TY - STD TI - Saccharomyces Genome Database. [http://www.yeastgenome.org/] UR - http://www.yeastgenome.org/ ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Magwene, P. M. AU - Kim, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Estimating genomic coexpression networks using first-order conditional independence. JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-12-r100 DO - 10.1186/gb-2004-5-12-r100 ID - Magwene2004 ER - TY - JOUR AU - Segal, E. AU - Shapira, M. AU - Regev, A. AU - Pe'er, D. AU - Botstein, D. AU - Koller, D. AU - Friedman, N. PY - 2003 DA - 2003// TI - Module networks: identifying regulatory modules and their condition-specific regulators from gene expression data JO - Nat Genet VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/ng1165 DO - 10.1038/ng1165 ID - Segal2003 ER - TY - JOUR AU - Segal, E. AU - Yelensky, R. AU - Koller, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genome-wide discovery of transcriptional modules from DNA sequence and gene expression JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg1038 DO - 10.1093/bioinformatics/btg1038 ID - Segal2003 ER - TY - JOUR AU - Baldessari, D. AU - Shin, Y. AU - Krebs, O. AU - Konig, R. AU - Koide, T. AU - Vinayagam, A. AU - Fenger, U. AU - Mochii, M. AU - Terasaka, C. AU - Kitayama, A. AU - Peiffer, D. AU - Ueno, N. AU - Eils, R. AU - Cho, K. W. AU - Niehrs, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Global gene expression profiling and cluster analysis in Xenopus laevis JO - Mech Dev VL - 122 UR - https://doi.org/10.1016/j.mod.2004.11.007 DO - 10.1016/j.mod.2004.11.007 ID - Baldessari2005 ER - TY - JOUR AU - Zhang, W. AU - Morris, Q. D. AU - Chang, R. AU - Shai, O. AU - Bakowski, M. A. AU - Mitsakakis, N. AU - Mohammad, N. AU - Robinson, M. D. AU - Zirngibl, R. AU - Somogyi, E. AU - Laurin, N. AU - Eftekharpour, E. AU - Sat, E. AU - Grigull, J. AU - Pan, Q. AU - Peng, W. T. AU - Krogan, N. AU - Greenblatt, J. AU - Fehlings, M. AU - van, K. D. AU - Aubin, J. AU - Bruneau, B. G. AU - Rossant, J. AU - Blencowe, B. J. AU - Frey, B. J. AU - Hughes, T. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - The functional landscape of mouse gene expression JO - J Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/jbiol16 DO - 10.1186/jbiol16 ID - Zhang2004 ER - TY - JOUR AU - Kim, S. K. AU - Lund, J. AU - Kiraly, M. AU - Duke, K. AU - Jiang, M. AU - Stuart, J. M. AU - Eizinger, A. AU - Wylie, B. N. AU - Davidson, G. S. PY - 2001 DA - 2001// TI - A gene expression map for Caenorhabditis elegans. JO - Science VL - 293 UR - https://doi.org/10.1126/science.1061603 DO - 10.1126/science.1061603 ID - Kim2001 ER - TY - STD TI - NASCArrays. [http://affymetrix.arabidopsis.info/narrays/experimentbrowse.pl] UR - http://affymetrix.arabidopsis.info/narrays/experimentbrowse.pl ID - ref8 ER - TY - STD TI - Genevestigator. [https://www.genevestigator.ethz.ch/] UR - https://www.genevestigator.ethz.ch/ ID - ref9 ER - TY - STD TI - PLEXdb. [http://plexdb.org/] UR - http://plexdb.org/ ID - ref10 ER - TY - STD TI - MetaOmGraph. [http://metnet.vrac.iastate.edu/MetNet_MetaOmGraph.htm] UR - http://metnet.vrac.iastate.edu/MetNet_MetaOmGraph.htm ID - ref11 ER - TY - STD TI - ArrayExpress. [http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/] UR - http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ ID - ref12 ER - TY - STD TI - Vanted. [http://vanted.ipk-gatersleben.de/] UR - http://vanted.ipk-gatersleben.de/ ID - ref13 ER - TY - STD TI - Virtual Plant. [http://virtualplant-prod.bio.nyu.edu/cgi-bin/virtualplant.cgi] UR - http://virtualplant-prod.bio.nyu.edu/cgi-bin/virtualplant.cgi ID - ref14 ER - TY - STD TI - ATTED-II. [http://www.atted.bio.titech.ac.jp/] UR - http://www.atted.bio.titech.ac.jp/ ID - ref15 ER - TY - STD TI - Arabidopsis Coexpression Data Mining Tool. [http://www.arabidopsis.leeds.ac.uk/act/] UR - http://www.arabidopsis.leeds.ac.uk/act/ ID - ref16 ER - TY - STD TI - MapMan. [http://gabi.rzpd.de/projects/MapMan/] UR - http://gabi.rzpd.de/projects/MapMan/ ID - ref17 ER - TY - STD TI - PageMan. [http://mapman.mpimp-golm.mpg.de/pageman/] UR - http://mapman.mpimp-golm.mpg.de/pageman/ ID - ref18 ER - TY - JOUR AU - Hughes, T. R. AU - Marton, M. J. AU - Jones, A. R. AU - Roberts, C. J. AU - Stoughton, R. AU - Armour, C. D. AU - Bennett, H. A. AU - Coffey, E. AU - Dai, H. AU - He, Y. D. AU - Kidd, M. J. AU - King, A. M. AU - Meyer, M. R. AU - Slade, D. AU - Lum, P. Y. AU - Stepaniants, S. B. AU - Shoemaker, D. D. AU - Gachotte, D. AU - Chakraburtty, K. AU - Simon, J. AU - Bard, M. AU - Friend, S. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Functional discovery via a compendium of expression profiles JO - Cell VL - 102 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)00015-5 DO - 10.1016/S0092-8674(00)00015-5 ID - Hughes2000 ER - TY - JOUR AU - Lamb, J. AU - Crawford, E. D. AU - Peck, D. AU - Modell, J. W. AU - Blat, I. C. AU - Wrobel, M. J. AU - Lerner, J. AU - Brunet, J. P. AU - Subramanian, A. AU - Ross, K. N. AU - Reich, M. AU - Hieronymus, H. AU - Wei, G. AU - Armstrong, S. A. AU - Haggarty, S. J. AU - Clemons, P. A. AU - Wei, R. AU - Carr, S. A. AU - Lander, E. S. AU - Golub, T. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Connectivity Map: using gene-expression signatures to connect small molecules, genes, and disease JO - Science VL - 313 UR - https://doi.org/10.1126/science.1132939 DO - 10.1126/science.1132939 ID - Lamb2006 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, H. B. AU - Mundy, J. AU - Willenbrock, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Functional Associations by Response Overlap (FARO), a functional genomics approach matching gene expression phenotypes JO - PLoS ONE VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0000676 DO - 10.1371/journal.pone.0000676 ID - Nielsen2007 ER - TY - JOUR AU - Weston, D. J. AU - Gunter, L. E. AU - Rogers, A. AU - Wullschleger, S. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Connecting genes, coexpression modules, and molecular signatures to environmental stress phenotypes in plants JO - BMC Syst Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-2-16 DO - 10.1186/1752-0509-2-16 ID - Weston2008 ER - TY - JOUR AU - Gachon, C. M. AU - Langlois-Meurinne, M. AU - Henry, Y. AU - Saindrenan, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Transcriptional co-regulation of secondary metabolism enzymes in Arabidopsis: functional and evolutionary implications JO - Plant Mol Biol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1007/s11103-005-5346-5 DO - 10.1007/s11103-005-5346-5 ID - Gachon2005 ER - TY - JOUR AU - Brown, D. M. AU - Zeef, L. A. AU - Ellis, J. AU - Goodacre, R. AU - Turner, S. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification of novel genes in Arabidopsis involved in secondary cell wall formation using expression profiling and reverse genetics JO - Plant Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.105.031542 DO - 10.1105/tpc.105.031542 ID - Brown2005 ER - TY - JOUR AU - Persson, S. AU - Wei, H. AU - Milne, J. AU - Page, G. P. AU - Somerville, C. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification of genes required for cellulose synthesis by regression analysis of public microarray data sets JO - Proc Natl Acad Sci VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0503392102 DO - 10.1073/pnas.0503392102 ID - Persson2005 ER - TY - JOUR AU - Usadel, B. AU - Kuschinsky, A. M. AU - Steinhauser, D. AU - Pauly, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Transcriptional co-response analysis as a tool to identify new components of the wall biosynthetic machinery JO - Plant Biosystems VL - 139 UR - https://doi.org/10.1080/11263500500059827 DO - 10.1080/11263500500059827 ID - Usadel2005 ER - TY - JOUR AU - Wille, A. AU - Zimmermann, P. AU - Vranová, E. AU - Fürholz, A. AU - Laule, O. AU - Bleuler, S. AU - Hennig, L. AU - Prelic, A. AU - von Rohr, P. AU - Thiele, L. AU - Zitzler, E. AU - Gruissem, W. AU - Bühlmann, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Sparse graphical Gaussian modeling of the isoprenoid gene network in Arabidopsis thaliana JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-11-r92 DO - 10.1186/gb-2004-5-11-r92 ID - Wille2004 ER - TY - JOUR AU - Wei, H. AU - Persson, S. AU - Mehta, T. AU - Srinivasasainagendra, V. AU - Chen, L. AU - Page, G. P. AU - Somerville, C. AU - Loraine, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Transcriptional coordination of the metabolic network in Arabidopsis thaliana JO - Plant Physiol VL - 142 UR - https://doi.org/10.1104/pp.106.080358 DO - 10.1104/pp.106.080358 ID - Wei2006 ER - TY - JOUR AU - Ma, S. AU - Gong, Q. AU - Bohnert, H. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - An Arabidopsis gene network based on the graphical Gaussian model JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6911207 DO - 10.1101/gr.6911207 ID - Ma2007 ER - TY - JOUR AU - Schwikowski, B. AU - Uetz, P. AU - Fields, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - A network of protein–protein interactions in yeast. JO - Nat Biotechnol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/82360 DO - 10.1038/82360 ID - Schwikowski2000 ER - TY - JOUR AU - Schlitt, T. AU - Palin, K. AU - Rung, J. AU - Dietmann, S. AU - Lappe, M. AU - Ukkonen, E. AU - Brazma, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - From gene networks to gene function. JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1111403 DO - 10.1101/gr.1111403 ID - Schlitt2003 ER - TY - JOUR AU - Niittyla, T. AU - Comparot-Moss, S. AU - Lue, W. L. AU - Messerli, G. AU - Trevisan, M. AU - Seymour, M. D. AU - Gatehouse, J. A. AU - Villadsen, D. AU - Smith, S. M. AU - Chen, J. AU - Zeeman, S. C. AU - Smith, A. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Similar protein phosphatases control starch metabolism in plants and glycogen metabolism in mammals JO - J Biol Chem VL - 281 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M600519200 DO - 10.1074/jbc.M600519200 ID - Niittyla2006 ER - TY - JOUR AU - Ke, J. AU - Behal, R. H. AU - Back, S. L. AU - Nikolau, B. J. AU - Wurtele, E. S. AU - Oliver, D. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - The role of pyruvate dehydrogenase and acetyl-coenzyme A synthetase in fatty acid synthesis in developing Arabidopsis seeds. JO - Plant Physiol VL - 123 UR - https://doi.org/10.1104/pp.123.2.497 DO - 10.1104/pp.123.2.497 ID - Ke2000 ER - TY - JOUR AU - Ke, J. S. AU - Wen, T. N. AU - Wurtele, E. S. AU - Nikolau, B. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Coordinate regulation of the spatial and temporal expression of the nuclear and chloroplastic encoded genes of the heteromeric acetyl-CoA carboxylase JO - Plant Physiol VL - 122 UR - https://doi.org/10.1104/pp.122.4.1057 DO - 10.1104/pp.122.4.1057 ID - Ke2000 ER - TY - JOUR AU - Wurtele, E. S. AU - Nikolau, B. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Characterization of 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase from plants JO - Methods Enzymol VL - 324 UR - https://doi.org/10.1016/S0076-6879(00)24238-9 DO - 10.1016/S0076-6879(00)24238-9 ID - Wurtele2000 ER - TY - JOUR AU - Che, P. AU - Weaver, L. M. AU - Wurtele, E. S. AU - Nikolau, B. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - The role of biotin in regulating 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase expression in Arabidopsis JO - Plant Physiol VL - 131 UR - https://doi.org/10.1104/pp.013243 DO - 10.1104/pp.013243 ID - Che2003 ER - TY - JOUR AU - Che, P. AU - Wurtele, E. S. AU - Nikolau, B. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Metabolic and environmental regulation of 3-methylcrotonyl-coenzyme A carboxylase expression in Arabidopsis JO - Plant Physiol VL - 129 UR - https://doi.org/10.1104/pp.001842 DO - 10.1104/pp.001842 ID - Che2002 ER - TY - JOUR AU - Nikolau, B. J. AU - Ohlrogge, J. B. AU - Wurtele, E. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Plant biotin-containing carboxylases JO - Arch Biochem Biophys VL - 414 UR - https://doi.org/10.1016/S0003-9861(03)00156-5 DO - 10.1016/S0003-9861(03)00156-5 ID - Nikolau2003 ER - TY - JOUR AU - McKean, A. L. AU - Ke, J. AU - Song, J. AU - Che, P. AU - Achenbach, S. AU - Nikolau, B. J. AU - Wurtele, E. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular characterization of the non-biotin-containing subunit of 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase JO - J Biol Chem VL - 275 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.275.8.5582 DO - 10.1074/jbc.275.8.5582 ID - McKean2000 ER - TY - JOUR AU - Ohlrogge, J. AU - Browse, J. PY - 1995 DA - 1995// TI - Lipid biosynthesis JO - Plant Cell VL - 7 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.7.7.957 DO - 10.1105/tpc.7.7.957 ID - Ohlrogge1995 ER - TY - JOUR AU - Gibon, Y. AU - Blasing, O. E. AU - Palacios-Rojas, N. AU - Pankovic, D. AU - Hendriks, J. H. AU - Fisahn, J. AU - Hohne, M. AU - Gunther, M. AU - Stitt, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Adjustment of diurnal starch turnover to short days: depletion of sugar during the night leads to a temporary inhibition of carbohydrate utilization, accumulation of sugars and post-translational activation of ADP-glucose pyrophosphorylase in the following light period JO - Plant J VL - 39 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2004.02173.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2004.02173.x ID - Gibon2004 ER - TY - JOUR AU - Anderson, M. D. AU - Che, P. AU - Song, J. AU - Nikolau, B. J. AU - Wurtele, E. S. PY - 1998 DA - 1998// TI - 3-Methylcrotonyl-coenzyme A carboxylase is a component of the mitochondrial leucine catabolic pathway in plants JO - Plant Physiol VL - 118 UR - https://doi.org/10.1104/pp.118.4.1127 DO - 10.1104/pp.118.4.1127 ID - Anderson1998 ER - TY - JOUR AU - Craigon, D. J. AU - James, N. AU - Okyere, J. AU - Higgins, J. AU - Jotham, J. AU - May, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - NASCArrays: a repository for microarray data generated by NASC's transcriptomics service JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh133 DO - 10.1093/nar/gkh133 ID - Craigon2004 ER - TY - JOUR AU - Shen, L. AU - Gong, J. AU - Caldo, R. A. AU - Nettleton, D. AU - Cook, D. AU - Wise, R. P. AU - Dickerson, J. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - BarleyBase-an expression profiling database for plant genomics JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki123 DO - 10.1093/nar/gki123 ID - Shen2005 ER - TY - JOUR AU - Fruchterman, T. AU - Reingold, E. PY - 1991 DA - 1991// TI - Graph drawing by force-directed placement JO - Software - Practice and Experience VL - 21 UR - https://doi.org/10.1002/spe.4380211102 DO - 10.1002/spe.4380211102 ID - Fruchterman1991 ER - TY - JOUR AU - Myers, A. M. AU - Morell, M. K. AU - James, M. G. AU - Ball, S. G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Recent progress towards understanding biosynthesis of the amylopectin crystal JO - Plant Physiol VL - 122 UR - https://doi.org/10.1104/pp.122.4.989 DO - 10.1104/pp.122.4.989 ID - Myers2000 ER - TY - JOUR AU - Smith, A. M. AU - Zeeman, S. C. AU - Smith, S. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Starch degradation JO - Annu Rev Plant Biol VL - 56 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.arplant.56.032604.144257 DO - 10.1146/annurev.arplant.56.032604.144257 ID - Smith2005 ER - TY - JOUR AU - Dinges, J. R. AU - Colleoni, C. AU - James, M. G. AU - Myers, A. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mutational analysis of the pullulanase-type debranching enzyme of maize indicates multiple functions in starch metabolism JO - Plant Cell VL - 15 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.007575 DO - 10.1105/tpc.007575 ID - Dinges2003 ER - TY - JOUR AU - Taylor, M. A. AU - Ross, H. A. AU - McRae, D. AU - Stewart, D. AU - Roberts, I. AU - Duncan, G. AU - Wright, F. AU - Millam, S. AU - Davies, H. V. PY - 2000 DA - 2000// TI - A potato alpha-glucosidase gene encodes a glycoprotein-processing alpha-glucosidase II-like activity. Demonstration of enzyme activity and effects of down-regulation in transgenic plants. JO - Plant J VL - 24 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-313x.2000.00873.x DO - 10.1046/j.1365-313x.2000.00873.x ID - Taylor2000 ER - TY - JOUR AU - Beck, E. AU - Ziegler, P. PY - 1989 DA - 1989// TI - Biosynthesis and degradation of starch in higher plants JO - Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol VL - 40 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.pp.40.060189.000523 DO - 10.1146/annurev.pp.40.060189.000523 ID - Beck1989 ER - TY - JOUR AU - Zeeman, S. C. AU - Tiessen, A. AU - Pilling, E. AU - Kato, K. L. AU - Donald, A. M. AU - Smith, A. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Starch synthesis in Arabidopsis. Granule synthesis, composition, and structure. JO - Plant Physiol VL - 129 UR - https://doi.org/10.1104/pp.003756 DO - 10.1104/pp.003756 ID - Zeeman2002 ER - TY - JOUR AU - Smith, S. M. AU - Fulton, D. C. AU - Chia, T. AU - Thorneycroft, D. AU - Chapple, A. AU - Dunstan, H. AU - Hylton, C. AU - Zeeman, S. C. AU - Smith, A. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Diurnal changes in the transcriptome encoding enzymes of starch metabolism provide evidence for both transcriptional and posttranscriptional regulation of starch metabolism in Arabidopsis leaves JO - Plant Physiol VL - 136 UR - https://doi.org/10.1104/pp.104.044347 DO - 10.1104/pp.104.044347 ID - Smith2004 ER - TY - JOUR AU - Blasing, O. E. AU - Gibon, Y. AU - Gunther, M. AU - Hohne, M. AU - Morcuende, R. AU - Osuna, D. AU - Thimm, O. AU - Usadel, B. AU - Scheible, W. R. AU - Stitt, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Sugars and circadian regulation make major contributions to the global regulation of diurnal gene expression in Arabidopsis JO - Plant Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.105.035261 DO - 10.1105/tpc.105.035261 ID - Blasing2005 ER - TY - JOUR AU - Weaver, L. M. AU - Yu, F. AU - Wurtele, E. S. AU - Nikolau, B. J. PY - 1996 DA - 1996// TI - Characterization of the cDNA and gene coding for the biotin synthase of Arabidopsis thaliana JO - Plant Physiol VL - 110 UR - https://doi.org/10.1104/pp.110.3.1021 DO - 10.1104/pp.110.3.1021 ID - Weaver1996 ER - TY - JOUR AU - Patton, D. A. AU - Johnson, M. AU - Ward, E. R. PY - 1996 DA - 1996// TI - Biotin synthase from Arabidopsis thaliana. cDNA isolation and characterization of gene expression. JO - Plant Physiol VL - 112 UR - https://doi.org/10.1104/pp.112.1.371 DO - 10.1104/pp.112.1.371 ID - Patton1996 ER - TY - JOUR AU - Baldet, P. AU - Ruffet, M. L. PY - 1996 DA - 1996// TI - Biotin synthesis in higher plants: isolation of a cDNA encoding Arabidopsis thaliana bioB-gene product equivalent by functional complementation of a biotin auxotroph mutant bioB105 of Escherichia coliK12 JO - C R Acad Sci III VL - 319 ID - Baldet1996 ER - TY - JOUR AU - Bao, X. AU - Focke, M. AU - Pollard, M. AU - Ohlrogge, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Understanding in vivocarbon precursor supply for fatty acid synthesis in leaf tissue JO - Plant J VL - 22 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-313x.2000.00712.x DO - 10.1046/j.1365-313x.2000.00712.x ID - Bao2000 ER - TY - JOUR AU - Behal, R. H. AU - Lin, M. AU - Back, S. AU - Oliver, D. