TY - JOUR AU - Young, M. W. AU - Kay, S. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Time zones: a comparative genetics of circadian clocks JO - Nat Rev Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/35088576 DO - 10.1038/35088576 ID - Young2001 ER - TY - JOUR AU - Yakir, E. AU - Hilman, D. AU - Harir, Y. AU - Green, R. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Regulation of output from the plant circadian clock JO - FEBS J VL - 274 UR - https://doi.org/10.1111/j.1742-4658.2006.05616.x DO - 10.1111/j.1742-4658.2006.05616.x ID - Yakir2007 ER - TY - JOUR AU - Roenneberg, T. AU - Merrow, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - The network of time: understanding the molecular circadian system JO - Curr Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/S0960-9822(03)00124-6 DO - 10.1016/S0960-9822(03)00124-6 ID - Roenneberg2003 ER - TY - JOUR AU - Harmer, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - The circadian system in higher plants JO - Annual review of plant biology VL - 60 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.arplant.043008.092054 DO - 10.1146/annurev.arplant.043008.092054 ID - Harmer2009 ER - TY - JOUR AU - McClung, C. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comes a time JO - Curr Opin Plant Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2008.06.010 DO - 10.1016/j.pbi.2008.06.010 ID - McClung2008 ER - TY - JOUR AU - Alabadí, D. AU - Oyama, T. AU - Yanovsky, M. J. AU - Harmon, F. G. AU - Más, P. AU - Kay, S. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Reciprocal regulation between TOC1 and LHY/CCA1 within the Arabidopsis circadian clock JO - Science VL - 293 UR - https://doi.org/10.1126/science.1061320 DO - 10.1126/science.1061320 ID - Alabadí2001 ER - TY - JOUR AU - Locke, J. C. W. AU - Kozma-Bognár, L. AU - Gould, P. D. AU - Fehér, B. AU - Kevei, E. AU - Nagy, F. AU - Turner, M. S. AU - Hall, A. AU - Millar, A. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Experimental validation of a predicted feedback loop in the multi-oscillator clock of Arabidopsis thaliana JO - Mol Syst Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/msb4100102 DO - 10.1038/msb4100102 ID - Locke2006 ER - TY - JOUR AU - Zeilinger, M. N. AU - Farr'e, E. M. AU - Taylor, S. R. AU - Kay, S. A. AU - Doyle, F. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - A novel computational model of the circadian clock in Arabidopsis that incorporates PRR7 and PRR9 JO - Mol Syst Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/msb4100101 DO - 10.1038/msb4100101 ID - Zeilinger2006 ER - TY - JOUR AU - Kim, W. Y. AU - Fujiwara, S. AU - Suh, S. S. AU - Kim, J. AU - Kim, Y. AU - Han, L. AU - David, K. AU - Putterill, J. AU - Nam, H. G. AU - Somers, D. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - ZEITLUPE is a circadian photoreceptor stabilized by GIGANTEA in blue light JO - Nature VL - 449 UR - https://doi.org/10.1038/nature06132 DO - 10.1038/nature06132 ID - Kim2007 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. Y. AU - Tobin, E. M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Constitutive expression of the CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1 (CCA1) gene disrupts circadian rhythms and suppresses its own expression JO - Cell VL - 93 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)81464-6 DO - 10.1016/S0092-8674(00)81464-6 ID - Wang1998 ER - TY - JOUR AU - Schaffer, R. AU - Ramsay, N. AU - Samach, A. AU - Corden, S. AU - Putterill, J. AU - Carré, I. A. AU - Coupland, G. PY - 1998 DA - 1998// TI - The late elongated hypocotyl mutation of Arabidopsis disrupts circadian rhythms and the photoperiodic control of flowering JO - Cell VL - 93 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)81465-8 DO - 10.1016/S0092-8674(00)81465-8 ID - Schaffer1998 ER - TY - JOUR AU - Mizoguchi, T. AU - Wheatley, K. AU - Hanzawa, Y. AU - Wright, L. AU - Mizoguchi, M. AU - Song, H. R. AU - Carré, I. A. AU - Coupland, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - LHY and CCA1 are partially redundant genes required to maintain circadian rhythms in Arabidopsis JO - Dev Cell VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/S1534-5807(02)00170-3 DO - 10.1016/S1534-5807(02)00170-3 ID - Mizoguchi2002 ER - TY - JOUR AU - Harmer, S. L. AU - Hogenesch, J. B. AU - Straume, M. AU - Chang, H. S. AU - Han, B. AU - Zhu, T. AU - Wang, X. AU - Kreps, J. A. AU - Kay, S. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Orchestrated transcription of key pathways in Arabidopsis by the circadian clock JO - Science VL - 290 UR - https://doi.org/10.1126/science.290.5499.2110 DO - 10.1126/science.290.5499.2110 ID - Harmer2000 ER - TY - JOUR AU - Strayer, C. AU - Oyama, T. AU - Schultz, T. F. AU - Raman, R. AU - Somers, D. E. AU - Más, P. AU - Panda, S. AU - Kreps, J. A. AU - Kay, S. