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Table 2 Conserved amino acid residues and the prediction of transmembrane domains and subcellular localization

From: Identification of the family of aquaporin genes and their expression in upland cotton (Gossypium hirsutumL.)

Name

Ar/R selectivity filter

NPAa(LB/LE)

Froger's Position (P1 - P5)

TMHb

Subcellular localization

 

H2

H5

LE1

LE2

 

P1

P2

P3

P4

P5

  

PIP1;1

F

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

F

W

6

PMc

PIP1;2

F

H

T

R

NPA/NPA

Q

S

A

F

W

6

PMc

PIP1;3

F

H

T

R

NPA/NPA

E

S

A

F

W

6

PMc

PIP1;4

F

H

T

R

NPA/NPA

E

S

A

F

W

6

PMc

PIP1;5

F

H

T

R

NPA/NPA

Q

S

A

F

W

5

PMc

PIP1;6

F

H

T

R

NPA/NPA

Q

S

A

F

W

5

PMc

PIP1;7

F

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

F

W

5

PMc

PIP1;8

F

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

-

-

5

PMc

PIP1;9

F

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

-

-

5

PMc

PIP1;10†

-

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

F

-

-

-

PIP1;11

F

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

F

W

6

PMc

PIP1;12†

F

H

T

R

NPA/NPA

E

S

A

F

W

5

PMc

PIP1;13†

F

H

T

R

NPA/NPA

E

S

A

F

W

5

PMc

PIP1;14

F

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

F

W

6

PMc

PIP1;15

F

H

T

R

NPA/NPA

E

S

A

F

W

6

PMc

PIP2;1

F

H

T

R

NPA/NPA

Q

S

A

F

W

6

PMc

PIP2;2

F

H

T

R

NPA/NPA

Q

S

A

F

W

6

PMc

PIP2;3

F

H

T

R

NPA/NPA

Q

S

A

F

W

6

PMc

PIP2;4

F

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

F

W

6

PMc

PIP2;5

F

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

F

W

6

PMc

PIP2;6

F

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

F

W

6

PMc

PIP2;7

F

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

F

W

6

PMc

PIP2;8

V

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

F

W

6

PMc

PIP2;9

F

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

F

W

6

PMc

PIP2;10

F

H

T

R

NPA/NPA

Q

S

A

  

5

PMc

PIP2;11

F

H

T

R

NPA/NPA

Q

S

A

F

W

6

PMc

PIP2;12

F

H

T

R

NPA/NPA

M

S

A

F

W

6

PMc

PIP2;13

F

H

T

R

NPA/NPA

Q

S

A

F

W

6

PMc

TIP1;1

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

6

Vc

TIP1;2

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

6

Vc

TIP1;3

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

6

Vc

TIP1;4

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

6

 

TIP1;5

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

7

Vc

TIP1;6†

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

6

-

TIP1;7

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

6

 

TIP1;8

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

7

Vc

TIP1;9†

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

-

-

-

-

TIP1;10†

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

-

-

-

-

TIP1;11†

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

-

-

-

-

TIP1;12†

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

-

-

-

-

TIP1;13†

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

-

-

-

-

TIP1;14

H

I

A

V

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

7

Vc

TIP2;1

H

I

G

R

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

7

PM/Vc

TIP2;2

H

I

G

R

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

6

Vc

TIP2;3†

H

I

G

R

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

7

-

TIP2;4

-

I

G

R

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

-

Vc

TIP2;5†

-

I

G

R

-/-

T

S

A

Y

W

 

-

TIP2;6

H

I

G

R

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

6

Vc

TIP2;7

H

I

G

R

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

6

Vc

TIP4;1

H

I

A

R

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

6

PMc

TIP4;2

H

I

A

R

NPA/NPA

T

S

A

Y

W

6

PMc

NIP1;1

W

V

A

R

NPA/NPA

F

S

A

Y

L

6

PMc

NIP1;2†

W

V

A

-

NPA/NPA

F

-

-

-

-

-

-

NIP1;3†

W

V

A

R

NPA/NPA

F

S

-

-

-

-

-

NIP2;1

G

S

G

R

NPA/NPA

L

S

A

Y

V

5

PMc

NIP5;1†

A

I

G

R

NPS/NPV

F

T

A

Y

L

-

-

NIP5;2†

A

I

G

R

NPS/NPV

F

T

A

Y

L

-

-

NIP6;1†

T

I

A

R

NPA/NPV

F

T

A

Y

F

6

-

NIP6;2†

T

I

A

R

NPA/NPV

F

T

A

Y

F

6

-

NIP6;3†

T

-

-

-

NPT/-

-

-

-

-

-

-

-

NIP6;4†

T

-

-

-

NPT/-

-

-

-

-

-

-

-

NIP6;5†

T

-

-

-

NPA/-

F

-

-

-

-

-

-

NIP6;6†

T

I

A

-

NPA/NPV

F

-

-

-

-

-

-

SIP1;1

F

I

P

F

DPA/NPA

I

A

A

Y

W

5

PM/Gc,ERe, Sd

SIP1;2

I

T

P

N

NPT/NPA

M

A

A

Y

W

5

ERe, Sd

SIP1;3

V

T

P

N

NPT/NPA

L

A

A

Y

W

5

ERe

SIP1;4

V

T

A

S

NPA/NPA

I

A

A

Y

W

3

Vc, ERe

SIP1;5†

V

T

P

N

NPT/NPA

L

A

A

-

-

-

-

SIP1;6†

V

T

P

N

NPT/NPA

L

A

A

-

-

-

-

SIP1;7†

V

T

A

R

NPA/NPA

I

A

A

-

-

-

-

XIP1;1

I

T

V

R

NPV/NPA

V

C

A

F

W

7

PM/Vc

  1. †: Partial sequence.
  2. a: Bold italic letters denote unusual amino acids in NPA motifs.
  3. b: Number of transmembrane helices (TMH) predicted by TMHMM analysis tool [64].
  4. c: PSORT (PM, plasma membrane; C, cytoplasm; V, vacuole; G, golgi) [65].
  5. d:TargetP (S, secretion)[66].
  6. e: Prodotar (E, endoplasmic reticulum) http://urgi.versailles.inra.fr/predotar/predotar.html.
  7. -: Not determined due to limited sequence information.