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Role of acetyl-coenzyme A synthetase in leaves of Arabidopsis thaliana JO - Arch Biochem Biophys VL - 402 UR - https://doi.org/10.1016/S0003-9861(02)00086-3 DO - 10.1016/S0003-9861(02)00086-3 ID - Behal2002 ER - TY - JOUR AU - Schuster, J. AU - Binder, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - The mitochondrial branched-chain aminotransferase (AtBCAT-1) is capable to initiate degradation of leucine, isoleucine and valine in almost all tissues in Arabidopsis thaliana JO - Plant Mol Biol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1007/s11103-004-7533-1 DO - 10.1007/s11103-004-7533-1 ID - Schuster2005 ER - TY - JOUR AU - Mou, Z. AU - He, Y. AU - Dai, Y. AU - Liu, X. AU - Li, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Deficiency in fatty acid synthase leads to premature cell death and dramatic alterations in plant morphology JO - Plant Cell VL - 12 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.12.3.405 DO - 10.1105/tpc.12.3.405 ID - Mou2000 ER - TY - JOUR AU - Lu, Y. AU - Sharkey, T. D. PY - 2004 DA - 2004// TI - The role of amylomaltase in maltose metabolism in the cytosol of photosynthetic cells. JO - Planta VL - 218 UR - https://doi.org/10.1007/s00425-003-1127-z DO - 10.1007/s00425-003-1127-z ID - Lu2004 ER - TY - STD TI - TAIR. [http://www.arabidopsis.org/] UR - http://www.arabidopsis.org/ ID - ref62 ER - TY - JOUR AU - Blanc, G. AU - Wolfe, K. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Widespread paleopolyploidy in model plant species inferred from age distributions of duplicate genes JO - Plant Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.021345 DO - 10.1105/tpc.021345 ID - Blanc2004 ER - TY - JOUR AU - Adams, K. L. AU - Wendel, J. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Polyploidy and genome evolution in plants JO - Curr Opin Plant Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2005.01.001 DO - 10.1016/j.pbi.2005.01.001 ID - Adams2005 ER - TY - JOUR AU - Plaxton, W. C. AU - Smith, C. R. AU - Knowles, V. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Molecular and regulatory properties of leucoplast pyruvate kinase from Brassica napus(rapeseed) suspension cells JO - Arch Biochem Biophys VL - 400 UR - https://doi.org/10.1006/abbi.2002.2782 DO - 10.1006/abbi.2002.2782 ID - Plaxton2002 ER - TY - JOUR AU - Nakhamchik, A. AU - Zhao, Z. AU - Provart, N. J. AU - Shiu, S. H. AU - Keatley, S. K. AU - Cameron, R. K. AU - Goring, D. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - A comprehensive expression analysis of the Arabidopsis proline-rich extensin-like receptor kinase gene family using bioinformatic and experimental approaches JO - Plant Cell Physiol VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pch206 DO - 10.1093/pcp/pch206 ID - Nakhamchik2004 ER - TY - JOUR AU - Symons, M. AU - Takai, Y. PY - 2001 DA - 2001// TI - Ras GTPases: singing in tune JO - Sci STKE VL - 2001 ID - Symons2001 ER - TY - JOUR AU - Vernoud, V. AU - Horton, A. C. AU - Yang, Z. AU - Nielsen, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - A Rho family GTPase controls actin dynamics and tip growth via two counteracting downstream pathways in pollen tubes. JO - J Cell Biol VL - 169 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.200409140 DO - 10.1083/jcb.200409140 ID - Vernoud2005 ER - TY - JOUR AU - Nakamura, T. AU - Schuster, G. AU - Sugiura, M. AU - Sugita, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Chloroplast RNA-binding and pentatricopeptide repeat proteins JO - Biochem Soc Trans VL - 32 UR - https://doi.org/10.1042/BST0320571 DO - 10.1042/BST0320571 ID - Nakamura2004 ER - TY - JOUR AU - Ma, H. W. AU - Buer, J. AU - Zeng, A. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Hierarchical structure and modules in the Escherichia colitranscriptional regulatory network revealed by a new top-down approach JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-199 DO - 10.1186/1471-2105-5-199 ID - Ma2004 ER - TY - CHAP AU - Cosentino Lagomarsino, M. AU - Jona, P. AU - Bassetti, B. AU - Isambert, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Hierarchy and feedback in the evolution of the Escherichia coli transcription network BT - Proc Natl Acad Sci U S A ID - Cosentino Lagomarsino2007 ER - TY - JOUR AU - Sales-Pardo, M. AU - Guimerà, R. AU - Moreira, A. A. AU - Amaral, L. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Extracting the hierarchical organization of complex systems JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0703740104 DO - 10.1073/pnas.0703740104 ID - Sales-Pardo2007 ER - TY - JOUR AU - Oltvai, Z. N. AU - Barabási, A. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Life's complexity pyramid JO - Science VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1078563 DO - 10.1126/science.1078563 ID - Oltvai2002 ER - TY - JOUR AU - Ravasz, E. AU - Somera, A. L. AU - Mongru, D. A. AU - Oltvai, Z. N. AU - Barabási, A. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Hierarchical organization of modularity in metabolic networks JO - Science VL - 297 UR - https://doi.org/10.1126/science.1073374 DO - 10.1126/science.1073374 ID - Ravasz2002 ER - TY - JOUR AU - Clauset, A. AU - Moore, C. AU - Newman, M. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Hierarchical structure and the prediction of missing links in networks JO - Nature VL - 453 UR - https://doi.org/10.1038/nature06830 DO - 10.1038/nature06830 ID - Clauset2008 ER - TY - JOUR AU - Contento, A. L. AU - Kim, S. J. AU - Bassham, D. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Transcriptome profiling of the response of Arabidopsis suspension culture cells to Suc starvation JO - Plant Physiol VL - 135 UR - https://doi.org/10.1104/pp.104.044362 DO - 10.1104/pp.104.044362 ID - Contento2004 ER - TY - JOUR AU - Yang, Y. H. AU - Dudoit, S. AU - Luu, P. AU - Lin, D. M. AU - Peng, V. AU - Ngai, J. AU - Speed, T. P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Normalization for cDNA microarray data: a robust composite method addressing single and multiple slide systematic variation JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.4.e15 DO - 10.1093/nar/30.4.e15 ID - Yang2002 ER - TY - STD TI - TAIR ftp. [ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Microarrays/] UR - ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Microarrays/ ID - ref78 ER - TY - JOUR AU - Rhee, S. Y. AU - Beavis, W. AU - Berardini, T. Z. AU - Chen, G. AU - Dixon, D. AU - Doyle, A. AU - Garcia-Hernandez, M. AU - Huala, E. AU - Lander, G. AU - Montoya, M. AU - Miller, N. AU - Mueller, L. A. AU - Mundodi, S. AU - Reiser, L. AU - Tacklind, J. AU - Weems, D. C. AU - Wu, Y. AU - Xu, I. AU - Yoo, D. AU - Yoon, J. AU - Zhang, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - The Arabidopsis Information Resource (TAIR): a model organism database providing a centralized, curated gateway to Arabidopsis biology, research materials and community JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg076 DO - 10.1093/nar/gkg076 ID - Rhee2003 ER - TY - JOUR AU - Beisson, F. AU - Koo, A. J. AU - Ruuska, S. AU - Schwender, J. AU - Pollard, M. AU - Thelen, J. J. AU - Paddock, T. AU - Salas, J. J. AU - Savage, L. AU - Milcamps, A. AU - Mhaske, V. B. AU - Cho, Y. AU - Ohlrogge, J. B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Arabidopsis thalianagenes involved in acyl lipid metabolism. A 2003 census of the candidates, a study of the distribution of expressed sequence tags in organs, and a web-based database. JO - Plant Physiol VL - 132 UR - https://doi.org/10.1104/pp.103.022988 DO - 10.1104/pp.103.022988 ID - Beisson2003 ER - TY - STD TI - Arabidopsis Lipid Gene Database. [http://lipids.plantbiology.msu.edu/] UR - http://lipids.plantbiology.msu.edu/ ID - ref81 ER - TY - STD TI - Arabidopsis Starch Metabolism Network. [http://www.starchmetnet.org/] UR - http://www.starchmetnet.org/ ID - ref82 ER - TY - JOUR AU - Diebold, R. AU - Schuster, J. AU - Daschner, K. AU - Binder, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - The branched-chain amino acid transaminase gene family in Arabidopsis encodes plastid and mitochondrial proteins JO - Plant Physiol VL - 129 UR - https://doi.org/10.1104/pp.001602 DO - 10.1104/pp.001602 ID - Diebold2002 ER - TY - JOUR AU - Taylor, N. L. AU - Heazlewood, J. L. AU - Day, D. A. AU - Millar, A. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Lipoic acid-dependent oxidative catabolism of alpha-keto acids in mitochondria provides evidence for branched-chain amino acid catabolism in Arabidopsis JO - Plant Physiol VL - 134 UR - https://doi.org/10.1104/pp.103.035675 DO - 10.1104/pp.103.035675 ID - Taylor2004 ER - TY - JOUR AU - Bonferroni, C. E. PY - 1936 DA - 1936// TI - Teoria statistica delle classi e calcolo delle probabilita JO - Pubblicazioni del R Istituto Superiore di Scienze Economiche e Commerciali di Firenze VL - 8 ID - Bonferroni1936 ER - TY - STD TI - MetNet Exchange. [http://metnet.vrac.iastate.edu/] UR - http://metnet.vrac.iastate.edu/ ID - ref86 ER - TY - JOUR AU - Wurtele, E. S. AU - Li, J. AU - Diao, L. AU - Zhang, H. AU - Foster, C. M. AU - Fatland, B. AU - Dickerson, J. AU - Brown, A. AU - Cox, Z. AU - Cook, D. AU - Lee, E. K. AU - Hofmann, H. PY - 2003 DA - 2003// TI - MetNet: software to build and model the biogenetic lattice of Arabidopsis JO - Comp Funct Genomics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1002/cfg.285 DO - 10.1002/cfg.285 ID - Wurtele2003 ER - TY - STD TI - INRA-Versailles. [http://dbsgap.versailles.inra.fr/publiclines/informations.php] UR - http://dbsgap.versailles.inra.fr/publiclines/informations.php ID - ref88 ER - TY - JOUR AU - Samson, F. AU - Brunaud, V. AU - Balzergue, S. AU - Dubreucq, B. AU - Lepiniec, L. AU - Pelletier, G. AU - Caboche, M. AU - Lecharny, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - FLAGdb/FST: a database of mapped flanking insertion sites (FSTs) of Arabidopsis thalianaT-DNA transformants JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.94 DO - 10.1093/nar/30.1.94 ID - Samson2002 ER - TY - STD TI - GABI-KAT. [http://www.gabi-kat.de] UR - http://www.gabi-kat.de ID - ref90 ER - TY - JOUR AU - Rosso, M. G. AU - Li, Y. AU - Strizhov, N. AU - Reiss, B. AU - Dekker, K. AU - Weisshaar, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - An Arabidopsis thalianaT-DNA mutagenized population (GABI-Kat) for flanking sequence tag-based reverse genetics JO - Plant Mol Biol VL - 53 UR - https://doi.org/10.1023/B:PLAN.0000009297.37235.4a DO - 10.1023/B:PLAN.0000009297.37235.4a ID - Rosso2003 ER - TY - STD TI - SALK. [http://signal.salk.edu/tabout.html] UR - http://signal.salk.edu/tabout.html ID - ref92 ER - TY - JOUR AU - Alonso, J. M. AU - Stepanova, A. N. AU - Leisse, T. J. AU - Kim, C. J. AU - Chen, H. AU - Shinn, P. AU - Stevenson, D. K. AU - Zimmerman, J. AU - Barajas, P. AU - Cheuk, R. AU - Gadrinab, C. AU - Heller, C. AU - Jeske, A. AU - Koesema, E. AU - Meyers, C. C. AU - Parker, H. AU - Prednis, L. AU - Ansari, Y. AU - Choy, N. AU - Deen, H. AU - Geralt, M. AU - Hazari, N. AU - Hom, E. AU - Karnes, M. AU - Mulholland, C. AU - Ndubaku, R. AU - Schmidt, I. AU - Guzman, P. AU - Aguilar-Henonin, L. AU - Schmid, M. AU - Weigel, D. AU - Carter, D. E. AU - Marchand, T. AU - Risseeuw, E. AU - Brogden, D. AU - Zeko, A. AU - Crosby, W. L. AU - Berry, C. C. AU - Ecker, J. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genome-wide insertional mutagenesis of Arabidopsis thaliana JO - Science VL - 301 UR - https://doi.org/10.1126/science.1086391 DO - 10.1126/science.1086391 ID - Alonso2003 ER - TY - CHAP PY - 2004 DA - 2004// BT - R Foundation for Statistical Computing. PB - Vienna CY - Austria ID - ref94 ER - TY - STD TI - GraphExplore. [http://graphexplore.cgt.duke.edu] UR - http://graphexplore.cgt.duke.edu ID - ref95 ER -