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Cloning of the Arabidopsis clock gene TOC1, an autoregulatory response regulator homolog JO - Science VL - 289 UR - https://doi.org/10.1126/science.289.5480.768 DO - 10.1126/science.289.5480.768 ID - Strayer2000 ER - TY - JOUR AU - Ben-Naim, O. AU - Eshed, R. AU - Parnis, A. AU - Teper-Bamnolker, P. AU - Shalit, A. AU - Coupland, G. AU - Samach, A. AU - Lifschitz, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - The CCAAT binding factor can mediate interactions between CONSTANS-like proteins and DNA JO - Plant J VL - 46 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2006.02706.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2006.02706.x ID - Ben-Naim2006 ER - TY - JOUR AU - Farré, E. M. AU - Harmer, S. L. AU - Harmon, F. G. AU - Yanovsky, M. J. AU - Kay, S. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Overlapping and distinct roles of PRR7 and PRR9 in the Arabidopsis circadian clock JO - Curr Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2004.12.067 DO - 10.1016/j.cub.2004.12.067 ID - Farré2005 ER - TY - JOUR AU - Nakamichi, N. AU - Kita, M. AU - Ito, S. AU - Yamashino, T. AU - Mizuno, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - PSEUDO-RESPONSE REGULATORS, PRR9, PRR7 and PRR5, together play essential roles close to the circadian clock of Arabidopsis thaliana JO - Plant Cell Physiol VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pci086 DO - 10.1093/pcp/pci086 ID - Nakamichi2005 ER - TY - JOUR AU - Salomé, P. A. AU - McClung, C. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - PSEUDO-RESPONSE REGULATOR 7 and 9 are partially redundant genes essential for the temperature responsiveness of the Arabidopsis circadian clock JO - Plant Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.104.029504 DO - 10.1105/tpc.104.029504 ID - Salomé2005 ER - TY - JOUR AU - Locke, J. C. W. AU - Southern, M. M. AU - Kozma-Bognár, L. AU - Hibberd, V. AU - Brown, P. E. AU - Turner, M. S. AU - Millar, A. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Extension of a genetic network model by iterative experimentation and mathematical analysis JO - Mol Syst Biol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/msb4100018 DO - 10.1038/msb4100018 ID - Locke2005 ER - TY - JOUR AU - Mizoguchi, T. AU - Wright, L. AU - Fujiwara, S. AU - Cremer, F. AU - Lee, K. AU - Onouchi, H. AU - Mouradov, A. AU - Fowler, S. AU - Kamada, H. AU - Putterill, J. AU - Coupland, G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Distinct roles of GIGANTEA in promoting flowering and regulating circadian rhythms in Arabidopsis JO - Plant Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.105.033464 DO - 10.1105/tpc.105.033464 ID - Mizoguchi2005 ER - TY - JOUR AU - Gould, P. D. AU - Locke, J. C. W. AU - Larue, C. AU - Southern, M. M. AU - Davis, S. J. AU - Hanano, S. AU - Moyle, R. AU - Milich, R. AU - Putterill, J. AU - Millar, A. J. AU - Hall, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - The molecular basis of temperature compensation in the Arabidopsis circadian clock JO - Plant Cell VL - 18 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.105.039990 DO - 10.1105/tpc.105.039990 ID - Gould2006 ER - TY - JOUR AU - Más, P. AU - Kim, W. Y. AU - Somers, D. E. AU - Kay, S. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Targeted degradation of TOC1 by ZTL modulates circadian function in Arabidopsis thaliana JO - Nature VL - 426 UR - https://doi.org/10.1038/nature02163 DO - 10.1038/nature02163 ID - Más2003 ER - TY - JOUR AU - Kevei, E. AU - Gyula, P. AU - Hall, A. AU - Kozma-Bognár, L. AU - Kim, W. Y. AU - Eriksson, M. E. AU - Tóth, R. AU - Hanano, S. AU - Fehér, B. AU - Southern, M. M. AU - Bastow, R. M. AU - Viczián, A. AU - Hibberd, V. AU - Davis, S. J. AU - Somers, D. E. AU - Nagy, F. AU - Millar, A. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Forward genetic analysis of the circadian clock separates the multiple functions of ZEITLUPE JO - Plant Physiol VL - 140 UR - https://doi.org/10.1104/pp.105.074864 DO - 10.1104/pp.105.074864 ID - Kevei2006 ER - TY - JOUR AU - Yasuhara, M. AU - Mitsui, S. AU - Hirano, H. AU - Takanabe, R. AU - Tokioka, Y. AU - Ihara, N. AU - Komatsu, A. AU - Seki, M. AU - Shinozaki, K. AU - Kiyosue, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - Identification of ASK and clock-associated proteins as molecular partners of LKP2 (LOV kelch protein 2) in Arabidopsis JO - J Exp Bot VL - 55 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/erh226 DO - 10.1093/jxb/erh226 ID - Yasuhara2004 ER - TY - JOUR AU - Somers, D. E. AU - Schultz, T. F. AU - Milnamow, M. AU - Kay, S. