TY - JOUR AU - Gale, M. D. AU - Devos, K. M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Comparative genetics in the grasses JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.5.1971 DO - 10.1073/pnas.95.5.1971 ID - Gale1998 ER - TY - JOUR AU - Gaut, B. S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Evolutionary dynamics of grass genomes JO - New Phytologist VL - 154 UR - https://doi.org/10.1046/j.1469-8137.2002.00352.x DO - 10.1046/j.1469-8137.2002.00352.x ID - Gaut2001 ER - TY - JOUR AU - Bennetzen, J. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Patterns in grass genome evolution JO - Curr Opin in Plant Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2007.01.010 DO - 10.1016/j.pbi.2007.01.010 ID - Bennetzen2007 ER - TY - JOUR AU - Buell, C. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Poaceae genomes: Going from unattainable to becoming a model clade for comparative plant genomics JO - Plant Physiol VL - 149 UR - https://doi.org/10.1104/pp.108.128926 DO - 10.1104/pp.108.128926 ID - Buell2009 ER - TY - JOUR AU - Messing, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Synergy of two reference genomes for the grass family JO - Plant Physiol VL - 149 UR - https://doi.org/10.1104/pp.108.128520 DO - 10.1104/pp.108.128520 ID - Messing2009 ER - TY - JOUR AU - Paterson, A. H. AU - Bowers, J. E. AU - Feltus, F. A. AU - Tang, H. AU - Lin, L. AU - Wang, X. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comparative genomics of grasses promises a bountiful harvest JO - Plant Physiol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1104/pp.108.129262 DO - 10.1104/pp.108.129262 ID - Paterson2009 ER - TY - JOUR AU - Das, M. AU - Bhattacharya, S. AU - Singh, P. AU - Filgueiras, T. AU - Pal, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Bamboo taxonomy and diversity in the era of molecular markers JO - Adv Bot Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1016/S0065-2296(08)00005-0 DO - 10.1016/S0065-2296(08)00005-0 ID - Das2008 ER - TY - JOUR AU - Barker, N. P. AU - Clark, L. G. AU - Davis, J. I. AU - Duvall, M. R. AU - Guala, G. F. AU - Hsiao, C. AU - Kellogg, E. A. AU - Linder, P. H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Phylogeny and subfamilial classification of the grasses (Poaceae) JO - Ann Missouri Bot Garden VL - 88 UR - https://doi.org/10.2307/3298585 DO - 10.2307/3298585 ID - Barker2001 ER - TY - CHAP AU - Jiang, Z. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Bamboo and rattan in the world BT - LiaoNing Science and Technology Published House ID - Jiang2002 ER - TY - JOUR AU - Umezawa, T. AU - Sakurai, T. AU - Totoki, Y. AU - Toyoda, A. AU - Seki, M. AU - Ishiwata, A. AU - Akiyama, K. AU - Kurotani, A. AU - Yoshida, T. AU - Mochida, K. AU - Kasuga, M. AU - Todaka, D. AU - Maruyama, K. AU - Nakashima, K. AU - Enju, A. AU - Mizukado, S. AU - Ahmed, S. AU - Yoshiwara, K. AU - Harada, K. AU - Tsubokura, Y. AU - Hayashi, M. AU - Sato, S. AU - Anai, T. AU - Ishimoto, M. AU - Funatsuki, H. AU - Teraishi, M. AU - Osaki, M. AU - Shinano, T. AU - Akashi, R. AU - Sakaki, Y. AU - Yamaguchi-Shinozaki, K. AU - Shinozaki, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Sequencing and analysis of approximately 40,000 soybean cDNA clones from a full-length-enriched cDNA library JO - DNA Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dsn024 DO - 10.1093/dnares/dsn024 ID - Umezawa2008 ER - TY - JOUR AU - Ralph, S. G. AU - Chun, H. J. AU - Cooper, D. AU - Kirkpatrick, R. AU - Kolosova, N. AU - Gunter, L. AU - Tuskan, G. A. AU - Douglas, C. J. AU - Holt, R. A. AU - Jones, S. J. AU - Marra, M. A. AU - Bohlmann, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Analysis of 