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Table 4 (A) Intergenic distance between shared, intact coding sequence and (B) Shared pseudogene sequence relative to Nicotiana

From: Complete plastid genome sequences suggest strong selection for retention of photosynthetic genes in the parasitic plant genus Cuscuta

A

          

Region (flanking genes)

 

Epifagus

 

C. obtusiflra

 

C. exaltata

 

Ipomoea

 

Nicotiana

rpl20-rps12

 

745

 

720

 

799

 

814

 

811

trnN-ycf1

 

323

 

113

 

537

 

402

 

328

rrn4.5-rrn5

 

233

 

83

 

218

 

241

 

256

trnW-trnP

 

225

 

153

 

74

 

169

 

164

rps18-rpl20

 

213

 

102

 

244

 

257

 

205

rrn23-rrn4.5

 

188

 

80

 

100

 

101

 

101

trnS-rps4

 

182

 

119

 

310

 

313

 

333

rpl16-rps3

 

162

 

79

 

159

 

166

 

146

trnD-trnY

 

151

 

54

 

106

 

106

 

108

rps12-clpP

 

138

 

81

 

187

 

187

 

141

trnfM-rps14

 

133

 

126

 

152

 

144

 

152

rpl33-rps18

 

115

 

124

 

185

 

193

 

189

rps11-rpl36

 

108

 

103

 

100

 

94

 

104

trnY-trnE

 

80

 

68

 

70

 

55

 

59

rps19-rpl2

 

62

 

96

 

64

 

51

 

63

rps7-rps12

 

47

 

48

 

53

 

53

 

53

trnQ-psbK

   

350

 

360

 

370

 

347

trnR-atpA

   

101

 

87

 

108

 

126

atpA-atpF

   

66

 

61

 

59

 

54

atpF-atpH

   

202

 

294

 

353

 

401

atpH-atpI

   

289

 

744

 

1113

 

1160

atpI-rps2

   

79

 

412

 

239

 

229

trnC-petN

   

347

 

709

 

928

 

670

petN-psbM

   

353

 

497

 

1197

 

1138

psbM-trnD

   

94

 

459

 

660

 

1072

trnE-trnT

   

200

 

585

 

747

 

848

trnT-psbD

   

636

 

868

 

1322

 

1218

psbC-trnS

   

107

 

283

 

250

 

242

trnS-psbZ

   

133

 

262

 

351

 

362

psbZ-trnG

   

168

 

285

 

278

 

278

trnG-trnfM

   

89

 

100

 

270

 

227

rps14-psaB

   

98

 

100

 

128

 

125

psaB-psaA

   

19

 

28

 

28

 

28

psaA-ycf3

   

349

 

724

 

790

 

752

ycf3-trnS

   

166

 

576

 

829

 

1716

rps4-trnT

   

240

 

425

 

457

 

371

trnT-trnL

   

370

 

660

 

875

 

710

trnL-trnF

   

113

 

357

 

371

 

356

trnM-atpE

   

172

 

209

 

211

 

224

atpB-rbcL

   

401

 

799

 

414

 

817

rbcL-accD

   

1053

 

584

 

899

 

767

ycf4-cemA

   

296

 

517

 

616

 

222

cemA-petA

   

170

 

318

 

220

 

230

petA-psbJ

   

458

 

642

 

909

 

1071

psbJ-psbL

   

115

 

167

 

137

 

127

psbL-psbF

   

40

 

25

 

25

 

25

petL-petG

   

171

 

257

 

230

 

184

petG-trnW

   

50

 

124

 

131

 

134

trnP-psaJ

   

125

 

392

 

543

 

438

psaJ-rpl33

   

114

 

356

 

460

 

434

clpP-psbB

   

253

 

565

 

511

 

445

psbB-psbT

   

110

 

163

 

203

 

203

psbT-psbN

   

60

 

62

 

71

 

82

psbN-psbH

   

122

 

110

 

116

 

111

psbH-petB

   

120

 

130

 

133

 

129

petB-petD

   

132

 

195

 

209

 

190

rpl36-rps8

   

206

 

542

 

490

 

439

rps8-rpl14

   

178

 

170

 

278

 

171

rpl14-rpl16

   

107

 

145

 

105

 

124

rpl22-rps19

   

90

 

62

 

68

 

56

trnV-rrn16

   

116

 

220

 

221

 

227

trnL-ccsA

   

119

 

158

 

124

 

103

rps15-ycf1

   

218

 

207

 

369

 

400

# bp

   

11714

 

19353

 

22762

 

22996

% change

   

-49.06%

 

-15.84%

 

-1.02%

  

Only those shared w/E. v.

 

3105

 

2149

 

3358

 

3346

 

3213

% change

 

-3.36%

 

-33.12%

 

4.51%

 

4.14%

  

B

          
  

Epifagus

% change

 

C. obtusiflra

% change

 

Nicotiana

  

rrn16-rrn23

 

2009

-3.32%

 

341

-83.59%

 

2078

  

rps7-trnL

 

1322

-56.37%

 

307

-89.87%

 

3030

  

trnI-rpl2

 

471

1.29%

 

168

-63.87%

 

465

  
  

3802

-31.78%

 

816

-85.36%

 

5573

  
  1. Pseudogene sequence is defined as intergenic spacer regions between conserved genes that once contained one or more genes no longer present in functional form in either species.