Sampling nucleotide diversity in cotton

BMC Plant Biology

Table 4 Summary statistics for SNPs and indels between pairs of Gossypium species. The percentage is calculated out of total of 1005 SNPs and 279 indels.

Number of SNPs	Gr ¹	Gh	Gb	Gm	Gt	Number of indels	Gr	Gh	Gb	Gm	Gt
G. arboreum	317	303	201	334	261	G. arboreum	111	140	122	93	94
G. raimondii		452	430	266	317	G. raimondii		169	153	84	115
G. hirsutum			396	427	451	G. hirsutum			140	92	133
G. barbadense				396	448	G. barbadense				91	113
G. mustelinum					410	G. mustelinum					96
SNP Polymorphism (%)	Gr	Gh	Gb	Gm	Gt	Indel Polymorphism (%)	Gr	Gh	Gb	Gm	Gt
G. arboreum	32	30	20	33	26	G. arboreum	40	50	44	33	34
G. raimondii		45	43	26	32	G. raimondii		61	55	3	41
G. hirsutum			39	42	45	G. hirsutum			50	33	48
G. barbadense				39	45	G. barbadense				33	41
G. mustelinum					41	G. mustelinum					34

¹ Gr = G. raimondii, Gh = G. hirsutum, Gb = G. barbadense, Gm = G. mustelinum, Gt = G. tomentosum

ISSN: 1471-2229