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Table 3 Characteristics of pigeonpea EST-SSR markers

From: The first set of EST resource for gene discovery and marker development in pigeonpea (Cajanus cajanL.)

Primer ID SSR motif Tm (°C) Product size (bp) No. of alleles PIC value
ICPeM0001 (A)56ttg(A)30 60 240 1 0.00
ICPeM0003 (A)23n(A)11n(C)12 60 150 7 0.79
ICPeM0005 (A)99n(C)11 60 280 5 0.35
ICPeM0006 (T)37gg(T)56 60 246 1 0.00
ICPeM0009 (A)85g(A)27 60 208 1 0.00
ICPeM0010 (T)11n(T)20 60 266 1 0.00
ICPeM0011 (A)58gggg(A)24 60 280 1 0.00
ICPeM0013 (A)87g(A)29n(C)11 62 150 4 0.66
ICPeM0017 (AG)8n(AT)8 59 240 1 0.00
ICPeM0018 (A)10taca(T)12 59 90 1 0.00
ICPeM0019 (TTA)7n(T)12 60 236 1 0.00
ICPeM0023 (A)128n(C)11n(C)11 60 279 1 0.00
ICPeM0024 (A)11cccg(A)10 60 279 1 0.00
ICPeM0025 (A)10n(C)11n(C)11n(C)12 61 223 1 0.00
ICPeM0028 (A)58cc(A)27 61 239 1 0.00
ICPeM0029 (A)57t(A)30 60 184 1 0.00
ICPeM0030 (A)52tt(A)28 61 252 1 0.00
ICPeM0031 (A)13gn(A)67n(A)19 60 279 1 0.00
ICPeM0033 (A)12tt(A)12n(A)13 60 350 7 0.31
ICPeM0034 (A)13n(AT)9 60 236 1 0.00
ICPeM0035 (T)21n(A)11 60 218 1 0.00
ICPeM0038 (C)15acctcactaaccaaact(C)10 60 266 1 0.00
ICPeM0039 (G)10n(T)94 59 262 1 0.00
ICPeM0041 (T)12n(A)10 60 310 4 0.48
ICPeM0047 (T)18c(T)27 60 213 1 0.00
ICPeM0050 (A)112n(C)13n(C)11 63 264 1 0.00
ICPeM0052 (C)12tccctcctctcgccca(C)12 60 233 1 0.00
ICPeM0053 (C)24t(C)26 60 136 1 0.00
ICPeM0054 (G)10agccc(G)10 60 <90 1 0.00
ICPeM0060 (T)13c(T)10 60 150 1 0.00
ICPeM0061 (T)19n(A)28 59 243 1 0.00
ICPeM0064 (ATT)7(T)10 59 300 3 0.49
ICPeM0065 (A)10(AT)9 60 90 1 0.00
ICPeM0066 (AT)9 60 310 3 0.34
ICPeM0067 (TA)11 60 200 3 0.29
ICPeM0068 (GT)11 60 260 4 0.26
ICPeM0069 (AT)8 60 <90 1 0.00
ICPeM0070 (AT)8 61 310 1 0.00
ICPeM0071 (GA)9 61 190 5 0.64
ICPeM0072 (AT)8 60 <90 1 0.00
ICPeM0073 (AG)9 60 <90 1 0.00
ICPeM0074 (AGA)6 60 300 1 0.00
ICPeM0075 (ACA)6 60 300 2 0.38
ICPeM0076 (CTT)6 60 200 1 0.00
ICPeM0077 (AAT)7 60 310 1 0.00
ICPeM0078 (GCC)6 60 320 3 0.24
ICPeM0079 (ATT)6 60 250 4 0.40
ICPeM0080 (TGGAC)5 60 200 1 0.00
ICPeM0081 (TAAT)5 60 300 1 0.00
ICPeM0082 (AT)9 60 200 3 0.27
ICPeM0083 (AG)9 60 190 1 0.00
ICPeM0084 (TATG)6 60 240 3 0.59