4,664 high-quality sequence-finished poplar full-length cDNA clones and their utility for the discovery of genes responding to insect feeding JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-57 DO - 10.1186/1471-2164-9-57 ID - Ralph2008 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Liu, X. S. AU - Liu, Q. R. AU - Wei, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide in silico identification and analysis of cis natural antisense transcripts (cis-NATs) in ten species JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl473 DO - 10.1093/nar/gkl473 ID - Zhang2006 ER - TY - JOUR AU - Chen, J. AU - Sun, M. AU - Kent, W. J. AU - Huang, X. AU - Xie, H. AU - Wang, W. AU - Zhou, G. AU - Shi, R. Z. AU - Rowley, J. D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Over 20% of human transcripts might form sense-antisense pairs JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh818 DO - 10.1093/nar/gkh818 ID - Chen2004 ER - TY - JOUR AU - Elrouby, N. AU - Bureau, T. E. PY - 2001 DA - 2001// TI - A novel hybrid open reading frame formed by multiple cellular gene transductions by a plant long terminal repeat retroelement JO - J Biol Chem VL - 276 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M105850200 DO - 10.1074/jbc.M105850200 ID - Elrouby2001 ER - TY - JOUR AU - Yu, J. AU - Hu, S. AU - Wang, J. AU - Wong, G. K. AU - Li, S. AU - Liu, B. AU - Deng, Y. AU - Dai, L. AU - Zhou, Y. AU - Zhang, X. AU - Cao, M. AU - Liu, J. AU - Sun, J. AU - Tang, J. AU - Chen, Y. AU - Huang, X. AU - Lin, W. AU - Ye, C. AU - Tong, W. AU - Cong, L. AU - Geng, J. AU - Han, Y. AU - Li, L. AU - Li, W. AU - Hu, G. AU - Huang, X. AU - Li, W. AU - Li, J. AU - Liu, Z. AU - Li, L. AU - Liu, J. AU - Qi, Q. AU - Liu, J. AU - Li, L. AU - Li, T. AU - Wang, X. AU - Lu, H. AU - Wu, T. AU - Zhu, M. AU - Ni, P. AU - Han, H. AU - Dong, W. AU - Ren, X. AU - Feng, X. AU - Cui, P. AU - Li, X. AU - Wang, H. AU - Xu, X. AU - Zhai, W. AU - Xu, Z. AU - Zhang, J. AU - He, S. AU - Zhang, J. AU - Xu, J. AU - Zhang, K. AU - Zheng, X. AU - Dong, J. AU - Zeng, W. AU - Tao, L. AU - Ye, J. AU - Tan, J. AU - Ren, X. AU - Chen, X. AU - He, J. AU - Liu, D. AU - Tian, W. AU - Tian, C. AU - Xia, H. AU - Bao, Q. AU - Li, G. AU - Gao, H. AU - Cao, T. AU - Wang, J. AU - Zhao, W. AU - Li, P. AU - Chen, W. AU - Wang, X. AU - Zhang, Y. AU - Hu, J. AU - Wang, J. AU - Liu, S. AU - Yang, J. AU - Zhang, G. AU - Xiong, Y. AU - Li, Z. AU - Mao, L. AU - Zhou, C. AU - Zhu, Z. AU - Chen, R. AU - Hao, B. AU - Zheng, W. AU - Chen, S. AU - Guo, W. AU - Li, G. AU - Liu, S. AU - Tao, M. AU - Wang, J. AU - Zhu, L. AU - Yuan, L. AU - Yang, H. PY - 2002 DA - 2002// TI - A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. indica) JO - Science VL - 296 UR - https://doi.org/10.1126/science.1068037 DO - 10.1126/science.1068037 ID - Yu2002 ER - TY - JOUR AU - Gaut, B. S. AU - Morton, B. R. AU - McCaig, B. C. AU - Clegg, M. T. PY - 1996 DA - 1996// TI - Substitution rate comparisons between grasses and palms: synonymous rate differences at the nuclear gene Adh parallel rate differences at the plastid gene rbcL JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 19 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.93.19.10274 DO - 10.1073/pnas.93.19.10274 ID - Gaut1996 ER - TY - JOUR AU - Seki, M. AU - Narusaka, M. AU - Kamiya, A. AU - Ishida, J. AU - Satou, M. AU - Sakurai, T. AU - Nakajima, M. AU - Enju, A. AU - Akiyama, K. AU - Oono, Y. AU - Muramatsu, M. AU - Hayashizaki, Y. AU - Kawai, J. AU - Carninci, P. AU - Itoh, M. AU - Ishii, Y. AU - Arakawa, T. AU - Shibata, K. AU - Shinagawa, A. AU - Shinozaki, K. PY - 2002 DA - 2002// TI - Functional annotation of a full-length Arabidopsis cDNA