From: A qRT-PCR assay for the expression of all Mal d 1 isoallergen genes
Gene | Primer name | Sequence 5′-3′ | SNP consa | SNP geneb | SNP allelec | Start position | Length (bp) | Primer conc. | Ta | Tm | Slope |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mal d 1.01 | qMd1.01/02F | GATTGAAGGAGATGCTTTGACA | 5 | - | - | 258 | 103 | 100 | 63 | 80.5 | −0.079 |
 | qMd1.01R | GTAATGACTGATGCTCTTGATGG | - | 1 | 1 |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.02 | qMd1.01/02F | GATTGAAGGAGATGCTTTGACA | 4 | - | - | 258 | 111 | 100 | 62 | 81.0 | −0.206 |
 | qMd1.02R | TTGGTGTGGTAGTGGCTGATA | 1 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.03A | qMd1.03AF | ATCTGAGTTCACCTCCGTCATT | 1 | 2 | - | 21 | 96 | 70 | 63 | 81.0 | −0.057 |
 | qMd1.03AR | ACTGCTTGTGGTGGAATCTTT | - | 1 | 1 |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.03B | qMd1.03BF | TGTTTTCACATACGAATCCGAA | 1 | 1 | - | 6 | 167 | 100 | 63 | 83.5 | −0.570 |
 | qMd1.03BR | TGATCTTCTTAATGGTTCCTACGC | 1 | 1 | 1 |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.03C | qMd1.03CF | CTCCGAAACAATTGAGAAAATCTG | 3 | - | 1 | 276 | 79 | 100 | 63 | 80.5 | −0.120 |
 | qMd1.03CR | GCTGGTGCTCTTGATGATGC | 1 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.03D | qMd1.03D/EF | ATACGAATCCGAGTTCACCTCT | 1 | - | - | 15 | 156 | 70 | 62 | 83.0 | 0.005 |
 | qMd1.03DR | ATCTTCTTAATGGTTCCAACTCCT | 1 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.03E | qMd1.03D/EF | ATACGAATCCGAGTTCACCTCT | 1 | - | 2 | 15 | 169 | 70 | 62 | 83.0 | −0.116 |
 | qMd1.03ER | TTCACCGAAGTTGATCTTCTTAATA | 1 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.03F | qMd1.03FF | CACAGAATTGACGGGGTG | 2 | 2 | - | 208 | 119 | 70 | 63 | 81.0 | −0.122 |
 | qMd1.03FR | CCGGAAGCGACCAACTTA | 2 | 1 | 1 |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.03G | qMd1.03GF | ATTATCAAGAGCACCAGTCACTACT | 2 | 2 | - | 337 | 122 | 70 | 62 | 81.0 | −0.254 |
 | qMd1.03GR | TCCAAGAGGTAGTTCTCAATCAA | 1 | - | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.03H | qMd1.03HF | AAAATCTG CTACGAGACTAAGTTGA | 3 | 2 | - | 277 | 173 | 100 | 61 | 83.5 | −0.431 |
 | qMd1.03HR | TGGTGCTCCAAGAGGTAGTTT | 1 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.03I | qMd1.03IF | CCCCAAGATTGCACCACAT | - | 1 | - | 93 | 228 | 100 | 61 | 81.5 | −0.230 |
 | qMd1.03IR | GCCACCAACTTAGTCTCGTAACAA | 2 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.03J | qMd1.03JF | GCATCACCCACTACCACACA | 2 | 1 | - | 347 | 134 | 70 | 61 | 82.0 | −0.105 |
 | qMd1.03JR | CGAGCTGTAGGA GTCT TGGTT | 3 | 3 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.03K | qMd1.03KF | CATCAGCCACTACCACACAAA | 2 | 1 | - | 348 | 128 | 100 | 61 | 81.5 | −0.431 |
 | qMd1.03KR | TGTATGCATCCTGGTGCTCT | 2 | 1 | 1 |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.04 | qMd1.04F | GGGTATGTTAAGCAAAGGGTC A | 5 | 2 | - | 196 | 193 | 100 | 61 | 80.5 | −0.103 |
 | qMd1.04R | TGATCTCAACATCACCCTTAGC | 1 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.05 | qMd1.05F | ATCAAACCACTAGTCACTGCCAT | 4 | 1 | 1 | 343 | 124 | 70 | 63 | 82.5 | −0.141 |