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - ZEITLUPE encodes a novel clock-associated PAS protein from Arabidopsis JO - Cell VL - 101 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)80841-7 DO - 10.1016/S0092-8674(00)80841-7 ID - Somers2000 ER - TY - JOUR AU - Nelson, D. C. AU - Lasswell, J. AU - Rogg, L. E. AU - Cohen, M. A. AU - Bartel, B. PY - 2000 DA - 2000// TI - FKF1, a clock-controlled gene that regulates the transition to flowering in Arabidopsis JO - Cell VL - 101 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)80842-9 DO - 10.1016/S0092-8674(00)80842-9 ID - Nelson2000 ER - TY - JOUR AU - Imaizumi, T. AU - Tran, H. G. AU - Swartz, T. E. AU - Briggs, W. R. AU - Kay, S. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - FKF1 is essential for photoperiodic-specific light signalling in Arabidopsis JO - Nature VL - 426 UR - https://doi.org/10.1038/nature02090 DO - 10.1038/nature02090 ID - Imaizumi2003 ER - TY - JOUR AU - Imaizumi, T. AU - Schultz, T. F. AU - Harmon, F. G. AU - Ho, L. A. AU - Kay, S. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - FKF1 F-box protein mediates cyclic degradation of a repressor of CONSTANS in Arabidopsis JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1110586 DO - 10.1126/science.1110586 ID - Imaizumi2005 ER - TY - JOUR AU - Fornara, F. AU - Panigrahi, K. C. S. AU - Gissot, L. AU - Sauerbrunn, N. AU - Rühl, M. AU - Jarillo, J. A. AU - Coupland, G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Arabidopsis DOF transcription factors act redundantly to reduce CONSTANS expression and are essential for a photoperiodic flowering response JO - Dev Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.devcel.2009.06.015 DO - 10.1016/j.devcel.2009.06.015 ID - Fornara2009 ER - TY - JOUR AU - Hazen, S. P. AU - Schultz, T. F. AU - Pruneda-Paz, J. L. AU - Borevitz, J. O. AU - Ecker, J. R. AU - Kay, S. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - LUX ARRHYTHMO encodes a Myb domain protein essential for circadian rhythms JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0503029102 DO - 10.1073/pnas.0503029102 ID - Hazen2005 ER - TY - JOUR AU - Doyle, M. R. AU - Davis, S. J. AU - Bastow, R. M. AU - McWatters, H. G. AU - Kozma-Bognár, L. AU - Nagy, F. AU - Millar, A. J. AU - Amasino, R. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - The ELF4 gene controls circadian rhythms and flowering time in Arabidopsis thaliana JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature00954 DO - 10.1038/nature00954 ID - Doyle2002 ER - TY - JOUR AU - Kolmos, E. AU - Nowak, M. AU - Werner, M. AU - Fischer, K. AU - Schwarz, G. AU - Mathews, S. AU - Schoof, H. AU - Nagy, F. AU - Bujnicki, J. M. AU - Davis, S. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Integrating ELF4 into the circadian system through combined structural and functional studies JO - HSFP Journal VL - 3 ID - Kolmos2009 ER - TY - JOUR AU - McWatters, H. G. AU - Bastow, R. M. AU - Hall, A. AU - Millar, A. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - The ELF3 zeitnehmer regulates light signalling to the circadian clock JO - Nature VL - 408 UR - https://doi.org/10.1038/35047079 DO - 10.1038/35047079 ID - McWatters2000 ER - TY - JOUR AU - Covington, M. F. AU - Panda, S. AU - Liu, X. L. AU - Strayer, C. A. AU - Wagner, D. R. AU - Kay, S. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - ELF3 modulates resetting of the circadian clock in Arabidopsis JO - Plant Cel l VL - 13 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.13.6.1305 DO - 10.1105/tpc.13.6.1305 ID - Covington2001 ER - TY - JOUR AU - Yu, J. W. AU - Rubio, V. AU - Lee, N. Y. AU - Bai, S. AU - Lee, S. Y. AU - Kim, S. S. AU - Liu, L. AU - Zhang, Y. AU - Irigoyen, M. L. AU - Sullivan, J. A. AU - Zhang, Y. AU - Lee, I. AU - Xie, Q. AU - Paek, N. C. AU - Deng, X. W. PY - 2008 DA - 2008// TI - COP1 and ELF3 control circadian function and photoperiodic flowering by regulating GI stability JO - Mol Cell VL - 32 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2008.09.026 DO - 10.1016/j.molcel.2008.09.026 ID - Yu2008 ER - TY - JOUR AU - Mittag, M. AU - Kiaulehn, S. AU - Johnson, C. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - The circadian clock in Chlamydomonas reinhardtii. What is it for? What is it similar to? JO - Plant Physiology VL - 137 UR - https://doi.org/10.1104/pp.104.052415 DO - 10.1104/pp.104.052415 ID - Mittag2005 ER - TY - JOUR AU - Matsuo, T. AU - Okamoto, K. AU - Onai, K. AU - Niwa, Y. AU - Shimogawara, K. AU - Ishiura, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - A systematic forward genetic analysis identified components of the Chlamydomonas circadian system JO - Genes Dev VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1650408 DO - 10.1101/gad.1650408 ID - Matsuo2008 ER - TY - JOUR AU - Corellou, F. AU - Schwartz, C. AU - Motta, J. P. AU - Djouani-Tahri, E. B. AU - Sanchez, F. AU - Bouget, F. Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - Clocks in the green lineage: comparative functional analysis of the circadian architecture of the picoeukaryote Ostreococcus JO - Plant Cell VL - 21 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.109.068825 DO - 10.1105/tpc.109.068825 ID - Corellou2009 ER - TY - JOUR AU - Boxall, S. AU - Foster, J. AU - Bohnert, H. AU - Cushman, J. AU - Nimmo, H. AU - Hartwell, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Conservation and divergence of circadian clock operation in a stress-inducible crassulacean acid metabolism species reveals clock compensation against stress JO - Plant Physiology VL - 137 UR - https://doi.org/10.1104/pp.104.054577 DO - 10.1104/pp.104.054577 ID - Boxall2005 ER - TY - JOUR AU - Liu, H. AU - Wang, H. AU - Gao, P. AU - Xu, J. AU - Xu, T. AU - Wang, J. AU - Wang, B. AU - Lin, C. AU - Fu, Y. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Analysis of clock gene homologs using unifoliolates as target organs in soybean (Glycine max) JO - J Plant Physiol VL - 166 UR - https://doi.org/10.1016/j.jplph.2008.06.003 DO - 10.1016/j.jplph.2008.06.003 ID - Liu2009 ER - TY - JOUR AU - Kaldis, A. D. AU - Kousidis, P. AU - Kesanopoulos, K. AU - Prombona, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Light and circadian regulation in the expression of LHY and Lhcb genes in Phaseolus vulgaris JO - Plant Mol Biol VL - 52 UR - https://doi.org/10.1023/A:1025433529082 DO - 10.1023/A:1025433529082 ID - Kaldis2003 ER - TY - JOUR AU - Hecht, V. AU - Knowles, C. L. AU - Schoor, J. K. V. AU - Liew, L. C. AU - Jones, S. E. AU - Lambert, M. J. M. AU - Weller, J. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Pea LATE BLOOMER1 is a GIGANTEA ortholog with roles in photoperiodic flowering, deetiolation, and transcriptional regulation of circadian clock gene homologs JO - Plant Physiology VL - 144 UR - https://doi.org/10.1104/pp.107.096818 DO - 10.1104/pp.107.096818 ID - Hecht2007 ER - TY - JOUR AU - Miwa, K. AU - Serikawa, M. AU - Suzuki, S. AU - Kondo, T. AU - Oyama, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - Conserved expression profiles of circadian clock-related genes in two Lemna species showing long-day and short-day photoperiodic flowering responses JO - Plant Cell Physiol VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pcj027 DO - 10.1093/pcp/pcj027 ID - Miwa2006 ER - TY - JOUR AU - Serikawa, M. AU - Miwa, K. AU - Kondo, T. AU - Oyama, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Functional conservation of clock-related genes in flowering plants: overexpression and RNA interference analyses of the circadian rhythm in the monocotyledon Lemna gibba JO - Plant Physiology VL - 146 UR - https://doi.org/10.1104/pp.107.114611 DO - 10.1104/pp.107.114611 ID - Serikawa2008 ER - TY - JOUR AU - Murakami, M. AU - Tago, Y. AU - Yamashino, T. AU - Mizuno, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparative overviews of clock-associated genes of Arabidopsis thaliana and Oryza sativa JO - Plant Cell Physiol VL - 48 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pcl043 DO - 10.1093/pcp/pcl043 ID - Murakami2007 ER - TY - JOUR AU - Ramos, A. AU - Pérez-Solís, E. AU - Ibañes, C. AU - Casado, R. AU - Collada, C. AU - Gómez, L. AU - Aragoncillo, C. AU - Allona, I. PY - 2005 DA - 2005// TI - Winter disruption of the circadian clock in chestnut JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0408549102 DO - 10.1073/pnas.0408549102 ID - Ramos2005 ER - TY - JOUR AU - Ibanez, C. AU - Ramos, A. AU - Acebo, P. AU - Contreras, A. AU - Casado, R. AU - Allona, I. AU - Aragoncillo, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Overall alteration of circadian clock gene expression in the chestnut cold response JO - PLoS ONE VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0003567 DO - 10.1371/journal.pone.0003567 ID - Ibanez2008 ER - TY - CHAP AU - Takata, N. AU - Saito, S. AU - Saito, C. T. AU - Nanjo, T. AU - Shinohara, K. AU - Uemura, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Molecular phylogeny and expression of poplar circadian clock genes, LHY1 and LHY2 BT - New Phytol ID - Takata2008 ER - TY - JOUR AU - Heuertz, M. AU - De Paoli, E. AU - Källman, T. AU - Larsson, H. AU - Jurman, I. AU - Morgante, M. AU - Lascoux, M. AU - Gyllenstrand, N. PY - 2006 DA - 2006// TI - Multilocus patterns of nucleotide diversity, linkage disequilibrium and demographic history of norway spruce [Picea abies (L.) Karst] JO - Genetics VL - 174 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.106.065102 DO - 10.1534/genetics.106.065102 ID - Heuertz2006 ER - TY - CHAP AU - Kenrick, P. AU - Crane, P. R. PY - 1997 DA - 1997// BT - The Origin and Early Diversification of Land