collection JO - Science VL - 296 UR - https://doi.org/10.1126/science.1071006 DO - 10.1126/science.1071006 ID - Seki2002 ER - TY - JOUR PY - 2003 DA - 2003// TI - Collection, mapping, and annotation of over 28,000 cDNA clones from japonica rice JO - Science VL - 301 UR - https://doi.org/10.1126/science.1081288 DO - 10.1126/science.1081288 ID - ref18 ER - TY - JOUR AU - Liu, X. AU - Lu, T. AU - Yu, S. AU - Li, Y. AU - Huang, Y. AU - Huang, T. AU - Zhang, L. AU - Zhu, J. AU - Zhao, Q. AU - Fan, D. AU - Mu, J. AU - Shangguan, Y. AU - Feng, Q. AU - Guan, J. AU - Ying, K. AU - Zhang, Y. AU - Lin, Z. AU - Sun, Z. AU - Qian, Q. AU - Lu, Y. AU - Han, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - A collection of 10,096 indica rice full-length cDNAs reveals highly expressed sequence divergence between Oryza sativaindica and japonica subspecies JO - Plant Mol Biol VL - 65 UR - https://doi.org/10.1007/s11103-007-9174-7 DO - 10.1007/s11103-007-9174-7 ID - Liu2007 ER - TY - JOUR PY - 2005 DA - 2005// TI - The map-based sequence of the rice genome JO - Nature VL - 436 UR - https://doi.org/10.1038/nature03895 DO - 10.1038/nature03895 ID - ref20 ER - TY - JOUR AU - Paterson, A. H. AU - Bowers, J. E. AU - Bruggmann, R. AU - Dubchak, I. AU - Grimwood, J. AU - Gundlach, H. AU - Haberer, G. AU - Hellsten, U. AU - Mitros, T. AU - Poliakov, A. AU - Schmutz, J. AU - Spannagl, M. AU - Tang, H. AU - Wang, X. AU - Wicker, T. AU - Bharti, A. K. AU - Chapman, J. AU - Feltus, F. A. AU - Gowik, U. AU - Grigoriev, I. V. AU - Lyons, E. AU - Maher, C. A. AU - Martis, M. AU - Narechania, A. AU - Otillar, R. P. AU - Penning, B. W. AU - Salamov, A. A. AU - Wang, Y. AU - Zhang, L. AU - Carpita, N. C. AU - Freeling, M. AU - Gingle, A. R. AU - Hash, C. T. AU - Keller, B. AU - Klein, P. AU - Kresovich, S. AU - McCann, M. C. AU - Ming, R. AU - Peterson, D. G. AU - Mehboob-ur-Rahman Ware, D. AU - Westhoff, P. AU - Mayer, K. F. AU - Messing, J. AU - Rokhsar, D. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Sorghum bicolor genome and the diversification of grasses JO - Nature VL - 457 UR - https://doi.org/10.1038/nature07723 DO - 10.1038/nature07723 ID - Paterson2009 ER - TY - JOUR AU - Galtier, N. AU - Piganeau, G. AU - Mouchiroud, D. AU - Duret, L. PY - 2001 DA - 2001// TI - GC- content evolution in mammalian genomes: the biased gene conversion hypothesis JO - Genetics VL - 159 ID - Galtier2001 ER - TY - JOUR AU - Ingvarsson, P. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Molecular evolution of synonymous codon usage in Populus JO - BMC Evol Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-8-307 DO - 10.1186/1471-2148-8-307 ID - Ingvarsson2008 ER - TY - JOUR AU - Kuhl, J. C. AU - Cheung, F. AU - Yuan, Q. AU - Martin, W. AU - Zewdie, Y. AU - McCallum, J. AU - Catanach, A. AU - Rutherford, P. AU - Sink, K. C. AU - Jenderek, M. AU - Prince, J. P. AU - Town, C. D. AU - Havey, M. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - A unique set of 11,008 onion expressed sequence tags reveals expressed sequence and genomic differences between the monocot orders Asparagales and Poales JO - Plant Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.017202 DO - 10.1105/tpc.017202 ID - Kuhl2004 ER - TY - JOUR AU - Wang, H. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Hickey DARapid divergence of codon usage patterns within the rice genome JO - BMC Evol Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-S1-S6 DO - 10.1186/1471-2148-7-S1-S6 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Guo, X. AU - Bao, J. AU - Fan, L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Evidence of selectively driven codon usage in rice. Implications for GC content evolution of Gramineae genes JO - FEBS Letters VL - 581 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2007.01.088 DO - 10.1016/j.febslet.2007.01.088 ID - Guo2007 ER - TY - JOUR AU - Lawson, M. J. AU - Zhang, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Distinct patterns of SSR distribution in the Arabidopsis thaliana and rice genomes JO - Genome Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2006-7-2-r14 DO - 10.1186/gb-2006-7-2-r14 ID - Lawson2006 ER - TY - JOUR AU - Lareau, L. F. AU - Green, R. E. AU - Bhatnagar, R. S. AU - Brenner, S. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - The evolving roles of alternative splicing JO - Curr Opin Struct Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.sbi.2004.05.002 DO - 10.1016/j.sbi.2004.05.002 ID - Lareau2004 ER - TY - JOUR AU - Stamm, S. AU - Ben-Ari, S. AU - Rafalska, I. AU - Tang, Y. AU - Zhang, Z. AU - Toiber, D. AU - Thanaraj, T. A. AU - Soreq, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Function of alternative splicing JO - Gene VL - 344 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2004.10.022 DO - 10.1016/j.gene.2004.10.022 ID - Stamm2005 ER - TY - JOUR AU - Wang, B. B. AU - Brendel, V. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genomewide comparative analysis of alternative splicing in plants JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0602039103 DO - 10.1073/pnas.0602039103 ID - Wang2006 ER - TY - JOUR AU - Hong, X. AU - Scofield, D. G. AU - Lynch, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Intron Size, Abundance, and Distribution within Untranslated Regions of Genes JO - Mol Biol Evol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msl111 DO - 10.1093/molbev/msl111 ID - Hong2006 ER - TY - JOUR AU - Gui, Y. AU - Wang, S. AU - Quan, L. AU - Zhou, C. AU - Long, S. AU - Zheng, H. AU - Jin, L. AU - Zhang, X. AU - Ma, N. AU - Fan, L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome size and sequence composition of moso bamboo: a comparative study JO - Sci China C Life Sci VL - 50 UR - https://doi.org/10.1007/s11427-007-0081-6 DO - 10.1007/s11427-007-0081-6 ID - Gui2007 ER - TY - JOUR AU - Scurlock, J. M. O. AU - Dayton, D. C. AU - Hames, B. PY - 2000 DA - 2000// TI - Bamboo: an overlooked biomass resource? JO - Biomass Bioenergy VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/S0961-9534(00)00038-6 DO - 10.1016/S0961-9534(00)00038-6 ID - Scurlock2000 ER - TY - JOUR AU - Li, X. B. AU - Shupe, T. F. AU - Peter, G. F. AU - Hse, C. Y. AU - Eberhardt, T. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Chemical changes with maturation of the bamboo species Phyllostrachys pubescens JO - J Trop Forest Sci VL - 19 ID - Li2007 ER - TY - JOUR AU - Pauly, M. AU - Keegstra, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Cell-wall carbohydrates and their modification as a resource for biofuels JO - Plant J VL - 54 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2008.03463.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2008.03463.x ID - Pauly2008 ER - TY - JOUR AU - Zhong, R. AU - Morrison, W. H. AU - Himmelsbach, D. S. AU - Poole, F. L. AU - Ye, Z. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Essential role of caffeoyl coenzyme A O-methyltransferase in lignin biosynthesis in woody poplar plants JO - Plant Physiol VL - 124 UR - https://doi.org/10.1104/pp.124.2.563 DO - 10.1104/pp.124.2.563 ID - Zhong2000 ER - TY - JOUR AU - Zou, X. H. AU - Zhang, F. M. AU - Zhang, J. G. AU - Zang, L. L. AU - Tang, L. AU - Wang, J. AU - Sang, T. AU - Ge, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Analysis of 142 genes resolves the rapid diversification of the rice genus JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-3-r49 DO - 10.1186/gb-2008-9-3-r49 ID - Zou2008 ER - TY - JOUR AU - Kellogg, E. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Evolutionary history of the grasses JO - Plant Physiol VL - 125 UR - https://doi.org/10.1104/pp.125.3.1198 DO - 10.1104/pp.125.3.1198 ID - Kellogg2001 ER - TY - JOUR AU - Bouchenak-Khelladi, Y. AU - Salamin, N. AU - Savolainen, V. AU - Forest, F. AU - Van Der Bank, M. AU - Chase, M. W. AU - Hodkinson, T. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Large multi-gene phylogenetic trees of the grasses (Poaceae): Progress towards complete tribal and generic level sampling JO - Mol Phylogent Evl VL - 47 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2008.01.035 DO - 10.1016/j.ympev.2008.01.035 ID - Bouchenak-Khelladi2008 ER - TY - JOUR AU - Doebley, J. F. AU - Lukens, L. PY - 1998 DA - 1998// TI - Transcriptional regulators and the evolution of plant form JO - Plant Cell VL - 10 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.10.7.1075 DO - 10.1105/tpc.10.7.1075 ID - Doebley1998 ER - TY - JOUR AU - Doebley, J. F. AU - Gaut, B. S. AU - Smith, B. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - The molecular genetics of crop domestication JO - Cell VL - 127 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.12.006 DO - 10.1016/j.cell.2006.12.006 ID - Doebley2006 ER - TY - JOUR AU - Kellogg, E. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Progress and challenges in studies of the evolution of development JO - J Exp Bot VL - 57 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/erl132 DO - 10.1093/jxb/erl132 ID - Kellogg2006 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Base-calling of automated sequencer traces using PHRED. II. Error probabilities JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.186 DO - 10.1101/gr.8.3.186 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Hillier, L. AU - Wendl, M. C. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Base-calling of automated sequencer traces using PHRED. I. Accuracy assessment JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.175 DO - 10.1101/gr.8.3.175 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Chou, H. H. AU - Holmes, M. H. PY - 2001 DA - 2001// TI - DNA sequence quality trimming and vector removal JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.12.1093 DO - 10.1093/bioinformatics/17.12.1093 ID - Chou2001 ER - TY - JOUR AU - Pertea, G. AU - Huang, X. AU - Liang, F. AU - Antonescu, V. AU - Sultana, R. AU - Karamycheva, S. AU - Lee, Y. AU - White, J. AU - Cheung, F. AU - Parvizi, B. AU - Tsai, J. AU - Quackenbush, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - TIGR gene indices clustering tools (TGICL): a software system for fast clustering of large EST datasets JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg034 DO - 10.1093/bioinformatics/btg034 ID - Pertea2003 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Madan, A. PY - 1999 DA - 1999// TI - CAP3: A DNA sequence assembly program JO - Genome Res VL - 9 UR - https://doi.org/10.1101/gr.9.9.868 DO - 10.1101/gr.9.9.868 ID - Huang1999 ER - TY - JOUR AU - Rice, P. AU - Longden, I. AU - Bleasby, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - EMBOSS: the European molecular biology open software suite JO - Trends Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(00)02024-2 DO - 10.1016/S0168-9525(00)02024-2 ID - Rice2000 ER - TY - JOUR AU - Benson, D. A. AU - Karsch-Mizrachi, I. AU - Lipman, D. J. AU - Ostell, J. AU - Wheeler, D. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - GenBank JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg057 DO - 10.1093/nar/gkg057 ID - Benson2003 ER - TY - JOUR AU - Apweiler, R. AU - Attwood, T. K. AU - Bairoch, A. AU - Bateman, A. AU - Birney, E. AU - Biswas, M. AU - Bucher, P. AU - Cerutti, L. AU - Corpet, F. AU - Croning, M. D. AU - Durbin, R. AU - Falquet, L. AU - Fleischmann, W. AU - Gouzy, J. AU - Hermjakob, H. AU - Hulo, N. AU - Jonassen, I. AU - Kahn, D. AU - Kanapin, A. AU - Karavidopoulou, Y. AU - Lopez, R. AU - Marx, B. AU - Mulder, N. J. AU - Oinn, T. M. AU - Pagni, M. AU - Servant, F. AU - Sigrist, C. J. AU - Zdobnov, E. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.1.37 DO - 10.1093/nar/29.1.37 ID - Apweiler2001 ER - TY - JOUR AU - Bateman, A. AU - Coin, L. AU - Durbin, R. AU - Finn, R. D. AU - Hollich, V. AU - Griffiths-Jones, S. AU - Khanna, A. AU - Marshall, M. AU - Moxon, S. AU - Sonnhammer, E. L. AU - Studholme, D. J. AU - Yeats, C. AU - Eddy, S. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Pfam protein families database JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh121 DO - 10.1093/nar/gkh121 ID - Bateman2004 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schaffer, A. A. AU - Zhang, J. H. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search Programs JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - JOUR AU - Childs, K. L. AU - Hamilton, J. P. AU - Zhu, W. AU - Ly, E. AU - Cheung, F. AU - Wu, H. AU - Rabinowicz, P. D. AU - Town, C. D. AU - Buell, C. R. AU - Chan, A. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - The TIGR Plant Transcript Assemblies database JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl785 DO - 10.1093/nar/gkl785 ID - Childs2007 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Higgins, D. G. AU - Gibson, T. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting position-specific gap penalties and weight matrix choice JO - Nucleic Acids Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673 DO - 10.1093/nar/22.22.4673 ID - Thompson1994 ER - TY - CHAP AU - Swofford, D. L. PY - 2002 DA - 2002// BT - PAUP*: Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods) PB - Sinauer CY - Sunderland, MA ID - Swofford2002 ER - TY - JOUR AU - Huelsenbeck, J. P. AU - Ronquist, F. PY - 2001 DA - 2001// TI - MRBAYES: Bayesian inference of phylogeny JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.8.754 DO - 10.1093/bioinformatics/17.8.754 ID - Huelsenbeck2001 ER - TY - JOUR AU - Suyama, M. AU - Torrents, D. AU - Bork, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - PAL2NAL: robust conversion of protein sequence alignments into the corresponding codon alignments JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl315 DO - 10.1093/nar/gkl315 ID - Suyama2006 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Gibson, T. J. AU - Plewniak, F. AU - Jeanmougin, F. AU - Higgins, D. G. PY - 1997 DA - 1997// TI - The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.24.4876 DO - 10.1093/nar/25.24.4876 ID - Thompson1997 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. AU - Nielsen, R. PY - 2000 DA - 2000// TI - Estimating synonymous and nonsynonymous substitution rates under realistic evolutionary models JO - Mol Biol Evol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026236 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026236 ID - Yang2000 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Z. AU - Li, J. AU - Zhao, X. Q. AU - Wang, J. AU - Wong, G. K. AU - Yu, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - KaKs_Calculator: calculating Ka and Ks through model selection and model averaging JO - Genomics Proteomics Bioinformatics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/S1672-0229(07)60007-2 DO - 10.1016/S1672-0229(07)60007-2 ID - Zhang2006 ER -