 | qMd1.05R | GGTTGGCCACAAGGTAGGTT | 6 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.06A | qMd1.06AF | CTATAGCTATAGCTTGATTGAAGGG | 5 | 1 | - | 243 | 167 | 100 | 61 | 80.5 | −0.203 |
 | qMd1.06AR | TTCCAACCTTAACATGTTCTTCT | 3 | - | 1 |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.06B | qMd1.06BF | AAACCGAATACG C ATCCATT | 3 | 3 | 1 | 20 | 106 | 100 | 61 | 81.5 | −0.012 |
 | qMd1.06BR | ACAGTTTTGACTGCTTGTGGAG | 6 | - | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.06C | qMald1.06CF | GCTCCACAAGCAGTCAAAACT | 5 | - | - | 103 | 116 | 70 | 63 | 80.5 | −0.250 |
 | qMald1.06CR | TCAACCTTGTGCTTCACATAACT A | 3 | 2 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.06D | qMd1.06DF | CCCTCCTGCTAGGTTGTA TT | 2 | 2 | - | 42 | 100 | 70 | 61 | 80.5 | −0.005 |
 | qMd1.06DR | TCCCTCGAGAATTTCAACAG | 6 | - | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.07 | qMd1.07F | CAACTTTGTGTACCAGTACAGTGTC | 2 | 2 | - | 234 | 126 | 100 | 61 | 81.5 | −0.201 |
 | qMd1.07R | TAGTGGCTGATGCTCTTGATAAC | 2 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.08 | qMd1.08F | TCTTCGGTGAAGGTAGCACAA | - | 2 | - | 173 | 200 | 100 | 61 | 81.5 | −0.390 |
 | qMd1.08R | ACCCTTAGTGTGGTAGTGGCAT | 1 | 2 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.09 | qMd1.09F | TTTTCACATACGAATCCGAGTC | - | 1 | - | 8 | 126 | 100 | 61 | 84.0 | −0.265 |
 | qMd1.09R | GGATCTCAACGCTCTTCACA | 2 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.10. | qMald1.10F | CAAGGCTTTC ATCCA CGAC | 5 | 2 | 1 | 60 | 157 | 100 | 61 | 83.0 | −0.158 |
 | qMald1.10R | GATTCTGTGCTTTACAAACCC T | 4 | 3 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.11A | qMald1.11AF | GGAGGATGCATCTGTCATTT G | 11 | 1 | - | 343 | 130 | 100 | 62 | 79.5 | −0.018 |
 | qMald1.11AR | CCATGAGATAGGCTTCCAA AACT | 8 | 2 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.11B | qMd1.11BF | CAGCACATACAAAGCCAAAGA C | 8 | 1 | - | 363 | 125 | 100 | 61 | 81.0 | −0.106 |
 | qMd1.11BR | TTTATGCGCGAGGGTGT G | 6 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.12 | qMd1.12F | GCTTACACTTTGGTTGAAGGAGAAC | 4 | 3 | - | 247 | 171 | 100 | 62 | 76.0 | −0.227 |
 | qMd1.12R | C CTGCCAGCTTTTATTTCTTCC | 5 | 4 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.13A | qMd1.13AF | GTGTTGGAACCATCAAGAAGATTAG | 2 | 2 | - | 149 | 124 | 100 | 61 | 78.0 | −0.216 |
 | qMd1.13AR | ACATCTCCTTCAATCAAACTGTAAT | 1 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.13B | qMd1.13BF | CGAAGATAACTTTGTCTACAACCAT | 2 | 1 | - | 258 | 137 | 70 | 61 | 81.5 | 0.003 |
 | qMd1.13BR | GCTCTTCCTTGATCTCAACATCT T | 1 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.13C | qMd1.13CF | GAATTCGCCTCAGTCTCCA | 5 | 1 | - | 25 | 186 | 70 | 61 | 82.0 | 0.087 |
 | qMd1.13CR | GTGCTTCACATAGCTGTATTCACTT | 3 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.13D | qMd1.13DF | TGTTGGAACCATCAAGAAGATAAGT | 2 | 1 | - | 150 | 124 | 100 | 61 | 78.5 | −0.163 |
 | qMd1.13DR | GACATCTCCTTCAATCAAACTGTAG | 2 | 1 | - |  |  |  |  |  |  |
Mal d 1.14 | qMd1.14F | GGTGAAGGGAGTGAATACAACTATA | 6 | 1 | - | 178 | 185 | 100 | 61 | 79.0 | −0.470 |
 | qMd1.14R | TGGTAATGGCTA ATGTTCTTGATAC | 2 | 2 | 2 |  |  |  |  |  |  |