Plants. A Cladistic Study PB - Smithsonian Institution Press CY - Washington, London ID - Kenrick1997 ER - TY - JOUR AU - Hohe, A. AU - Rensing, S. AU - Midner, M. AU - Lang, D. AU - Reski, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Day length and temperature strongly influence sexual reproduction and expression of a novel MADS-box gene in the moss Physcomitrella patens JO - Plant Biology VL - 4 UR - https://doi.org/10.1055/s-2002-35440 DO - 10.1055/s-2002-35440 ID - Hohe2002 ER - TY - JOUR AU - Aoki, S. AU - Kato, S. AU - Ichikawa, K. AU - Shimizu, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Circadian expression of the PpLhcb2 gene encoding a major light-harvesting chlorophyll a/b-binding protein in the moss Physcomitrella patens JO - Plant Cell Physiol VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pch006 DO - 10.1093/pcp/pch006 ID - Aoki2004 ER - TY - JOUR AU - Ichikawa, K. AU - Sugita, M. AU - Imaizumi, T. AU - Wada, M. AU - Aoki, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Differential expression on a daily basis of plastid sigma factor genes from the moss Physcomitrella patens. Regulatory interactions among PpSig5, the circadian clock, and blue light signaling mediated by cryptochromes JO - Plant Physiology VL - 136 UR - https://doi.org/10.1104/pp.104.053033 DO - 10.1104/pp.104.053033 ID - Ichikawa2004 ER - TY - JOUR AU - Shimizu, M. AU - Ichikawa, K. AU - Aoki, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Photoperiod-regulated expression of the PpCOL1 gene encoding a homolog of CO/COL proteins in the moss Physcomitrella patens JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 324 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2004.09.194 DO - 10.1016/j.bbrc.2004.09.194 ID - Shimizu2004 ER - TY - JOUR AU - Zobell, O. AU - Coupland, G. AU - Reiss, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - The family of CONSTANS-like genes in Physcomitrella patens JO - Plant Biol (Stuttg) VL - 7 UR - https://doi.org/10.1055/s-2005-865621 DO - 10.1055/s-2005-865621 ID - Zobell2005 ER - TY - JOUR AU - Okada, R. AU - Kondo, S. AU - Satbhai, S. AU - Yamaguchi, N. AU - Tsukuda, M. AU - Aoki, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Functional characterization of CCA1/LHY homolog genes, PpCCA1a and PpCCA1b, in the moss Physcomitrella patens JO - Plant J VL - 60 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2009.03979.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2009.03979.x ID - Okada2009 ER - TY - JOUR AU - Rose, A. AU - Meier, I. AU - Wienand, U. PY - 1999 DA - 1999// TI - The tomato I-box binding factor LeMYBI is a member of a novel class of myb-like proteins JO - Plant J VL - 20 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-313X.1999.00638.x DO - 10.1046/j.1365-313X.1999.00638.x ID - Rose1999 ER - TY - JOUR AU - Rensing, S. A. AU - Lang, D. AU - Zimmer, A. D. AU - Terry, A. AU - Salamov, A. AU - Shapiro, H. AU - Nishiyama, T. AU - Perroud, P. F. AU - Lindquist, E. A. AU - Kamisugi, Y. AU - Tanahashi, T. AU - Sakakibara, K. AU - Fujita, T. AU - Oishi, K. AU - Shin-I, T. AU - Kuroki, Y. AU - Toyoda, A. AU - Suzuki, Y. AU - Hashimoto, S. I. AU - Yamaguchi, K. AU - Sugano, S. AU - Kohara, Y. AU - Fujiyama, A. AU - Anterola, A. AU - Aoki, S. AU - Ashton, N. AU - Barbazuk, W. B. AU - Barker, E. AU - Bennetzen, J. L. AU - Blankenship, R. AU - Cho, S. H. AU - Dutcher, S. K. AU - Estelle, M. AU - Fawcett, J. A. AU - Gundlach, H. AU - Hanada, K. AU - Heyl, A. AU - Hicks, K. A. AU - Hughes, J. AU - Lohr, M. AU - Mayer, K. AU - Melkozernov, A. AU - Murata, T. AU - Nelson, D. R. AU - Pils, B. AU - Prigge, M. AU - Reiss, B. AU - Renner, T. AU - Rombauts, S. AU - Rushton, P. J. AU - Sanderfoot, A. AU - Schween, G. AU - Shiu, S. H. AU - Stueber, K. AU - Theodoulou, F. L. AU - Tu, H. AU - de Peer, Y. V. AU - Verrier, P. J. AU - Waters, E. AU - Wood, A. AU - Yang, L. AU - Cove, D. AU - Cuming, A. C. AU - Hasebe, M. AU - Lucas, S. AU - Mishler, B. D. AU - Reski, R. AU - Grigoriev, I. V. AU - Quatrano, R. S. AU - Boore, J. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - The Physcomitrella genome reveals evolutionary insights into the conquest of land by plants JO - Science VL - 319 UR - https://doi.org/10.1126/science.1150646 DO - 10.1126/science.1150646 ID - Rensing2008 ER - TY - JOUR AU - Makino, S. AU - Kiba, T. AU - Imamura, A. AU - Hanaki, N. AU - Nakamura, A. AU - Suzuki, T. AU - Taniguchi, M. AU - Ueguchi, C. AU - Sugiyama, T. AU - Mizuno, T. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genes encoding pseudo-response regulators: insight into His-to-Asp phosphorelay and circadian rhythm in Arabidopsis thaliana JO - Plant Cell Physiol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/41.6.791 DO - 10.1093/pcp/41.6.791 ID - Makino2000 ER - TY - JOUR AU - Murakami, M. AU - Ashikari, M. AU - Miura, K. AU - Yamashino, T. AU - Mizuno, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - The evolutionarily conserved OsPRR quintet: rice pseudo-response regulators implicated in circadian rhythm JO - Plant Cell Physiol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pcg135 DO - 10.1093/pcp/pcg135 ID - Murakami2003 ER - TY - JOUR AU - Hayama, R. AU - Izawa, T. AU - Shimamoto, K. PY - 2002 DA - 2002// TI - Isolation of rice genes possibly involved in the photoperiodic control of flowering by a fluorescent differential display method JO - Plant Cell Physiol VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pcf059 DO - 10.1093/pcp/pcf059 ID - Hayama2002 ER - TY - JOUR AU - Onai, K. AU - Ishiura, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - PHYTOCLOCK 1 encoding a novel GARP protein essential for the Arabidopsis circadian clock JO - Genes Cells VL - 10 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2443.2005.00892.x DO - 10.1111/j.1365-2443.2005.00892.x ID - Onai2005 ER - TY - JOUR AU - Schultz, T. F. AU - Kiyosue, T. AU - Yanovsky, M. AU - Wada, M. AU - Kay, S. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - A role for LKP2 in the circadian clock of Arabidopsis JO - Plant Cell VL - 13 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.13.12.2659 DO - 10.1105/tpc.13.12.2659 ID - Schultz2001 ER - TY - JOUR AU - Bai, C. AU - Sen, P. AU - Hofmann, K. AU - Ma, L. AU - Goebl, M. AU - Harper, J. W. AU - Elledge, S. J. PY - 1996 DA - 1996// TI - SKP1 connects cell cycle regulators to the ubiquitin proteolysis machinery through a novel motif, the F-box JO - Cell VL - 86 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)80098-7 DO - 10.1016/S0092-8674(00)80098-7 ID - Bai1996 ER - TY - JOUR AU - Adams, J. AU - Kelso, R. AU - Cooley, L. PY - 2000 DA - 2000// TI - The kelch repeat superfamily of proteins: propellers of cell function JO - Trends Cell Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/S0962-8924(99)01673-6 DO - 10.1016/S0962-8924(99)01673-6 ID - Adams2000 ER - TY - JOUR AU - Edwards, K. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Natural Allelic Variation in the Temperature-Compensation Mechanisms of the Arabidopsis thaliana Circadian Clock JO - Genetics VL - 170 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.104.035238 DO - 10.1534/genetics.104.035238 ID - Edwards2005 ER - TY - JOUR AU - Long, M. AU - Deutsch, M. AU - Wang, W. AU - Betrán, E. AU - Brunet, F. G. AU - Zhang, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Origin of new genes: evidence from experimental and computational analyses JO - Genetica VL - 118 UR - https://doi.org/10.1023/A:1024153609285 DO - 10.1023/A:1024153609285 ID - Long2003 ER - TY - JOUR AU - Babushok, D. V. AU - Ostertag, E. M. AU - Kazazian, H. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Current topics in genome evolution: molecular mechanisms of new gene formation JO - Cell Mol Life Sci VL - 64 UR - https://doi.org/10.1007/s00018-006-6453-4 DO - 10.1007/s00018-006-6453-4 ID - Babushok2007 ER - TY - JOUR AU - Domazet-Loso, T. AU - Tautz, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - An evolutionary analysis of orphan genes in Drosophila JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1311003 DO - 10.1101/gr.1311003 ID - Domazet-Loso2003 ER - TY - JOUR AU - Levine, M. T. AU - Jones, C. D. AU - Kern, A. D. AU - Lindfors, H. A. AU - Begun, D. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Novel genes derived from noncoding DNA in Drosophila melanogaster are frequently X-linked and exhibit testis-biased expression JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0509809103 DO - 10.1073/pnas.0509809103 ID - Levine2006 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Q. AU - Zhang, G. AU - Zhang, Y. AU - Xu, S. AU - Zhao, R. AU - Zhan, Z. AU - Li, X. AU - Ding, Y. AU - Yang, S. AU - Wang, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - On the origin of new genes in Drosophila JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.076588.108 DO - 10.1101/gr.076588.108 ID - Zhou2008 ER - TY - JOUR AU - Heinen, T. J. A. J. AU - Staubach, F. AU - Haming, D. AU - Tautz, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Emergence of a new gene from an intergenic region JO - Curr Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2009.07.049 DO - 10.1016/j.cub.2009.07.049 ID - Heinen2009 ER - TY - JOUR AU - Chen, S. T. AU - Cheng, H. C. AU - Barbash, D. A. AU - Yang, H. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Evolution of hydra, a recently evolved testis-expressed gene with nine alternative first exons in Drosophila melanogaster JO - PLoS Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0030107 DO - 10.1371/journal.pgen.0030107 ID - Chen2007 ER - TY - JOUR AU - Xiao, W. AU - Liu, H. AU - Li, Y. AU - Li, X. AU - Xu, C. AU - Long, M. AU - Wang, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - A rice gene of de novo origin negatively regulates pathogen-induced defense response JO - PLoS ONE VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0004603 DO - 10.1371/journal.pone.0004603 ID - Xiao2009 ER - TY - JOUR AU - Richards, T. A. AU - Soanes, D. M. AU - Foster, P. G. AU - Leonard, G. AU - Thornton, C. R. AU - Talbot, N. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Phylogenomic analysis demonstrates a pattern of rare and ancient horizontal gene transfer between plants and fungi JO - Plant Cell VL - 21 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.109.065805 DO - 10.1105/tpc.109.065805 ID - Richards2009 ER - TY - JOUR AU - James, A. B. AU - Monreal, J. A. AU - Nimmo, G. A. AU - Kelly, C. L. AU - Herzyk, P. AU - Jenkins, G. I. AU - Nimmo, H. G. PY - 2008 DA - 2008// TI - The circadian clock in Arabidopsis roots is a simplified slave version of the clock in shoots JO - Science VL - 322 UR - https://doi.org/10.1126/science.1161403 DO - 10.1126/science.1161403 ID - James2008 ER - TY - JOUR AU - Ito, S. AU - Kawamura, H. AU - Niwa, Y. AU - Nakamichi, N. AU - Yamashino, T. AU - Mizuno, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - A genetic study of the Arabidopsis circadian clock with reference to the TIMING OF CAB EXPRESSION 1 (TOC1) gene JO - Plant Cell Physiol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pcn198 DO - 10.1093/pcp/pcn198 ID - Ito2009 ER - TY - JOUR AU - McClung, C. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Plant circadian rhythms JO - Plant Cell VL - 18 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.106.040980 DO - 10.1105/tpc.106.040980 ID - McClung2006 ER - TY - JOUR AU - Rand, D. A. AU - Shulgin, B. V. AU - Salazar, D. AU - Millar, A. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Design principles underlying circadian clocks JO - Journal of the Royal Society, Interface/the Royal Society VL - 1 UR - https://doi.org/10.1098/rsif.2004.0014 DO - 10.1098/rsif.2004.0014 ID - Rand2004 ER - TY - JOUR AU - Troein, C. AU - Locke, J. C. W. AU - Turner, M. S. AU - Millar, A. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Weather and seasons together demand complex biological clocks JO - Current Biology VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2009.09.024 DO - 10.1016/j.cub.2009.09.024 ID - Troein2009 ER - TY - JOUR AU - Pruneda-Paz, J. L. AU - Breton, G. AU - Para, A. AU - Kay, S. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - A functional genomics approach reveals CHE as a component of the Arabidopsis circadian clock JO - Science VL - 323 UR - https://doi.org/10.1126/science.1167206 DO - 10.1126/science.1167206 ID - Pruneda-Paz2009 ER - TY - JOUR AU - Ramakers, C. AU - Ruijter, J. M. AU - Lekanne Deprez, R. H. AU - Moorman, A. F. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Assumption-free analysis of quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) data JO - Neuroscience Letters VL - 339 UR - https://doi.org/10.1016/S0304-3940(02)01423-4 DO - 10.1016/S0304-3940(02)01423-4 ID - Ramakers2003 ER - TY - JOUR AU - Straume, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - DNA microarray time series analysis: automated statistical assessment of circadian rhythms in gene expression patterning JO - Meth Enzymol VL - 383 UR - https://doi.org/10.1016/S0076-6879(04)83007-6 DO - 10.1016/S0076-6879(04)83007-6 ID - Straume2004 ER - TY - JOUR AU - Ceriani, M. F. AU - Hogenesch, J. B. AU - Yanovsky, M. AU - Panda, S. AU - Straume, M. AU - Kay, S. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome-wide expression analysis in Drosophila reveals genes controlling circadian behavior JO - J Neurosci VL - 22 ID - Ceriani2002 ER - TY - JOUR AU - Panda, S. AU - Antoch, M. P. AU - Miller, B. H. AU - Su, A. I. AU - Schook, A. B. AU - Straume, M. AU - Schultz, P. G. AU - Kay, S. A. AU - Takahashi, J. S. AU - Hogenesch, J. B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Coordinated transcription of key pathways in the mouse by the circadian clock JO - Cell VL - 109 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(02)00722-5 DO - 10.1016/S0092-8674(02)00722-5 ID - Panda2002 ER - TY - JOUR AU - Fisher, R. A. PY - 1929 DA - 1929// TI - Tests of significance in harmonic analysis JO - Proc. Soc. A VL - 125 UR - https://doi.org/10.1098/rspa.1929.0151 DO - 10.1098/rspa.1929.0151 ID - Fisher1929 ER - TY - JOUR AU - Wichert, S. AU - Fokianos, K. AU - Strimmer, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Identifying periodically expressed transcripts in microarray time series data JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg364 