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Table 3 Counts per Mbp of dimer and trimer motifs in all three genomic fractions in: (a) Angiosperms and (b) Gymnosperms

From: Comparative in silicoanalysis of EST-SSRs in angiosperm and gymnosperm tree genera

(a)

Motif

Populus

Eucalyptus

Betula

Fagus

Quercus

Citrus

Prunus

Fraxinus

 

5′UTR

ORF

3′UTR

5′UTR

ORF

3′UTR

5′UTR

ORF

3′UTR

5′UTR

ORF

3′UTR

5′UTR

ORF

3′UTR

5′UTR

ORF

3′UTR

5′UTR

ORF

3′UTR

5′UTR

ORF

3′UTR

AC/GT

53

22

53

27

7

12

-

-

98

61

11

7

103

27

43

27

8

18

165

48

101

91

6

34

AG/CT

822

185

148

1788

684

431

1131

649

350

1173

181

262

1885

439

471

230

73

47

5992

2226

2655

431

113

109

AT/AT

73

57

178

7

8

15

-

-

432

69

38

128

205

63

317

60

16

57

697

129

811

-

6

-

CG/CG

-

8

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

ACG/CGT

27

42

14

29

63

11

-

-

-

6

10

-

5

18

1

6

17

2

15

63

9

-

-

-

ACT/AGT

23

23

14

17

4

9

66

34

-

13

24

5

27

38

29

6

9

4

29

114

136

-

4

21

AAC/GTT

10

12

9

5

1

-

85

57

-

15

30

10

39

55

17

3

10

1

40

43

22

-

-

-

AAG/CTT

93

46

43

98

63

28

-

77

-

111

52

22

125

91

31

38

28

12

168

90

86

-

4

11

AAT/ATT

30

11

51

-

5

3

-

14

-

13

11

36

24

14

42

29

16

21

34

26

41

-

4

25

ACC/GGT

26

35

7

-

25

3

-

57

-

-

12

5

6

45

3

5

10

1

7

33

5

-

4

-

AGG/CCT

33

32

7

26

63

12

-

-

-

13

22

-

5

20

3

2

7

1

36

33

26

-

-

-

CCG/CCG

4

7

1

52

183

12

-

-

-

-

1

-

1

6

-

2

6

1

-

5

-

-

-

-

(b)

Motif

Picea

Pinus

Cryptomeria

Gnetum

Cycas

Zamia

Ginkgo

 
 

5′UTR

ORF

3′UTR

5′UTR

ORF

3′UTR

5′UTR

ORF

3′UTR

5′UTR

ORF

3′UTR

5′UTR

ORF

3′UTR

5′UTR

ORF

3′UTR

5′UTR

ORF

3′UTR

 

AC/GT

3

3

4

1

2

1

19

-

9

36

-

-

-

11

51

79

116

88

40

44

17

 

AG/CT

95

93

37

101

80

40

19

46

55

76

60

91

54

33

143

170

194

182

120

60

120

 

AT/AT

85

31

157

67

39

100

8

12

53

20

45

91

64

40

160

254

194

308

346

60

346

 

CG/CG

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

 

ACG/CGT

1

10

1

-

8

-

-

14

7

76

172

48

-

2

-

-

38

-

-

10

-

 

ACT/AGT

1

1

2

-

3

-

9

8

7

38

31

-

-

-

-

-

14

11

-

-

-

 

AAC/GTT

1

3

-

1

2

1

5

5

-

13

13

12

-

-

-

-

-

-

-

-

-

 

AAG/CTT

1

6

2

1

7

-

6

26

10

76

57

86

10

9

-

8

32

16

-

5

-

 

AAT/ATT

4

3

5

2

2

5

5

3

20

-

4

12

-

2

5

18

31

33

40

8

12

 

ACC/GGT

1

2

-

1

2

-

11

-

-

27

-

-

-

-

-

-

9

-

-

-

-

 

AGG/CCT

5

13

1

-

4

1

8

19

-

29

37

12

-

-

6

8

14

-

12

-

-

 

CCG/CCG

1

4

-

-

2

-

-

10

4

-

14

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

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