shani, E. AU - Berger, Y. AU - Halon, E. AU - Chuck, G. AU - Moshelion, M. AU - Ori, N. PY - 2011 DA - 2011// TI - From organelle to organ: ZRIZI MATE-type transporter is an organelle transporter that enhances organ initiation JO - Plant Cell Physiol VL - 52 ID - Burko2011 ER - TY - JOUR AU - Fonné-Pfister, R. AU - Chemla, P. AU - Ward, E. AU - Girardet, M. AU - Kreuz, K. E. AU - Honzatko, R. B. AU - Fromm, H. J. AU - Schär, H. P. AU - Grütter, M. G. AU - Cowan-Jacob, S. W. PY - 1996 DA - 1996// TI - The mode of action and the structure of a herbicide in complex with its target: binding of activated hydantocidin to the feedback regulation site of adenylosuccinate synthetase JO - Proc Natl Acad Sci VL - 93 ID - Fonné-Pfister1996 ER - TY - JOUR AU - Lim, E. AU - Bowles, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - A class of plant glycosyltransferases involved in cellular homeostasis JO - EMBO J VL - 23 ID - Lim2004 ER - TY - JOUR AU - Linder, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Dead-box proteins: a family affair—active and passive players in RNP-remodeling JO - Nucleic Acids Res VL - 34 ID - Linder2006 ER - TY - JOUR AU - Panjabi, P. AU - Jagannath, A. AU - Bisht, N. AU - Padmaja, K. L. AU - Sharma, S. AU - Gupta, V. AU - Pradhan, A. AU - Pental, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comparative mapping of Brassica juncea and Arabidopsis thalianausing Intron Polymorphism (IP) markers: homoeologous relationships, diversification and evolution of the A, B and C Brassica genomes JO - BMC Genomics VL - 9 ID - Panjabi2008 ER - TY - JOUR AU - Wicker, T. AU - Schlagenhauf, E. AU - Graner, A. AU - Close, T. J. AU - Keller, B. AU - Stein, N. PY - 2006 DA - 2006// TI - 454 sequencing put to the test using the complex genome of barley JO - BMC Genomics VL - 7 ID - Wicker2006 ER - TY - JOUR AU - Sim, S. -. C. AU - Durstewitz, G. AU - Plieske, J. AU - Wieseke, R. AU - Ganal, M. W. AU - Van Deynze, A. AU - Hamilton, J. P. AU - Buell, C. R. AU - Causse, M. AU - Wijeratne, S. AU - Francis, D. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Development of a large SNP genotyping array and generation of high-density genetic maps in tomato JO - PLoS One VL - 7 ID - Sim2012 ER - TY - JOUR AU - Lucatti, A. AU - van Heusden, A. AU - de Vos, R. AU - Visser, R. AU - Vosman, B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Differences in insect resistance between tomato species endemic to the Galapagos Islands JO - BMC Evol Biol VL - 13 ID - Lucatti2013 ER - TY - JOUR AU - Van Deynze, A. AU - Stoffel, K. AU - Buell, C. R. AU - Kozik, A. AU - Liu, J. AU - van der Knaap, E. AU - Francis, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Diversity in conserved genes in tomato JO - BMC Genomics VL - 8 ID - Van Deynze2007 ER - TY - JOUR AU - Miller, J. C. AU - Tanksley, S. D. PY - 1990 DA - 1990// TI - RFLP analysis of phylogenetic relationships and genetic variation in the genus Lycopersicon JO - TAG Theor Appl Genet VL - 80 ID - Miller1990 ER - TY - JOUR AU - Blanca, J. AU - Cañizares, J. AU - Cordero, L. AU - Pascual, L. AU - Diez, M. J. AU - Nuez, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Variation revealed by snp genotyping and morphology provides insight into the origin of the tomato JO - PLoS One VL - 7 ID - Blanca2012 ER - TY - JOUR AU - Koenig, D. AU - Jiménez-Gómez, J. M. AU - Kimura, S. AU - Fulop, D. AU - Chitwood, D. H. AU - Headland, L. R. AU - Kumar, R. AU - Covington, M. F. AU - Devisetty, U. K. AU - Tat, A. V. AU - Tohge, T. AU - Bolger, A. AU - Schneeberger, K. AU - Ossowski, S. AU - Lanz, C. AU - Xiong, G. AU - Taylor-Teeples, M. AU - Brady, S. M. AU - Pauly, M. AU - Weigel, D. AU - Usadel, B. AU - Fernie, A. R. AU - Peng, J. AU - Sinha, N. R. AU - Maloof, J. N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comparative transcriptomics reveals patterns of selection in domesticated and wild tomato JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 ID - Koenig2013 ER - TY - JOUR AU - Labate, J. A. AU - Sheffer, S. M. AU - Balch, T. AU - Robertson, L. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Diversity and population structure in a geographic sample of tomato accessions JO - Crop Sci VL - 51 ID - Labate2011 ER - TY - JOUR AU - Gossmann, T. I. AU - Song, B. -. H. AU - Windsor, A. J. AU - Mitchell-Olds, T. AU - Dixon, C. J. AU - Kapralov, M. V. AU - Filatov, D. A. AU - Eyre-Walker, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome wide analyses reveal little evidence for adaptive evolution in many plant species JO - Mol Biol Evol VL - 27 ID - Gossmann2010 ER - TY - JOUR AU - Städler, T. AU - Roselius, K. AU - Stephan, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genealogical footprints of speciation processes in wild tomatoes: demography and evidence for historical gene flow JO - Evolution VL - 59 ID - Städler2005 ER - TY - JOUR AU - Charlesworth, D. AU - Charlesworth, B. AU - Morgan, M. T. PY - 1995 DA - 1995// TI - The pattern of neutral molecular variation under the background selection model JO - Genetics VL - 141 ID - Charlesworth1995 ER - TY - JOUR AU - Smith, J. M. AU - Haigh, J. PY - 1974 DA - 1974// TI - The hitch-hiking effect of a favourable gene JO - Genet Res VL - 23 ID - Smith1974 ER - TY - JOUR AU - Chakrabarti, M. AU - Zhang, N. AU - Sauvage, C. AU - Muños, S. AU - Blanca, J. AU - Cañizares, J. AU - Diez, M. J. AU - Schneider, R. AU - Mazourek, M. AU - McClead, J. AU - Causse, M. AU - van der Knaap, E. PY - 2013 DA - 2013// TI - A cytochrome P450 regulates a domestication trait in cultivated tomato JO - Proc Natl Acad Sci VL - 110 ID - Chakrabarti2013 ER - TY - JOUR AU - Albrechtsen, A. AU - Nielsen, F. C. AU - Nielsen, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Ascertainment biases in SNP chips affect measures of population divergence JO - Mol Biol Evol VL - 27 ID - Albrechtsen2010 ER - TY - JOUR AU - Manrique-Carpintero, N. C. AU - Tokuhisa, J. G. AU - Ginzberg, I. AU - Holliday, J. A. AU - Veilleux, R. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Sequence diversity in coding regions of candidate genes in the glycoalkaloid biosynthetic pathway of wild potato species JO - G3: Genes|Genomes|Genetics VL - 3 ID - Manrique-Carpintero2013 ER - TY - JOUR AU - Sim, S. C. AU - Robbins, M. D. AU - Deynze, A. V. AU - Michel, A. P. AU - Francis, D. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Population structure and genetic differentiation associated with breeding history and selection in tomato (Solanum lycopersicumL.) JO - Heredity VL - 106 ID - Sim2010 ER - TY - JOUR AU - Pavlidis, P. AU - Metzler, D. AU - Stephan, W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Selective sweeps in multilocus models of quantitative traits JO - Genetics VL - 192 ID - Pavlidis2012 ER - TY - JOUR AU - Chevin, L. -. M. AU - Hospital, F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Selective sweep at a quantitative trait locus in the presence of background genetic variation JO - Genetics VL - 180 ID - Chevin2008 ER - TY - JOUR AU - Durbak, A. R. AU - Tax, F. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - CLAVATA signaling pathway receptors of Arabidopsis regulate cell proliferation in fruit organ formation as well as in meristems JO - Genetics VL - 189 ID - Durbak2011 ER - TY - JOUR AU - Zhong, S. AU - Fei, Z. AU - Chen, Y. -. R. AU - Zheng, Y. AU - Huang, M. AU - Vrebalov, J. AU - McQuinn, R. AU - Gapper, N. AU - Liu, B. AU - Xiang, J. AU - Shao, Y. AU - Giovannoni, J. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Single-base resolution methylomes of tomato fruit development reveal epigenome modifications associated with ripening JO - Nat Biotechnol VL - 31 ID - Zhong2013 ER - TY - JOUR AU - Manning, K. AU - Tör, M. AU - Poole, M. AU - Hong, Y. AU - Thompson, A. J. AU - King, G. J. AU - Giovannoni, J. J. AU - Seymour, G. B. PY - 2006 DA - 2006// TI - A naturally occurring epigenetic mutation in a gene encoding an SBP-box transcription factor inhibits tomato fruit ripening JO - Nat Genet VL - 38 ID - Manning2006 ER - TY - JOUR AU - Brewer, M. T. AU - Lang, L. AU - Fujimura, K. AU - Dujmovic, N. AU - Gray, S. AU - van der Knaap, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Development of a controlled vocabulary and software application to analyze fruit shape variation in tomato and other plant species JO - Plant Physiol VL - 141 ID - Brewer2006 ER - TY - JOUR AU - Roe, B. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Shotgun library construction for DNA sequencing JO - Methods Mol Biol VL - 255 ID - Roe2004 ER - TY - CHAP AU - Wiley, G. AU - Macmil, S. AU - Qu, C. AU - Wang, P. AU - Xing, Y. AU - White, D. AU - Li, J. AU - White, J. D. AU - Domingo, A. AU - Roe, B. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Methods for Generating Shotgun and Mixed Shotgun/paired-end Libraries for the 454 dna Sequencer BT - In Current Protocols in Human Genetics. ID - Wiley2001 ER - TY - JOUR AU - Margulies, M. AU - Egholm, M. AU - Altman, W. E. AU - Attiya, S. AU - Bader, J. S. AU - Bemben, L. A. AU - Berka, J. AU - Braverman, M. S. AU - Chen, Y. J. AU - Chen, Z. AU - Dewell Scott, B. AU - Du, L. AU - Fierro, J. M. AU - Gomes, X. V. AU - Godwin, B. C. AU - He, W. AU - Helgesen, S. AU - Ho, C. H. AU - Irzyk, G. P. AU - Jando, S. C. AU - Alenquer, M. L. I. AU - Jarvie, T. P. AU - Jirage, K. B. AU - Kim, J. B. AU - Knight, J. R. AU - Lanza, J. R. AU - Leamon, J. H. AU - Lefkowitz, S. M. AU - Lei, M. AU - Li, J. AU - Lohman, K. L. AU - Lu, H. AU - Makhijani, V. B. AU - McDade, K. E. AU - McKenna, M. P. AU - Myers, E. W. AU - Nickerson, E. AU - Nobile, J. R. AU - Plant, R. AU - Puc, B. P. AU - Ronan, M. T. AU - Roth, G. T. AU - Sarkis, G. J. AU - Simons, J. F. AU - Simpson, J. W. AU - Srinivasan, M. AU - Tartaro, K. R. AU - Tomasz, A. AU - Vogt, K. A. AU - Volkmer, G. A. AU - Wang, S. H. AU - Wang, Y. AU - Weiner, M. P. AU - Yu, P. AU - Begley, R. F. AU - Rothberg, J. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors JO - Nature VL - 437 ID - Margulies2005 ER - TY - JOUR AU - Mariette, J. AU - Noirot, C. AU - Klopp, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Assessment of replicate bias in 454 pyrosequencing and a multi-purpose read-filtering tool JO - BMC Res Notes VL - 4 ID - Mariette2011 ER - TY - JOUR AU - Burland, T. G. PY - 1999 DA - 1999// TI - DNASTAR's Lasergene sequence analysis software JO - Molecular Methods VL - 132 ID - Burland1999 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - BLAT—The BLAST-Like alignment tool JO - Genome Res VL - 12 ID - Kent2002 ER - TY - JOUR AU - Cingolani, P. AU - Platts, A. AU - Wang, L. AU - Coon, M. AU - Nguyen, T. AU - Wang, L. AU - Land, S. AU - Ruden, D. AU - Lu, X. PY - 2012 DA - 2012// TI - A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogasterstrain w1118; iso-2; iso-3 JO - Fly VL - 6 ID - Cingolani2012 ER - TY - JOUR AU - Hamilton, J. P. AU - Sim, S. -. C. AU - Stoffel, K. AU - Van Deynze, A. AU - Buell, C. R. AU - Francis, D. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Single Nucleotide polymorphism discovery in cultivated tomato via sequencing by synthesis JO - Plant Gen VL - 5 ID - Hamilton2012 ER - TY - CHAP AU - Sauvage, C. AU - Segura, V. AU - Bauchet, G. AU - Stevens, R. AU - Thi Do, P. AU - Nikoloski, Z. AU - Fernie, A. R. AU - Causse, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome Wide Association in tomato reveals 44 candidate loci for fruit metabolic traits BT - Plant Physiology ID - Sauvage2014 ER - TY - JOUR AU - Tajima, F. PY - 1989 DA - 1989// TI - Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by dna polymorphism JO - Genetics VL - 123 ID - Tajima1989 ER - TY - JOUR AU - Librado, P. AU - Rozas, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - DnaSP v5: a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data JO - Bioinformatics VL - 25 ID - Librado2009 ER - TY - JOUR AU - Hutter, S. AU - Vilella, A. AU - Rozas, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide DNA polymorphism analyses using VariScan JO - BMC Bioinform VL - 7 ID - Hutter2006 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. AU - Bielawski, J. P. PY - 2000 DA - 2000// TI - Statistical methods for detecting molecular adaptation JO - Trends Ecol Evol VL - 15 ID - Yang2000 ER - TY - JOUR AU - Goldman, N. AU - Yang, Z. PY - 1994 DA - 1994// TI - A codon-based model of nucleotide substitution for protein-coding DNA sequences JO - Mol Biol Evol VL - 11 ID - Goldman1994 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. PY - 2007 DA - 2007// TI - PAML 4: phylogenetic analysis by maximum likelihood JO - Mol Biol Evol VL - 24 ID - Yang2007 ER - TY - JOUR AU - Weir, B. S. AU - Cockerham, C. C. PY - 1984 DA - 1984// TI - Estimating F-statistics for the analysis of population structure JO - Evolution VL - 38 ID - Weir1984 ER - TY - JOUR AU - Falush, D. AU - Stephens, M. AU - Pritchard, J. K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Inference of population structure using multilocus genotype data: dominant markers and null alleles JO - Mol Ecol Notes VL - 7 ID - Falush2007 ER - TY - JOUR AU - Evanno, G. AU - Regnaut, S. AU - Goudet, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Detecting the number of clusters of individuals using the software structure: a simulation study JO - Mol Ecol VL - 14 ID - Evanno2005 ER - TY - JOUR AU - Porras-Hurtado, L. AU - Ruiz, Y. AU - Santos, C. AU - Phillips, C. AU - Carrecedo, Á. AU - Lareu, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - An overview of STRUCTURE: applications, parameter settings and supporting software JO - Frontiers in Genetics VL - 4 ID - Porras-Hurtado2013 ER - TY - JOUR AU - Hardy, O. J. AU - Vekemans, X. PY - 2002 DA - 2002// TI - SPAGeDI: a versatile computer program to analyse spatial genetic structure at the individual or population levels JO - Mol Ecol Notes VL - 2 ID - Hardy2002 ER - TY - JOUR AU - Loiselle, B. A. AU - Sork, V. L. AU - Nason, J. AU - Graham, C. PY - 1995 DA - 1995// TI - Spatial genetic structure of a tropical understory shrub, Psychotria officinalis(Rubiaceae) JO - Am J Bot VL - 82 ID - Loiselle1995 ER - TY - JOUR AU - Bradbury, P. J. AU - Zhang, Z. AU - Kroon, D. E. AU - Casstevens, T. M. AU - Ramdoss, Y. AU - Buckler, E. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - TASSEL: software for association mapping of complex traits in diverse samples JO - Bioinformatics VL - 23 ID - Bradbury2007 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing JO - J R Stat Soc VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - CHAP AU - Steinbach, D. AU - Alaux, M. AU - Amselem, J. AU - Choisne, N. AU - Durand, S. AU - Flores, R. AU - Keliet, A. -. O. AU - Kimmel, E. AU - Lapalu, N. AU - Luyten, I. AU - Michotey, C. AU - Mohellibi, N. AU - Pommier, C. AU - Reboux, S. AU - Valdenaire, D. AU - Verdelet, D. AU - Quesneville, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - GnpIS: an information system to integrate genetic and genomic data from plants and fungi BT - Database ID - Steinbach2013 ER -