|  |  |  | Normalized counts in each library per million readsa |  |  |  | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | Sequence | L | miRBase | Immature seed tissue | Vegetative tissue | miRNA gene originsb | Target glyma cDNAs | Annotation | ||||||
 |  |  |  | WS | SCR | SCM | SCW | Cot | GCot | ST | LE |  |  |  |
1 | TGAAGCTGCCAGCATGATCTT (see Figure 2A blot) | 21 | gma-miR167e/f | 48472 | 54106 | 9009 | 72015 | 1540 | 8512 | 5 | 224 | Gm20:37,901,914 | 20g02540.1 | None |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm10:46,574,320 | 10g35160.1 | Unknown function |
2 | TGAAGCTGCCAGCATGATCTG | 21 | gma-miR167c | 65 | 412 | 37 | 281 | 782 | 9252 | 0 | 673 | Glyma10g30370.1 | 20g02540.1 | None |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma20g36720.1* |  |  |
3 | TGAAGCTGCCAGCATGATCTA | 21 | gma-miR167a/b | 225 | 52 | 14 | 76 | 597 | 400 | 15 | 18 | Glyma19g34240.1* | 18g05330.1 | Auxin response factor |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm10:2,640,290 | 02g40650.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma02g16230.1* | 11g31940.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma03g31410.1* | 14g38940.1 | “ |
4 | TAACTGAACATTCTTAGAGCAT (see Figure 2B blot) | 22 | gma-miR1512c | 94395 | 36802 | 44554 | 64171 | 72 | 227 | 5 | 0 | Gm02:8609718 | 08g17790.1 | Cysteine-rich receptor-like kinase |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 10g21350.1 | Villin |
5 | CAGCCAAGGATGACTTGCCGG (see Figure 3A blot) | 21 | gma-miR169a | 14 | 8 | 12 | 18 | 0 | 2042 | 7 | 32 | Gm10:40,332,893 | 14g01360.1 | Nuclear transcription factor |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma09g28810.1* |  |  |
6 | TGACAGAAGAGAGTGAGCAC_ | 20 | gma-miR156a | 3331 | 2150 | 8462 | 2190 | 20788 | 22007 | 38342 | 31850 | Gm17:4,291,733 | 05g38180.5 | Squamosa PB-like TF |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma17g08280.1* | 08g01450.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma17g33830.1* | 06g17700.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm14:9,431,608 | 04g37390.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm13:20,521,472 | 05g00200.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm06:4,013,580 | 17g08840.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm04:4,257,067 | 03g27200.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm02:41,864,174 | 19g32800.1 | “ |
7 | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC | 21 | gma-miR156c/d/e/g | 290 | 4381 | 2889 | 2053 | 25 | 14252 | 13237 | 5014 | Gm19:8,895,400 | 19g26390.1 | Squamosa PB-like TF |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm09:37,843,837 | 13g24590.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm08g05430.1* | 07g31880.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm07:9,347,149 | 18g36960.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm02:7,812,536 | 02g30670.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm08:3,891,372 | 19g32800.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm16:5331711 | 03g29900.1 | “ |
8 | TTGACAGAAGAGAGAGAGCAC | 21 | gma-miR156b/f | 214 | 1631 | 3171 | 2018 | 98674 | 42110 | 9 | 51 | Gm14:990,353 | 11g36980.1 | Squamosa PB-like TF |
 | (see Figure 3A blot) |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm02:50,779,324 | 18g36960.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm06:19,264,024 | 02g30670.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 19g32800.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 03g29900.1 | “ |
9 | TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA | 21 | gma-miR168b | 1749 | 3565 | 1891 | 3244 | 1148 | 2935 | 1189 | 731 | Glyma09g35160.1 | Â | Â |
 | (see Figure 3A blot) |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm01:48,070,389 |  |  |
10 | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC (see Figure 3A blot) | 21 | gma-miR166a-3p | 4471 | 11557 | 16665 | 29735 | 12361 | 5812 | 24375 | 5460 | Glyma16g02380.1* | 08g21620.1 | HD-zip transcription factor |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma02g15860.1* | 07g01940.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma04g38430.1* | 08g21610.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma08g00630.1* |  |  |