DO - 10.1093/bioinformatics/btg364 ID - Wichert2004 ER - TY - JOUR AU - Mockler, T. C. AU - Michael, T. P. AU - Priest, H. D. AU - Shen, R. AU - Sullivan, C. M. AU - Givan, S. A. AU - McEntee, C. AU - Kay, S. A. AU - Chory, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - The DIURNAL project: DIURNAL and circadian expression profiling, model-based pattern matching, and promoter analysis JO - Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol VL - 72 UR - https://doi.org/10.1101/sqb.2007.72.006 DO - 10.1101/sqb.2007.72.006 ID - Mockler2007 ER - TY - JOUR AU - Lang, D. AU - Zimmer, A. D. AU - Rensing, S. A. AU - Reski, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Exploring plant biodiversity: the Physcomitrella genome and beyond JO - Trends Plant Sci VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.tplants.2008.07.002 DO - 10.1016/j.tplants.2008.07.002 ID - Lang2008 ER - TY - JOUR AU - Merchant, S. S. AU - Prochnik, S. E. AU - Vallon, O. AU - Harris, E. H. AU - Karpowicz, S. J. AU - Witman, G. B. AU - Terry, A. AU - Salamov, A. AU - Fritz-Laylin, L. K. AU - Mar'echal-Drouard, L. AU - Marshall, W. F. AU - Qu, L. H. AU - Nelson, D. R. AU - Sanderfoot, A. A. AU - Spalding, M. H. AU - Kapitonov, V. V. AU - Ren, Q. AU - Ferris, P. AU - Lindquist, E. AU - Shapiro, H. AU - Lucas, S. M. AU - Grimwood, J. AU - Schmutz, J. AU - Cardol, P. AU - Cerutti, H. AU - Chanfreau, G. AU - Chen, C. L. AU - Cognat, V. AU - Croft, M. T. AU - Dent, R. AU - Dutcher, S. AU - Fernández, E. AU - Fukuzawa, H. AU - González-Ballester, D. AU - González-Halphen, D. AU - Hallmann, A. AU - Hanikenne, M. AU - Hippler, M. AU - Inwood, W. AU - Jabbari, K. AU - Kalanon, M. AU - Kuras, R. AU - Lefebvre, P. A. AU - Lemaire, S. D. AU - Lobanov, A. V. AU - Lohr, M. AU - Manuell, A. AU - Meier, I. AU - Mets, L. AU - Mittag, M. AU - Mittelmeier, T. AU - Moroney, J. V. AU - Moseley, J. AU - Napoli, C. AU - Nedelcu, A. M. AU - Niyogi, K. AU - Novoselov, S. V. AU - Paulsen, I. T. AU - Pazour, G. AU - Purton, S. AU - Ral, J. P. AU - Riano-Pachón, D. M. AU - Riekhof, W. AU - Rymarquis, L. AU - Schroda, M. AU - Stern, D. AU - Umen, J. AU - Willows, R. AU - Wilson, N. AU - Zimmer, S. L. AU - Allmer, J. AU - Balk, J. AU - Bisova, K. AU - Chen, C. J. AU - Elias, M. AU - Gendler, K. AU - Hauser, C. AU - Lamb, M. R. AU - Ledford, H. AU - Long, J. C. AU - Minagawa, J. AU - Page, M. D. AU - Pan, J. AU - Pootakham, W. AU - Ro je, S. AU - Rose, A. AU - Stahlberg, E. AU - Terauchi, A. M. AU - Yang, P. AU - Ball, S. AU - Bowler, C. AU - Dieckmann, C. L. AU - Gladyshev, V. N. AU - Green, P. AU - Jorgensen, R. AU - Mayfield, S. AU - Mueller-Roeber, B. AU - Ra jamani, S. AU - Sayre, R. T. AU - Brokstein, P. AU - Dubchak, I. AU - Goodstein, D. AU - Hornick, L. AU - Huang, Y. W. AU - Jhaveri, J. AU - Luo, Y. AU - Martínez, D. AU - Ngau, W. C. A. AU - Otillar, B. AU - Poliakov, A. AU - Porter, A. AU - Sza jkowski, L. AU - Werner, G. AU - Zhou, K. AU - Grigoriev, I. V. AU - Rokhsar, D. S. AU - Grossman, A. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Chlamydomonas genome reveals the evolution of key animal and plant functions JO - Science VL - 318 UR - https://doi.org/10.1126/science.1143609 DO - 10.1126/science.1143609 ID - Merchant2007 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput JO - Nucleic Acids Research VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh340 DO - 10.1093/nar/gkh340 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - Guindon, S. AU - Gascuel, O. PY - 2003 DA - 2003// TI - A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood JO - Systematic Biology VL - 52 UR - https://doi.org/10.1080/10635150390235520 DO - 10.1080/10635150390235520 ID - Guindon2003 ER - TY - JOUR AU - Huelsenbeck, J. P. AU - Ronquist, F. PY - 2001 DA - 2001// TI - MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.8.754 DO - 10.1093/bioinformatics/17.8.754 ID - Huelsenbeck2001 ER - TY - JOUR AU - Ronquist, F. AU - Huelsenbeck, J. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg180 DO - 10.1093/bioinformatics/btg180 ID - Ronquist2003 ER - TY - JOUR AU - Schultz, J. AU - Milpetz, F. AU - Bork, P. AU - Ponting, C. P. PY - 1998 DA - 1998// TI - SMART, a simple modular architecture research tool: identification of signaling domains JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.11.5857 DO - 10.1073/pnas.95.11.5857 ID - Schultz1998 ER - TY - STD TI - Letunic I, Doerks T, Bork P: SMART 6: recent updates and new developments. Nucleic Acids Research. 2009, D229-32. 10.1093/nar/gkn808. 37 Database ID - ref96 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. PY - 2007 DA - 2007// TI - PAML 4: a program package for phylogenetic analysis by maximum likelihood JO - Molecular Biology and Letters VL - 24 ID - Yang2007 ER -