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Table 4 (A) Intergenic distance between shared, intact coding sequence and (B) Shared pseudogene sequence relative to Nicotiana

From: Complete plastid genome sequences suggest strong selection for retention of photosynthetic genes in the parasitic plant genus Cuscuta

A           
Region (flanking genes)   Epifagus   C. obtusiflra   C. exaltata   Ipomoea   Nicotiana
rpl20-rps12   745   720   799   814   811
trnN-ycf1   323   113   537   402   328
rrn4.5-rrn5   233   83   218   241   256
trnW-trnP   225   153   74   169   164
rps18-rpl20   213   102   244   257   205
rrn23-rrn4.5   188   80   100   101   101
trnS-rps4   182   119   310   313   333
rpl16-rps3   162   79   159   166   146
trnD-trnY   151   54   106   106   108
rps12-clpP   138   81   187   187   141
trnfM-rps14   133   126   152   144   152
rpl33-rps18   115   124   185   193   189
rps11-rpl36   108   103   100   94   104
trnY-trnE   80   68   70   55   59
rps19-rpl2   62   96   64   51   63
rps7-rps12   47   48   53   53   53
trnQ-psbK     350   360   370   347
trnR-atpA     101   87   108   126
atpA-atpF     66   61   59   54
atpF-atpH     202   294   353   401
atpH-atpI     289   744   1113   1160
atpI-rps2     79   412   239   229
trnC-petN     347   709   928   670
petN-psbM     353   497   1197   1138
psbM-trnD     94   459   660   1072
trnE-trnT     200   585   747   848
trnT-psbD     636   868   1322   1218
psbC-trnS     107   283   250   242
trnS-psbZ     133   262   351   362
psbZ-trnG     168   285   278   278
trnG-trnfM     89   100   270   227
rps14-psaB     98   100   128   125
psaB-psaA     19   28   28   28
psaA-ycf3     349   724   790   752
ycf3-trnS     166   576   829   1716
rps4-trnT     240   425   457   371
trnT-trnL     370   660   875   710
trnL-trnF     113   357   371   356
trnM-atpE     172   209   211   224
atpB-rbcL     401   799   414   817
rbcL-accD     1053   584   899   767
ycf4-cemA     296   517   616   222
cemA-petA     170   318   220   230
petA-psbJ     458   642   909   1071
psbJ-psbL     115   167   137   127
psbL-psbF     40   25   25   25
petL-petG     171   257   230   184
petG-trnW     50   124   131   134
trnP-psaJ     125   392   543   438
psaJ-rpl33     114   356   460   434
clpP-psbB     253   565   511   445
psbB-psbT     110   163   203   203
psbT-psbN     60   62   71   82
psbN-psbH     122   110   116   111
psbH-petB     120   130   133   129
petB-petD     132   195   209   190
rpl36-rps8     206   542   490   439
rps8-rpl14     178   170   278   171
rpl14-rpl16     107   145   105   124
rpl22-rps19     90   62   68   56
trnV-rrn16     116   220   221   227
trnL-ccsA     119   158   124   103
rps15-ycf1     218   207   369   400
# bp     11714   19353   22762   22996
% change     -49.06%   -15.84%   -1.02%   
Only those shared w/E. v.   3105   2149   3358   3346   3213
% change   -3.36%   -33.12%   4.51%   4.14%   
B           
   Epifagus % change   C. obtusiflra % change   Nicotiana   
rrn16-rrn23   2009 -3.32%   341 -83.59%   2078   
rps7-trnL   1322 -56.37%   307 -89.87%   3030   
trnI-rpl2   471 1.29%   168 -63.87%   465   
   3802 -31.78%   816 -85.36%   5573   
  1. Pseudogene sequence is defined as intergenic spacer regions between conserved genes that once contained one or more genes no longer present in functional form in either species.