11 | GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG | 21 | gma-miR166a-5p | 10 | 154 | 500 | 252 | 230 | 45 | 23 | 182 | Glyma16g02380.1* | Â | Â |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma08g00630.1* |  |  |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma04g38430.1* |  |  |
12 | TGAGACCAAATGAGCAGCTGA (see Figure 3B blot) | 21 | gma-miR3522 | 3987 | 1849 | 4478 | 2524 | 112139 | 43366 | 1478 | 646995 | Glyma15g06080.1* | 07g31270.1 | Tyrosinase |
13 | AGGGATAGGTAAAACAACTAC (see Figure 3B blot) | 21 | gma-miR1510b-5p | 891 | 3293 | 16652 | 1798 | 9906 | 2809 | 2825 | 2028 | Glyma02g08410.1* | Â | Â |
14 | AGGGATAGGTAAAACAATGAC | 21 | gma-miR1510a-5p | 428 | 0 | 5633 | 699 | 2628 | 221 | 0 | 0 | Glyma16g27510.1* | Â | Â |
15 | TGTTGTTTTACCTATTCCACC | 21 | gma-miR1510a/b-3p | 31 | 20 | 65 | 18 | 132 | 34 | 9 | 0 | Glyma16g27510.1* | 04g39740.1 | Disease-resistance protein |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma02g08410.1* | 18g14660.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 19g07700.2 | " |
16 | TCTCATTCCATACATCGTCTGA (see Figure 3B blot) | 22 | gma-miR1507a | 29315 | 17502 | 5373 | 15728 | 17964 | 19959 | 34871 | 10750 | Glyma17g08340.1* Glyma13g22280.1* | Â | Â |
17 | AGCTCTGTTGGCTACACTTTG | 21 | gma-miR394a | 19 | 693 | 2382 | 782 | 15 | 0 | 2412 | 11 | Glyma17g38110.1 | Â | Â |
18 | TTCCACAGCTTTCTTGAACTG | 21 | gma-miR396a/e/h/i -3p | 53 | 144 | 27 | 120 | 0 | 73 | 388 | 52 | Glyma13g22840.1* | 19g39020.1 | Unknown function |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm17:35,366,632 | 03g00550.1 | Retrovirus related Pol |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm14:13,971,439 | 13g22840.1 | polyprotein |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm17:9,044,867 |  | none |
19 | AGAATCTTGATGATGCTGCAT | 21 | gma-miR172a/b | 2 | 32 | 10 | 25 | 8 | 30 | 349 | 616 | Gm20:40,895,751 | 12g07800.1 | AP2-like transcription factor |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma13g39860.1* | 11g15650.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm12:6,110,723 | 15g04930.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm10:31,592,580 | 13g40470.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm10:43,474,799 | 02g09600.1 | “ |
20 | CAGGGGAACAGGCAGAGCATG | 21 | gma-miR408c/a-5p | 5 | 0 | 11 | 0 | 22 | 3 | 12 | 4669 | Glyma10g27760.1* | 11g01200.1 | DNA-directed RNA |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm02:837,430 |  | polymerase |
21 | TTGGCATTCTGTCCACCTCC | 20 | gma-miR394c-5p | 286 | 102 | 71 | 147 | 13 | 2 | 412 | 0 | Glyma17g38110.1* | 18g00870.1 | F-box protein |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm15:3,767,188 | 05g28050.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma14g39920.1* | 08g11030.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm08:9,880,084 | 11g36960.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma06g02270.1* |  |  |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Glyma05g30360.1* |  |  |
22 | TAGAAAGGGAAATAGCAGTTG | 21 | gma-miR1508a/b | 464 | 187 | 52 | 120 | 913 | 7892 | 704 | 1063 | Gm16:32,903,801 | 09g30500.1 | Pentatricopeptide |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Gm09:28,530,237 | 16g27800.1 | repeat-containing protein |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 09g39260.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 09g39250.1 | “ |
23 | TAAGAGAATTGTAAGTCACTG | 21 | gma-miR4413 | 32 | 29 | 33 | 46 | 72 | 109 | 73 | 91 | Glyma19g02070.1 | 09g07250.1 | Pentatricopeptide |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 07g11410.1 | repeat-containing protein |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 07g11290.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 16g31950.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 09g07300.1 | “ |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 09g30620.1 | “ |